NieR:Automata Ver1.1a: Sezon 1

Android YoRHa 2B otrzymuje misję zniszczenia maszyny klasy Goliat. Podczas walki poznaje zwiadowcę 9S. Po brutalnym starciu para poświęca się, by zniszczyć przeciwnika - ale dane 2B zostają przywrócone, w przeciwieństwie do wspomnień 9S.

Na Ziemi maszyny zaczynają wykazywać nietypowe zachowania. 2B i 9S wyruszają z misją nawiązać kontakt z Ruchem Oporu, który niespodziewanie zostaje zaatakowany. Po walce maszyny zaczynają interesować się ludzką wiedzą.

2B i 9S badają pustynię w towarzystwie wojowniczki Jackass. Maszyny zachowują się coraz dziwniej, kopiując dawne ludzkie cywilizacje. Androidy odkrywają tajemniczy kokon, z którego rodzi się humanoidalna maszyna.

YoRHa bada opuszczony park rozrywki, gdzie spotyka maszynę-śpiewaczkę. W jej wspomnieniach kryje się dramat nieszczęśliwej miłości. Choć 9S uważa, że maszyny nie mają emocji, 2B zaczyna mieć wątpliwości.

2B i 9S poznają Pascala - przywódcę pokojowej wioski maszyn. Tam odnajdują tajemniczą głowę Emila, która budzi pytania o przeszłość i ewolucję maszyn. 9S zaczyna kwestionować granice między maszynami a androidami.

Lily opowiada 2B o pierwszym spotkaniu Ruchu Oporu z YoRHa i tragicznym końcu wspólnej misji. Okazuje się, że jedna z androidek z tamtej wyprawy - No.2 - nadal żyje i samotnie walczy z maszynami.

2B i 9S wyruszają do Królestwa Lasu, gdzie rządzą niezależne, lecz agresywne maszyny. Spotykają A2 - dawną YoRHa - która zabija „dziecięcego króla”. Starcie między androidami ujawnia ukryte zdrady YoRHa.

YoRHa rozkazuje 2B i 9S odnaleźć i zniszczyć A2. Tymczasem 9S próbuje poznać prawdę o jej zdradzie, ale zostaje zaatakowany przez nieznaną siłę. Eve zaczyna tracić kontakt z bratem Adamem.

Adam więzi 9S w cyberprzestrzeni, ujawniając przerażającą prawdę o historii maszyn i ludzkości. Gdy 2B ratuje partnera, Eve rzuca się na Adama, co prowadzi do jego śmierci.

2B trafia do sekty religijnych maszyn, którą Adam zamienia w pułapkę. Dzięki pomocy zdalnej 9S udaje się jej uciec, lecz sytuacja na Ziemi staje się coraz bardziej chaotyczna.

Adam pochłania maszyny i staje się monstrualnym przeciwnikiem. 2B i 9S, z pomocą Pascala i Ruchu Oporu, szykują zasadzkę i ostatecznie go niszczą. Ale zagrożenie jeszcze nie minęło.

Adam zostaje ostatecznie zniszczony, ale 9S zostaje zainfekowany. 2B musi go dobić, lecz on ratuje się, przenosząc świadomość do ciała maszyny. 9S odkrywa straszną prawdę o Projekcie YoRHa - ludzkość nie żyje od dawna.

2B i 9S towarzyszą androidce z Ruchu Oporu w poszukiwaniu zaginionej towarzyszki. Okazuje się, że była ona androidem typu E - egzekutorką YoRHa, która odzyskuje wspomnienia i popełnia samobójstwo. W retrospekcji 2B ponownie zabija 9S na rozkaz Komendantki, ujawniając, że nie pierwszy raz to zrobiła.

YoRHa rusza do ostatecznej ofensywy, by odzyskać Ziemię. Początkowe sukcesy kończą się katastrofą, gdy androidy zostają zainfekowane wirusem. 9S odkrywa, że zainfekowano ich przez wbudowane tylne drzwi, a tylko on uniknął wirusa dzięki braku synchronizacji.

2B i 9S uciekają na Ziemię po upadku Bunkra. Komendantka ginie, a Bunkier zostaje zniszczony. 2B wspomina, jak musiała w kółko zabijać 9S, by chronić tajemnicę o wyginięciu ludzkości.

Po rozbiciu się na Ziemi 2B odkrywa, że została ponownie zainfekowana. Przed śmiercią przekazuje A2 swój miecz i wspomnienia. A2 dobija 2B, by oszczędzić jej przemiany. 9S, widząc to, przysięga zemstę.

Podczas naprawy A2 wspomina swoją pierwszą misję jako No. 2 i zdradę YoRHa. W przeszłości przeżyła tylko ona i Lily. W teraźniejszości A2 odzyskuje świadomość w opiece Pascala.

A2, z początku nieufna, zaprzyjaźnia się z dziećmi-maszynami w wiosce Pascala. Lily odwiedza ją, a tymczasem 9S budzi się i w samotności przysięga zemstę na A2 i maszynach.

9S odkrywa istnienie trzech jednostek zasilających Wieżę i wyrusza do pierwszej z nich - „Mięsnej Sali”. W gniewie zabija nieagresywne maszyny. Tymczasem A2 i Pascal przygotowują się na nadciągający atak.

Pascal i A2 bronią wioski przed falami maszyn. 9S w „Skrzynce Dusz” odkrywa, że technologia Czarnych Skrzyń pochodzi od maszyn. W gniewie niszczy rdzeń i dalej traci stabilność emocjonalną.

Ostatnia z dzieci-maszyn, zarażona wirusem, zabija resztę. Pascal popełnia samobójstwo. Lily, zainfekowana, prosi A2 o śmierć. Zniszczenie wszystkich rdzeni otwiera Wieżę. A2 i 9S ruszają ku finałowi.

Devola i Popola poświęcają się, by pomóc 9S wejść do Wieży. Ujawniona zostaje historia Projektu Gestalt i upadek ludzkości. 9S zaczyna tracić zmysły, ale idzie dalej, napędzany rozpaczą.

A2 odkrywa, że Wieża to broń mająca zniszczyć dane ludzkości. Projekt YoRHa miał zakończyć się porażką. 9S, tracąc kontrolę, spotyka A2 - oboje przygotowują się do ostatniego starcia.

A2 i 9S walczą. A2 wygrywa, lecz 9S ją hakuje. Z pomocą Podów łamie jego atak i aktywuje Wieżę jako arkę, by maszyny mogły odejść w kosmos. Po zniszczeniu Wieży Pody odbudowują 2B, 9S i A2. Bohaterowie budzą się ponownie z nadzieją na nowe jutro.