名偵探柯南 第1季

工藤新一是高中生名偵探，因為他的機智與推理能力，幫了警方不少的忙，所以也被稱為日本警察的救世主。新一和小蘭相約到遊樂場玩，沒想到卻在快速滑行車遇到了殺人事件，在新一的機智推理之下，自然又是協助警方破了這個案子。可是當新一目睹另外一樁犯罪事件的時候，卻反而被壞人灌入當未做測試的毒藥，不過他並沒有死，但是卻變成了小朋友，也就是江戶川柯南。

新一因為喝下尚未成功的毒藥，身體變小了，雖然身體變小，但是推理能力仍然存在，於是求助於阿笠博士，阿笠博士又將他委託給小蘭照顧。也因此，他幫助了毛利小五郎順利的偵破他半年來的第一件工作，董事長千金的誘拐事件。

知名女星沖野洋子遇上跟蹤狂，求助於毛利小五郎的偵探事務所。柯南與眾人一起前往她的公寓，卻在那發現一具屍體。

元太在美術館前面，撿到一張畫著暗號的地圖，他們一致認為那是藏寶圖，經過柯南的推理及一波三折，終於找到了金幣的藏匿地點。但是，這時候義大利的強盜集團也出現，指稱那些金幣是他們所有，柯南他們也因此陷入危機。最後關頭，柯南再次展現他的機智，不但死裡逃生，更將強盜集團一網打盡。

毛利小五郎帶著小蘭和柯南，搭乘新幹線準備去京都參加朋友的婚禮。柯南看到了黑衣打扮的男人，結果是認錯人了。但是，卻也因此發現了一宗爆炸案的陰謀。為了要阻止這場爆炸案，柯南使出了渾身解數，甚至都要向小蘭表明自己的真實面目，結果，終於在最後一秒鐘，解除了危機。

動畫原創，園子和小蘭被邀請到皆川家參加情人節派對，柯南悄悄跟隨卻被發現。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關谷香的巧克力，又對直道和若鬆冷嘲熱諷，狀態不佳的他決定外出透氣，他的心儀對象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節製造了慘劇？

小川醫生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，於是前往毛利偵探事務所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫生工作的醫院調查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進一步加深。最後柯南在千鈞一髮之際成功救了小川醫生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

城中美術館冒出中世紀盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣打算一探究竟，沒想到卻意外地發現美術館在一周後即將關閉。而購買美術館的購買者真中計畫將這裡改造成飯店。小蘭一行在參觀地獄館的過程中發現真中被釘在牆上，而在回放錄影的時候發現竟然是展覽的盔甲將真中殺害！但在回放了錄影帶和勘察現場之後柯南發現了犯人的犯罪手法並找出了真兇。

柯南和小蘭在參加天下第一夜祭時碰到了作家世井，他讓小蘭幫忙拍了幾張照片，這時，橫溝警官找到世井說他的朋友今竹被殺，大家一起趕往犯罪現場，期間，世井用自己的文稿代替今竹的交給了《文藝時代》的記者，種種跡象表明世井就是兇手，可讓人棘手的是此人有不在場證明——相機裡那些照片，仔細推敲後柯南發現了其中的破綻。

某天自稱是新一女朋友的量子前往毛利偵探事務所，此舉引起了小蘭極大的反感。其實量子被拜託看護著名足球員赤木英雄的弟弟赤木守，小守竟遭綁架！迫於綁匪的壓力量子不敢驚動警察才出此下策。在小蘭拜訪量子的時候柯南發覺了量子的難言之隱以新一的身份打來了詢問電話。在柯南的推理幫助下終於找到被綁架的小守而英雄也在得知弟弟被找到後完美的贏得了比賽。

