โกสต์ อิน เดอะ เชลล์: SAC_2045 ซีซั่น 2

สมาชิกเซ็คชั่น 9 ตามหาตัวชายชาวรัสเซียชื่อฟิลิป คุคูชกินที่ดูจะรู้ข้อมูลเรื่องกำเนิดของพวกเหนือมนุษย์

หน่วยปฏิบัติการพิเศษของสหรัฐอเมริกาผนึกกำลังกับเซ็คชั่น 9 เพื่อต่อกรกับพวกเหนือมนุษย์เดนตายนามว่ามิซูกาเนะ ซูซูกะ

เซ็คชั่น 9 ล้วงข้อมูลจากคุคูชกิน โดยไม่คาดคิดว่าจะเจอระบบเอไอที่พัฒนาโดยรัฐบาลสหรัฐฯ

ผู้พันที่ระแวงว่าพูรินจะเป็นสายให้พวกอเมริกัน ส่งลูกทีมของทาชิโกมะไปสืบภูมิกลับที่หญิงสาวปกปิดไว้

โทกุสะรู้ตัวในที่สุดว่าตนติดอยู่ในความทรงจำ ก่อนจะฟื้นขึ้นมาอีกทีปี 2045 ในโตเกียวที่รกร้าง

พอทราบข่าวจากโทกุสะ บาทูและคนอื่นๆ รีบมุ่งหน้าไปโตเกียว ขณะเดียวกันที่ฟุกุโอกะ ผู้พันทราบข่าวว่าพวกเหนือมนุษย์จี้เรือดำน้ำนิวเคลียร์

พูรินคืนชีพในร่างอวัยวะเทียมทั้งตัวและขอติดรถคนแปลกหน้าเข้าไปในโตเกียว หน่วยปฏิบัติการพิเศษของสหรัฐอเมริกาต้องต่อกรกับมิซูกาเนะที่บ้าเลือด

บาทูและกลุ่มได้รับข่าวคราวความเคลื่อนไหวของพวกเหนือมนุษย์จากสแตนดาร์ด ผู้พันและพูรินตามไปสมทบกับทีมที่โตเกียว

ทีมเซ็คชั่น 9 พุ่งเป้าไปที่มิซูกาเนะกับชิมามูระ ทาคาชิเพื่อหาทางยึดเรือดำน้ำนิวเคลียร์กลับมา

ชิมามูระฟื้นขึ้นมาและใช้ไม้ตายสุดท้าย บีบให้คุซานางิและทีมกลืนไม่เข้าคายไม่ออก