攻殻機動隊 第1季

公安部的荒卷大輔懷疑某國代表涉嫌腐敗與犯罪，在一次會面中展開突擊搜查時，意外遇到了一名神秘的生化人。該生化人自稱草薙素子，並向內務大臣提議建立一支特種部隊。荒卷讓草薙先去調查一件事，作為推動部隊成立的第一步。

草薙及其小隊被荒卷招募後，開始以"攻殼機動隊"的名義展開行動。某次，外務大臣口譯員的電子腦感染了病毒。荒卷察覺到流亡國內的馬雷斯上校試圖干擾一場秘密會談。他命令草薙反向追蹤黒客攻擊，找出罪魁禍首。

草薙和德古沙駕駛攻殼車，經過一番激烈追逐，將嫌疑人緝拿歸案。另一邊，荒卷和巴特對馬雷斯上校進行盯梢，恰逢有人前來拜訪。他們懷疑此人便是受馬雷斯指使，釋放病毒的黒客傀儡師。

近來發生了一系列促銷樣品機器人攻擊人類的事件。草薙的小隊將同型號的機器人全部集中回收，發現它們具備一個共同特徵。巴特和德古沙前往製造這些機器人的阪華精機，調查攻擊事件背後的原因。

草薙和小隊前往北端地區，監視一個叫寇爾克拉斯諾夫的戰鬥生化人。為了查明寇爾的目的，揭露佐川電子地下工廠擴張背後的腐敗行為，草薙潛入佐川公司的辦公室，巴特和其餘隊員則前往地下工廠。

草薙和男友毫無徵兆地遭到襲擊，之後被緊急送往醫院。他們懷疑是與草薙有過恩怨的恐怖分子相馬亨所為。草薙和德古沙離開醫院，一路將追蹤者引至一座廢棄工廠，在那裏與一個武裝組織展開激戰。

一個機器人從邁科機體公司逃出。公安九課將其收押後，卻發現傀儡師就在其中。傀儡師向荒卷的小隊宣告，自己是"在信息海洋中自發誕生的生命體"。它提出政治庇護請求，不久便被不明勢力劫走。

草薙在對傀儡師進行腦潛後恢復了意識。雖然他們現在已經掌握了事件背後的真相，但草薙仍時不時能感覺到傀儡師的存在。攻殼特攻隊突襲了一艘被恐怖分子小組使用的船隻，草薙誤將頭目擊斃。

那次事件的影像被不明勢力泄露給媒體，草薙被指控冷血殺害那名恐怖分子。草薙懷疑戈蘭托爾情報部在幕後操縱，便獨自展開調查，卻發現自己被送上了審判席。

草薙的義體在槍擊中被毀，她以大腦脱離軀體的狀態與巴特一同逃離現場。為了獲得新的義體，他們前往巴特的安全屋。但在鎖定模式下，本以為已經毀滅的傀儡師卻通過某種方式接入了她。