星際大戰：瑕疵小隊 第2季

西德在收到她的朋友菲·基諾亞的情報後，指派了特種小隊去薩利諾星（Serenno）去偷取已故杜庫伯爵遺下的戰爭遺產，以賺取小隊的資金。縱然小隊對此有所存疑，但獵人最後決定參與，小隊到達薩利諾星，發現帝國已經開始搬運財產往他方。小隊在嘗試確保其中一副財產的貨櫃時，行蹤被帝國軍發現，雙方駁火期間，歐米茄、技師和回音被困在準備升空的貨櫃內。三人尋找逃生方向時，他們嘗試利用貨櫃的再進入推進器作安全著陸。與此同時，獵人和破壞者嘗試以炸彈甩開敵人，到達鄰近村落。

貨櫃有驚無險地返回薩利諾土地，在歐米茄、技師和回音三人尋找回去掠奪者號的路上遇上了隱居深山中的當地倖存者羅馬·亞特爾，在雙方交談過程中，歐米茄三人開始意識到自由生活的重要性。在技師等人不為意之間，歐米茄偷偷出去企圖找方法取回戰爭遺產；技師和回音在尋找歐米茄時，遇上帝國軍搜索隊，繼而發生衝突，三人幸得羅馬的相助下成功逃出。同時，獵人和破壞者成功殺出重圍與隊員會合離開薩利諾星。蘭帕特副上將得知特種小隊從卡米諾生還後，因害怕殲滅對方失敗被高層懲罰，決定對塔金上將隱瞞此事。

在帝國軍營，準星被指派到哥迪指揮官（Cody）的小隊，前往前分離主義星球迪薛剋星（Desix）拯救被當地扣留作人質的葛魯頓總督（Grotton）。在攻入成功後，準星等人遇上了當地統治者塔尼·艾姆斯總督（Tawni Ames），對方提出了將迪薛剋星排除於帝國統轄範圍以外的要求，並指出戰爭時期共和國拒絕迪薛剋星要求與分離主義者建立和平作停戰，繼而對之失望。哥迪指揮官嘗試以和平方式游說對方合作，但準星盲目服從葛魯頓的指令將塔尼處決，令迪薛剋星被最終強制納入帝國統治。回到科羅森星基地，哥迪對帝國的所作所為開始產生了質疑和混亂，最後決定逃離軍隊，自我流放。

車隊進入多彩而危險的賽車世界。

這群人尋找一件古老的寶藏，卻引發了令人震驚的驚喜。

壞批次幫助帶一位新朋友回家。

在帝國眾議院，蘭柏特上將迫切地要求通過帝國軍向民眾的徵兵令法案，這意味著複製人士兵將被迫退役。一心捍衛複製人士兵權益的參議員萊奧崔慈，被名叫史立的士兵聯絡，透露其同僚凱德因企圖揭發卡米諾星被摧毀的真相，而被蘭柏特上將指使殺害。崔慈開始向蘭柏特調查，但被對方派出刺客暗殺崔慈和史立。史立最終被殺害，而崔慈卻被史立要求救援而來的雷克斯及時救下。雷克斯和崔慈準備審問該刺客，揭發其同為複製人後，卻被對方啟動自殺機制而死亡。

刺客死後，雷克斯隨即聯絡及要求特種小隊加入行動保護崔慈，去揭發蘭柏特上將隱藏的真相。為了取得證據，雷克斯要求小隊共同前往正在維修中的蘭柏特的驅逐艦上，史立預先弄好的行動記錄數據複本。而歐米茄則與崔慈共同行動，爭取更多參議員盟友的支持。小隊有驚無險下成功奪得證據交予崔慈，並在翌日眾議院上揭發蘭柏特的暴行，蘭柏特因而被逮捕。此時皇帝白卜庭到場，卻利用了蘭柏特這份籌碼，令徵兵令法案得以被強行通過。事情塵埃落定後，回音決定留在崔慈的團隊，與小隊暫別，希望與崔慈和雷克斯等人為複製人爭取應有的權利和未來。

西德指派特種小隊去她最近購入的礦場，去提取依西林金屬（Ipsium），但在開採期間，掠奪者號卻被人偷去。眾人被迫步行到就近的太空港口期間，被困在另一個礦場，並失去了剛開採的依西林。被困期間，歐米茄偶然發現了隱藏的依西林蘊藏地，但在開採時，她和技師失足墮入地下水池與眾人分開，歐米茄因此向技師坦露無法適應突如其來人生轉變的困難。不久眾人會歐米茄一行成功會合，並成功尋到出口步至早已被荒廢的港口。小隊成功與西德取得聯絡，卻被告知要等候數天，才有營救船隻到場。

