THE GHOST IN THE SHELL: Temporada 1

Durante uma operação contra uma reunião com um representante estrangeiro, Daisuke Aramaki, da Segurança Pública, encontra uma ciborgue misteriosa. Apresentando-se como Motoko Kusanagi, ela propõe aos Assuntos Internos a criação de uma nova unidade de forças especiais. Aramaki pede a Kusanagi que investigue algo como um primeiro passo.

Após serem recrutados por Aramaki, Kusanagi e a equipe dela passam a atuar como o Esquadrão Blindado. Em certo momento, o cibercérebro da intérprete do Ministro do Exterior é infectado por um vírus. Aramaki desconfia que o Coronel Malles, exilado no país, está tentando interferir em uma reunião secreta. Ele ordena que Kusanagi rastreie a origem da invasão e encontre o hacker responsável.

Após uma perseguição implacável nos Fuchikomas, Kusanagi e Togusa prendem o suspeito. Enquanto isso, Aramaki e Batou vigiam o Coronel Malles, que recebe a visita de alguém que eles suspeitam ser o Mestre dos Fantoches, o hacker responsável por liberar o vírus a mando de Malles.

Uma onda de ataques contra humanos vem sendo cometida por robôs de amostra. A equipe de Kusanagi recolhe robôs da mesma linha e descobre que todos têm uma característica em comum. Batou e Togusa vão até a Hanka Indústria de Precisão, onde os robôs são fabricados, para entender o que está causando os ataques.

Kusanagi e a equipe vão ao Extremo Norte para vigiar Koil Krasnov, um ciborgue de combate. Para descobrir o que Koil quer e expor a corrupção por trás da expansão da fábrica subterrânea da Sagawa Eletrônica, Kusanagi se infiltra nos escritórios da empresa, enquanto Batou e os demais seguem para a fábrica subterrânea.

Após serem atacados de surpresa, Kusanagi e o namorado dela são levados às pressas ao hospital. Eles suspeitam de Toru Soma, um terrorista com quem Kusanagi tem um passado. Kusanagi e Togusa deixam o hospital e, após uma perseguição, acabam entrando em um confronto feroz com um grupo armado em uma fábrica abandonada.

Um robô foge da Megatech Body, e a Seção 9 o coloca sob custódia. Logo depois, descobre que o Mestre dos Fantoches está dentro dele. Ele declara à equipe de Aramaki ser "uma forma de vida que surgiu espontaneamente no mar da informação". Logo após solicitar asilo político, ele é roubado por desconhecidos.

Após um mergulho cerebral no Mestre dos Fantoches, Kusanagi recobra a consciência. Mesmo sabendo a verdade por trás do que aconteceu, ela ainda sente a presença dele de vez em quando. O Esquadrão Blindado invade um barco usado por uma célula terrorista, e Kusanagi acaba matando o líder por engano.

O vídeo do incidente é vazado para a mídia por alguém desconhecido, e Kusanagi é acusada de assassinar o terrorista a sangue-frio. Ao suspeitar que o serviço de inteligência de Ghorantl esteja agindo por trás dos panos, ela investiga por conta própria, mas acaba levada a julgamento.

Após ter o corpo cibernético destruído a tiros, Kusanagi foge com Batou, agora apenas como um cérebro sem corpo. Eles vão ao esconderijo de Batou para conseguir um novo corpo para ela, mas, enquanto Kusanagi está em modo de bloqueio, acaba conectada ao Mestre dos Fantoches, que todos acreditavam ter sido destruído.