麻生圭二的人邀請來到月影島，打聽之後得知此人十二年前就在貝多芬的《月光》曲中詭異死去，至今島上還流傳著關於鋼琴詛咒的流傳言，因為前任村長就是死在鋼琴旁。柯南等人來的當天，正趕上前任村長的法事，突然鋼琴聲響起，大家衝進琴房後，看到的是資產家川島先生的屍體。暮目警官到達的當晚，現任村長也被人刺死，身旁還留下了音符的暗號。 柯南注意到這些音符並將其解讀，這時，當地的老警察說倉庫裡有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當在看到麻生圭二留下來的樂譜後，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領結和廣播室說出真相。

柯南和步美他們一起玩捉迷藏的遊戲，步美躲在一輛車的後車廂中，沒想到竟然睡著。元太一直找不到步美，最後柯南終於用無線電和她聯絡上了步美，但步美卻在車的後車箱中發現了一個人頭！剛好此時有件連續綁架少女殺人事件，柯南懷疑那輛車的兩個男人就是那個事件的歹徒。為了救出步美柯南透過步美的描述利用滑板開始追蹤步美。最後柯南成功追上了步美但所謂的連續殺人犯卻是誤會一場。

【魔改主線劇情】阿笠博士送給柯南一幅追踪犯人眼鏡，柯南本想把發信器粘在小蘭身上，卻陰錯陽差的粘在了來偵探事務所找爸爸的雅美手錶上，根據女孩提供的資訊柯南在賽馬場找到了女孩的爸爸健三，事情本應就此結束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔心雅美有危險，柯南利用追踪器找到了一個高大的男人並非雅美，從柯南另一個參與此事的偵探口中得知此事並非尋人那麼簡單，深入調查過程中，又出現了一樁命案。

動畫原創，柯南和小夥伴們在河裡抓魚時，發現對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，並看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之後，柯南和夥伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數字的計算器，之後柯南便對著這些數字苦思冥想，認為求救者留下的162就是指162國道，找到相應的路段後，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正意義。

少年偵探團幫隔壁班浩樹找貓的時候，無意中在一戶人家的浴室裡發現屍體，柯南趕緊叫來警察調查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南衝進浴室卻發現屍體不見了了，而這個大叔卻表示什麼都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家並幫忙一起尋找，經過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團在夜裡繼續調查，柯南一人潛入，卻遇到了危險…

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之託，調查太太丸稻子是否有外遇。結果遇到傳次郎有客人來拜訪。但過去兩三個小時仍然不見傳次郎的蹤影，在進入的房間後發現傳次郎已經被殺害！而房間的牆上也不滿了劍痕。經過調查後犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來拜訪傳次郎的客人中。最後透過勘察現場柯南發現了死者留下了死亡訊息並最終找出了犯人。

动画原创。少年侦探团到商场看假面超人秀。在回去的路上，元太为了拿回忘在商场里的假面超人签名被关在了已经打烊的店里。谁知外表看似寂静的百货公司实际上却一点也不安静。戴著面具的人偶挟持了警卫和工作人员！看似单纯的强盗事件幕後竟还有共犯。遇上了强盗集团的少年侦探团正陷入极度的危险之中！最终少年侦探团的孩子们成功的化解了百货公司的危机。

柯南和小蘭受邀請一起去參加國中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有個習慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶裡下毒來毒害松本的。在觀看了錄影之後柯南發現了犯人的目的，最後柯南讓兇手現出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

動畫原創。戶屋英子是服裝界的名設計師，但是她所設計的服裝卻搶先被其它的廠商發表上市。明明知道是她的秘書盜取商業機秘圖利轉售卻又無可奈何。這天小蘭被選為英子的模特兒和柯南，小五郎一起來到英子的公司。而就在這時突然發現英子的秘書美香被刺身亡。在勘察現場之後柯南最終發現了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶屋英子也承認了自己的罪行。

步美某日經過傳說中的鬼屋，而且還看到屋內有鬼火！為了一探究竟柯南，步美，光彥還有元太一起出動來到這個傳說中的鬼屋。因為屋主被殺後家裡的其他人突然不知去向，於是許多鬧鬼的傳說就此傳開。但在柯南和少年偵探團的各位探查之後發現了鬼屋中真的有人居住著！在調查了屋子之後柯南終於發現背後真正的秘密。最後殺害房子主人的兇手也自首承認罪行。