掠奪者號被當地一名礦工青年班尼·巴洛偷取，並將之給予其僱主莫高，企圖賺取酬金。在港口，歐米茄提出以追蹤機器人訊號方法，成功尋得掠奪者號的位置。特種小隊到達了訊號的位置，潛入莫高的開採礦場，兼逮住班尼並要脅其帶到飛船停泊地。班尼一心要獎金而快將背叛小隊之際，卻被莫高搶先一步捉拿眾人。歐米茄此時發現莫高一直欺騙礦工們，以過低的工資一直壓搾剝削眾人。得知真相的礦工們於是群起反抗莫高，莫高走投無路下失足墮斃，礦工們因而得以取回應有的報酬。特種小隊亦因此得以取回及修好掠奪者號，與眾人道別後離去。

萊斯·夏洛博士前往位於坦帝斯山脈的帝國研究基地與娜拉·塞會面，並游說對方加入帝國的複製人研究計劃，但被娜拉·塞一口拒絕。另一邊廂，一艘秘密運送到坦帝斯山脈基地的貨運飛船失事墜落，西德指派特種小隊去起回貨船的貨物。小隊到場視察時，發現該「貨物」原來是一匹未成熟但極具侵略性的斯洛怪獸，由帝國秘密以卡米諾複製技術而成的生物武器。怪物隨後跑到城內引起混亂，但到場的帝國軍突擊隊將怪物制服扣押，並扣留了城內眾多的目擊者，使得特種小隊被迫撤退。不久，拉瑪·蘇亦被帝國軍帶到研究基地，並一同游說娜拉·塞合作。拉瑪·蘇亦向夏洛透露歐米茄的存在，以企圖換取釋放。

在一個嚴酷無情的前哨星球上結識了一位新朋友。

團隊尋求庇護並尋找新盟友。

隨住越來越多複製人士兵對帝國政權產生質疑，帝國帝拘禁了包括豪澤在內很多複製人士兵移送至秘密實驗基地，但在押送途中遇上了以回音和葛格為首的劫獄營救小隊攔截，複製人士兵得以被救回到科羅森星的隱藏庇護基地，並告訴了崔茲參議員帝國處置複製人的意圖。回音攜帶在劫獄期間複製押送船的加密數據，回歸到身處柏布星的特種小隊會合。在帝國坦帝斯山脈的秘密基地上，被拘留的準星被萊斯·夏洛博士迫供特種小隊（特別是歐米茄）的藏身之處，但準星成功看準時機，在被再次抓獲及折磨前，向特種小隊秘密傳送求救及警報訊號。特種小隊收到了準星的訊息，以及破譯了回音收回的加密數據資料後，最終得知了帝國的「高級科學研究部」的存在。

為了找出研究部的活動和企圖，特種小隊前往在艾利亞杜星（Eriadu）舉行的帝國高峰會議，以追蹤萊斯·夏洛博士的行蹤。會議期間，多人關注到帝國正在建立統治網絡以圖稱霸整個銀河，以及研究部秘密研究卡米諾人的複製人技術，企圖用以在計劃中。特種小隊在潛入會議大樓期間，發現了變成極端反抗份子的索·葛瑞拉隊伍在大樓其中，他們企圖藉此會議刺殺聚首一堂的帝國高層。小隊和葛瑞拉一行人最後引起了帝國軍注意而逃走，但葛瑞拉引爆炸藥，破壞了連接大樓的運輸纜車線路，令特種小隊被困其中。

技師雖然及時重新啟動了運輸纜車的電源，但他最終無法及時逃生而身亡，而纜車失控亦令倖存的特種小隊受傷，迫不得已撤回到曼特爾星的根據地進行治療。在悼念戰友身亡期間，西德最終為了自身安危利益而將小隊出賣。到場的夏洛博士拘捕了獵人和破壞者，迫使歐米茄現身企圖營救戰友但失敗告終。回音和AZI及時救回了獵人和破壞者，而歐米茄則被夏洛擄至坦帝斯山脈的研究部基地，而重遇準星和娜拉·塞。此時，研究部的科學家艾米莉·卡爾現身於歐米茄面前，並對之告訴了她們同是複製人姊妹關係的事實。