動畫原創。小五郎作為顧問加入了洋子拍戲的劇組，拍攝結束後，小蘭找男主角那智簽名時卻看到了他被攝影師安西威脅場景。晚上大家其樂融融的回旅館聚餐，期間妙子曾回家取東西，她的未婚夫島崎外出賣煙，回到旅館後的妙子看到外出的安西神情充滿恐懼。小蘭和洋子外出買東西的路上，發現了死在神社的安西，柯南再次展現推理頭腦，找出真兇。

小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華遊輪，並遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武並將他關進倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發現了長孫女秋江丈夫的屍體，被禁足的小武也不見了蹤影。

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武，就在長女麻理子擔心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時，遊輪突然停電，隨之而來的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發現這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開，兇手真的是突然消失的小武嗎？

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個深情恍惚的少女，送去醫院檢查後，醫生說少女暫時失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭痛而跑出飯店，突然有一輛車迎面開來，但少女靈敏被避開，調查過程中柯南發現這名女子身手矯正總能避開危險，她到底是什麼人？為什麼總遭到攻擊？

動畫原創。小蘭的同學直子被綁架，當歹徒發現有警察時，便放棄交易開車衝進海裡，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔心。某日，小五郎突然接到不要在調查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗​​暗潛入直子家後聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不願花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在後車箱裡，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。

動畫原創。某天，小五郎，當小蘭和柯南三人走到坂口家時，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然衝出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜託小剛在他出差的時候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調查坂口兒子正人自殺的事時，發現正人的自殺和小剛有關，坂口成為最大的嫌犯，但他到底下了什麼命令讓約翰攻擊小剛？

小五郎和他的大學同學在弁慶溫泉旅館舉辦柔道社同學會，參見的人都是小五郎的死黨，大家一時興起決定在煙火大會開始前打桌球消磨時間，只有由美一人回房休息，煙火大會開始前朋友們考慮到由美的脾氣，便沒去打攪她休息，結束後，大家一起去由美的房間，發現的卻是由美舉槍自盡的屍體，經過檢查發現由美死於下午三點左右，也就是大家一起打桌球的時候。

經過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美並非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報仇親手揪出犯人，並將目標鎖定在阿淳、和志、行雄和紀子剩下的朋友中，這時，阿淳說自己曾在五點的時候看到過由美，案件出現了矛盾，死於下午三點的由美怎會在五點的時候出現，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家採取的手段？

動畫原創。某天小五郎偶遇了大木田社長並把自己的名片給了他。之後的晚上大木田突發心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調查也來到大木田的家。在調查了現場之後柯南發現了大木田大量出汗的事實，而從現場外面的花和點心處發現了大木田死亡的真正的原因。之後柯南得知了社長和司機之間的矛盾後推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實身份並抓獲了犯人。

動畫原創。大名鼎鼎的巽律師找小五郎來飯店談事情，他希望小五郎能找到妻子外遇的證據。晚上，小五郎等人經過巽律師家時，看到有好多警察，原來是巽太太被人謀殺，柯南在現場發現了訂書針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發生時他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場證明，柯南決定重回酒店開始調查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書針，將這些串在一起，真相只有一個。

小五郎錄製全日本偵探社的錄製節目時，製作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因為他是射擊高手，並且他曾在播放偵探短片的四分鐘內離開過攝影棚，但柯南怎麼也想不明白，他是如何在這麼短的時間內往返於九樓和四樓之間，在了解了大樓構造後，柯南終於明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎並藉來攝像機，向全國實況轉播了小五郎的推理秀。

得知小蘭要去約會，柯南死纏爛打的跟著一起去了咖啡店，為哄柯南迴家，小蘭外出買蛋糕給他。小蘭離開後，咖啡店裡依序來了幾位客人，有凶巴巴的女人、花花公子、美女律師、大學生和大塊頭男士，正在猜測哪位是小蘭的約會對象時，廁所傳來慘叫，原來是兇巴巴的女人在廁所被殺掉，但在柯南和美女律師的推斷下，兇手浮出水面，之後柯南才知道小蘭的約會對象居然是…

動畫原創。阿笠博士帶著少年偵探團來到野外，並交給他們一張地圖讓他們去尋找寶藏，路上困難重重，但大家不畏艱險互相扶持，終於接近終點，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這裡有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個行跡可疑的男人突然出現，柯南採用智鬥將他們打到後，又發現了一個大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

小蘭受邀來到園子家的別墅，參加園子的姊姊綾子大學電影社的社員的聚會。被太田邀請在雨中散步小蘭，突然遭到神秘繃帶男的襲擊，還好柯南等人趕到小蘭才免遭傷害，大家決定報警可電話卻打不通，而門外的吊橋也被人砍斷，接著大家看到繃帶怪人擄走知佳子，並森林裡找了知佳子被肢解的屍體，深夜，繃帶怪人潛入小蘭房間，想要置小蘭於死地。

柯南為保護小蘭扭傷了腳，為安全考慮，大家決定集中到餐廳等待天亮。突然屋內停電，黑暗中，繃帶怪人再次出現攻擊小蘭，但被小蘭躲開。柯南根據目前找到的線索，確定兇手就是電影社員中的其中一人，在想通了兇手為何多次襲擊小蘭的原因後，他將園子麻醉，借助園子之口，道出真相和兇手。

動畫原創。柯南要陪步美拔牙時，被葉子醫生婉拒。而當晚七點半不動產老闆中本被殺，發現屍體的人就是葉子和管理員，雖然葉子有殺人的動機，但由於步美的證詞，葉子有不在場的證明，因為她那時正在陪步美看七點半開始的假面超人。柯南一人在葉子家附近調查，看到葉子家和診所一樣的窗簾，柯南便知道了葉子的手法，並且那副假面超人的撲克也成了重要的證據。

動畫原創。毛利偵探事務所來個叫典子的女人，她拜託小五郎幫她調查一個叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟踪，她離開後，柯南從典子的朋友那裡得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復仇，他趕緊打電話給小五郎，當大家趕北川住處時，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復仇。

就在小五郎因跟蹤一個男人三天而大賺一筆高興時，電視上播報出一個名叫根岸的人在紅鬼村火祭被燒焦的消息，誰想此人正是小五郎跟踪了三天的人，而嫌疑最大的就是繼承了根岸五億財產的阿部豐，可根岸被殺的時候，阿部豐在外旅行，因此他有充分的不在場證明，可這些沒能瞞過柯南的眼睛，他還是解開了阿部豐的「不在場證明」。

小五郎帶柯南和小蘭為四井集團董事長千金麗花慶生，宴會結束後，大家的車都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來陪她。當晚，麗花莫名失踪，大家在尋找麗花時，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之後，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調致使停電，因此可以確定犯人是別墅裡的人，這時，麗花浸在水裡的屍體被發現。

麗花身上有被綁的痕跡，柯南在調查中扭開水龍頭的時候，發現水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之後，接下來就是找證據，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更確定了自己的推測，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動機則源自兩年前。

畫原創。柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時，理事長室的優勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時，棒球隊主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認為事情不會那麼簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細觀察了錦旗後，他知道了犯人是誰，並利用變聲領結將大家叫到理事長室揭露了兇手。

園子、小蘭和柯南三人一起參加搖滾樂團雷克斯的慶功宴，卡拉OK包廂內，大家都因雷克斯樂團將要解散而面露悲傷，在主唱達也演唱完《血紅的維納斯》後，中毒猝死，在場的人都有作案的嫌疑，柯南無意看到達也以前的樂團照片後，便明白了兇手是誰，他躲在暗處以工藤新一的身份將兇手揭露，而因這場兇案牽扯出的愛恨情仇也無疑讓所有人扼腕嘆息。

【主線劇情】某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脫，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開後柯南按照那夥人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向…

【主線劇情】某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脫，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開後柯南按照那夥人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向…

動畫原創。女性實業家兒島鬱子在家中被殺，死的時候她身著睡衣臉敷面膜，在這個案件中有三名嫌疑人，TM證券營業所的警衛泉、死者的女兒千尋以及屍體發現者吉岡，他們都曾在死者生前與她見面，泉可以暫時排除嫌疑，因為案發時他正好碰見小五郎，可千尋卻說他有殺人動機，三名嫌疑人陷入了互相揭露動機之中，「兇手的指針」在他們三人徘徊，可真相只有一個。

大家一起去滑雪的時候，小五郎弄丟了別墅的鑰匙，三人正愁沒地兒住的時候，醫科大學的大山教授認出小五郎並邀請他們去自己的別墅，並正巧碰上了大山教授學子們的聚會，期間，中原驅車下山買下酒菜，趁這個機會大家也都各自活動，可中原回來後，卻發現大山教授被殺，柯南在現場根據教授留下的線索找到兇手。

動畫原創。當柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運動的西條、成瀨和木島發生爭執的一幕，而體育俱樂部負責人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因為沒找到什麼有用的線索，警方準備以意外死亡結案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人並從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。

【主線劇情】某日，偵探事務所來了一名不速之客，關西高中生偵探服部平次，他此次前來是要找工藤一較高下，這時，達村外交官的夫人前來拜託小五郎調查兒子的女友幸子，跟著夫人一起來到府邸時沒想到正好碰上達村外交官被人毒殺的現場，而且這是一件密室殺人，服部找到破案線索並成功破解了密室殺人的手法，而柯南卻因感冒喝下服部給他的白乾酒發高燒昏倒身體異常痛苦。

【主線劇情】小蘭找來醫生時，卻發現柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現場，而服部已經開始了對兇手的指認，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動承認，這時，工藤新一出現，他推翻了服部的推測，並對兇手重新指認，服部甘願認輸，警方帶走兇手後，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說句話就躲了起來變回柯南，休息了三天后，他意識到老白乾是讓他恢復原形的方法。

柯南在朋友們去圖書館做讀書報告時，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋後離開。但少年偵探團留到夜晚做深入調查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開後，大家發現館長在利用圖書館進行販毒交易，當他們找到被館長殺害的玉田的屍體時，沒想到館長也發現了他們，少年偵探團能否順利脫險？

動畫原創。因洋子推薦慈善高爾夫大會，小五郎抓緊練習，而在高爾夫球場還有其他一行人打球，分別是某開發部的經理橘、課長安井、主任大久保和社員南，橘和安井的技術非常好，安井將球打完後，休息了一會兒便離開了，這時，球場突然發生爆炸，橘死亡，除離開的安井外，其他兩人均受傷，小五郎順利的推理出兇手就是安井，但柯南確認為真兇另有其人…

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因為迷路和爆胎被困在山上，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這裡除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發現了主持被吊在房樑上的屍體，而同樣的事情曾在兩年前也發生過。 暮目警官趕來寺院展開調查，就在大家一籌莫展準備離開時，獨自調查的柯南從被強大力量打破的牆壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹林裡的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個修行僧當中，他用阿笠博士給他的紐扣擴音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎散步的時候，聽到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發現不動產社長井本被殺，經過排查，犯人鎖定在了曾經賣漁具的寺沢、來借錢的土橋和協商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發現了兇手的法案手法後，利用簡單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網。

【主線劇情】柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩遊戲的發布會時，碰到了遊戲製作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李後，趕往會場，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，並從中得知此人和黑衣組織有關，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理後，柯南發現這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的黑衣組織的線索？

動畫原創。委託人表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫生佐藤、伊達，期間伊達曾生氣離開。在換乘休息的途中，警方在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發現屍體，柯南洞察到伊達神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎麼樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

動畫原創。清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在屍體旁邊發現了一個沒有指紋的口風琴，柯南認為這並不是簡單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長中山的辦公室進行調查時，這裡的監視器引起了柯南的興趣，在對監視器進行了簡單的操作後和攝影內容簡單回查後，兇手浮出水面。

【主線劇情】柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團，但這次旅行的主辦人旅店的老闆金谷，被人鎖在車裡推下山崖還引發的爆炸，而被孤立無法與外界聯繫的旅客，因為不希望再出現死者，都集合在旅店房間裡，說自己已經知道兇手是誰的綾子，在車庫裡爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。

【主線劇情】兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發現兇手就在屋內，並且否定了兇手是老闆的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應，對柯南產生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老闆和綾子的手法。為了保護自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，讓他沒想到的是，就是這個舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。

動畫原創。少年偵探團在兒童跑腿活動中，扮演活動紀錄。一行人跟在兒童小宏後面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進過，一幢將要拆掉的廢棄大樓裡，小宏在躲過了兩次人為製造的意外後，被人擄走，柯南從記錄的中發現了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，並在地下室找到了小宏和一具屍體，這時，兇手將少年偵探團關到樓中，而外面拆除大樓已經開始，少年偵探團能否逃過一劫？

小五郎應畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時花岡出現，與此同時，另一位住在對面的女插畫家蝶野打來電話說要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現場時蝶野已死，而這個看似自殺的案件其實是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時，花岡正和大家在一起，他到底是怎麼做到的？

動畫原創。七年前載滿相當於十億日元金子的竜神號，突然出現在敷島海面。以幽靈船為噱頭的村長三上邀請小五郎來演講，而他的真正目的是拜託小五郎找到金子的所在。演講時，小五郎差點喪命講台，兇手很有可能是島上的守衛浜田，和旅行社職員上原，兩人也似乎是舊識。當晚小五郎一路追蹤襲擊他的武士，卻被人打暈掉入了兇手的陷阱，成了殺害浜田的兇手。

動畫原創。就在警察要強行帶走小五郎時，柯南在機械室和浜田的屍體上發現的有力證據幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當大家要暗中逮捕上原時，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘後，屋內響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號調查並和鈴一起進入海軍山洞，卻在這裡發現上原的屍體…

這天，少年偵探團跟著阿笠博士一起來到電影「哥美拉」的拍攝現場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的製片人龜井說出了電影要在今年結束的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被暗殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現場！追蹤哥美拉後只找到被燒死的哥美拉服。看似毫無頭緒的現場在柯南縝密的勘察下最終發現了犯人的身分。

動畫原創。小五郎的學長寺岡請他們吃烤肉的時候，突然接到一個名叫松山的人的電話，為勸說此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其後，到達碼頭後，寺岡單獨去見松山，可不一會兒，大家就聽到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說手槍上除了寺岡和松山還有第三個人的指紋，柯南仔細思考之後，斷定這枚指紋就是讓犯人認罪的完美證據。

動畫原創。在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟踪並進一步詢問得知，此人名叫遠藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。隔天，犯人打來電話要錢，遠藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據點的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質救出。

動畫原創。這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學時代的同學大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋裡喝茶說話時，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調查下發現死者生田是在和同學聚會的途中出去後死亡的。而在勘察了現場之後柯南發現了犯人使屍體自動摔下的手法並以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認了罪行並坦白了自己殺人的原因。

動畫原創。小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當所有的嫌疑都指向和水杯有關係的館岡和中山時，塩田卻搖頭否認，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿並可獲得一個包含某種病毒程式的磁碟。但在旅途中不知什麼人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之後柯南打電話詢問阿笠博士關於程序的事情得知了病毒的事情。晚餐後回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發生口角的前田並被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻是墜樓生死！

這個從天而降死亡的人是江源，但從領結和皮帶等細節可以看出暗夜公爵並不是江源，警察去江源房間搜查時，發現房門居然上有防盜鎖，兇手把江源推下後是怎麼逃脫的？當警方對其他人偵訊時，暗夜公爵將看守江源屍體的空手道高手打昏，還出現在了柯南、小蘭和佐山面前，並完全躲開了小蘭攻擊，難道說兇手就是…

看到防盜鎖上膠帶的痕跡，又透過試驗證實自己的推測，柯南輕鬆破解密室難題。在調查過程中，柯南在銅像附近找到了自己掉落的鋼筆，他注意到酒店下的風，詢問得知這叫“公主風”，將“公主風”和其他七位旅客的房間位置結合，柯南斷定兇手就是那個人，這時，小蘭急匆匆跑來說找到可以洗清前田嫌疑的證據，柯南利用小五郎展開了一場精彩的推理和實驗。

動畫原創。柯南三人在去郊遊的路上聽到一聲慘叫，趕到現場的時候發現一名男子痛苦的躺在地上垂死掙扎，不一會就氣絕身亡，在他的旁邊有一瓶卡滋曼，化驗結果顯示，這名男子是中毒而死，有名警員說這個人是米花之狼，曾經跟蹤一個女孩。警方找到這個叫西谷的女孩，詢問後並未發現異常，但柯南認為案件定有蹊蹺，經過反覆調查和設想，他終於明白了犯人的作案手法。

園子邀請柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財閥的別墅也建在旁邊。當晚別墅突然停電向外看時，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現場，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時發現剛到達的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調查下最終鎖定了犯人並已園子的身份揭露了犯人的身份。

動畫原創。少年偵探團在海灘度假的時候，偶然認識了春日財團的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時撿到了小忍發出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出醜惡嘴臉以步美為人質，關鍵時候小蘭趕來，將春日制服。

動畫原創。小五郎參加電影《死神陣內》試映會時，主演南條的太太拜託他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內的出現，可沒想到死神真的出現了，在大家追死神的時候，南條被殺，警方在兇案現場發現了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經理人吉野遭到槍襲，大家都認為電台導演大野嫌疑最大，但大野卻說有一個人比他更有殺人動機。

這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現，於是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當他們到達肥田的住所時卻發現肥田已經死亡！在詢問死者習慣的時得知肥田有把錢弄成扇形並舔手指數錢的習慣，而小五郎根據這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現場之後柯南推理出犯人並不是飯野而是另有其人。最後在鐵證面前兇手承認了自己的罪行。

【主線劇情】米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號後來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內部搞的一團糟後，順利逃跑，並留下通知信說他定會盜走「黑暗星辰」。宴會當天，園子的母親給上船的每個人都發了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會長登上船隻。 茶木警官讓所有賓客互相做暗號，防止基德混入其中，這時，船內突然暗了下來，光束中基德出現，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她邀請的真田魔術師，小蘭在紙牌魔術中抽到了基德的留言，而這時一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動不安，戴在鈴木夫人身上的“黑暗星辰”也被偷走，柯南拉著小蘭來到機房說他已知道誰是基德…

一群人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發出慘叫，此時大家在樓下的陽台上看到長子秀臣口中含刀，當大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發之後的第二天，警方在池塘底部發現秀臣，看似自殺的屍體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發前就被人毒害投入池塘。

為找到更多的線索，柯南和服部對長門家的門衛和廚師等人逐一進行詢問，並且在對個個房間的搜查中，找到了女僕口中的床單，而且根據秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時間，一切準備就緒，服部叫來目暮警官，重現當時犯案的場景，兇手就是那個人，但逼死兇手絕不是一個偵探想要的結果。

動畫原創。小蘭和園子去東都銀行取錢的時候，碰上了搶銀行的歹徒，他用槍威脅銀行職員谷口將現金裝入背包，趁歹徒放鬆警惕，甦醒過來的銀行職員前島正要從背後攻擊的時候，電話鈴聲突然想起，前島被射傷，此時，銀行一片惶恐，谷口衝上去撲倒歹徒將他擊斃。當警察趕到時，柯南注意到了電話鈴聲，他認為此事並非單純的搶劫案，而是另有內幕。

動畫原創。打棒球時，元太不小心傷害一名流浪畫家，送到醫院檢查才知道自己失去了記憶，後來畫家悄悄離開。幾日後，畫家的屍體被發現，為調查真相，少年偵探團出動，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進一步調查後，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、牆壁上的畫串聯起來，沒錯！兇手就是她。

少年偵探團，在機緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會的會場。後來在餐廳外，歹徒當著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團拿著TWO-MIX最新的歌曲練習帶去交換人質，歹徒在電話裡讓少年偵探團把警察甩掉並讓步美一人前去，於是柯南和步美調換身分。

柯南離開時雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團卻私自行動，並利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報警的時候被歹徒發現。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習帶的目的後，歹徒惱羞成怒點燃屋內的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

動畫原創。小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去後，卻發現屋裡什麼都沒有，接下來的幾天，發生了同樣的事情，主治醫師白井說可能是因為疲勞而產生的幻覺，但柯南卻認為事件沒那麼簡單，他陪夜的當晚也看到了殺人場景，兩人一起跑出去，當他趕到小五郎身邊時，卻發現小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經死去的江藤醫生，小五郎就這樣糊里糊塗的成了「殺人兇手」…

小蘭、園子和柯南三人滑雪時，意外的碰到小蘭的小學老師米原等人，並在他們的邀請下住進了滑雪別墅裡，當晚，園子和米原被人襲擊，之後還發現了遲到的杉山被人勒死的屍體，他們三人手上分別寫著「美」「奈」「子」三個字，看到這些字下田回到自己房間躲起來，柯南和阿笠醫生聯絡後得知三年前杯戶小學發生自殺案件，當時自殺的學生就叫望月美奈子。

這時，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發現下田被人勒死，柯南立刻開始找凶器，但並未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發現了頭髮，兇手就是那個人！但該透過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時，他想到以工藤的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相後痛哭不已。

放學後，光彥一夥兒聚在一起研究寬波段接受器時，無意中接聽到了一個綁架恐嚇電話，大家都很擔心這個被綁架的女孩性命，便決定根據這通電話找到女孩，柯南根據歹徒陸續打給女孩爸爸的電話，和夥伴們一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人質。

動畫原創。柯南、小五郎和小蘭開車到北海道看丹頂鶴，偶然認識了飼養丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們去自己家入住，大伯的弟弟阿保熱情招待他們，就在這個時候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財產的事兒而來。之後，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時候發現大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據自己對現場的勘查認為兇手另有其人。

動畫原創。柯南與毛利小五郎等人受名小說家虎昌先生委託調查妻子的外遇事件，於是小五郎帶著小蘭和柯南來到被稱為吸血鬼山莊的虎昌家。當天晚上在書房看電影的虎昌先生卻被殺害！而兇案現場的門被從內部反鎖，屋外的積雪已深，卻未留下任何腳印，是真正的密室殺人案件。加之因為大雪警方也無法前來使得案情疑雲重重。

動畫原創。當晚發生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎麼到書房的呢？當大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機的事實漸漸浮出了水面。最後柯南發現了兇手的犯罪手法並將其公之於眾，而兇手也最終承認了因為妹妹的去世而起殺念的事實。

動畫原創。當晚發生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎麼到書房的呢？當大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機的事實漸漸浮出了水面。最後柯南發現了兇手的犯罪手法並將其公之於眾，而兇手也最終承認了因為妹妹的去世而起殺念的事實。

小五郎因趕著去看洋子演唱會，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個老人和因車禍受傷的年輕人。某天，柯南和朋友們去醫院探望小五郎時，碰見老人的兒子關口，當大家討論起近期發生的銀行搶劫案時，關口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點的柯南，暗中觀察得知關口被那夥銀行強盜威脅，但最後在柯南和少年偵探團的幫助下，關口的女兒得以解救。

動畫原創。半年前銀狐在完成了一件不露痕的暗殺後，消失匿蹤。某日，一個叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務所委託小五郎找出銀狐，接受了他的委託後，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進行登山活動，同行的還有五個登山客高梨恆、平井健一，能勢新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發生了，當晚，小五郎也遭到襲擊…

動畫原創。隔天，山岳莊內發出小蘭的慘叫，柯南等人趕到後發現恭子被人刺殺，就在大家推測出誰是兇手時，河邊晃、潮文造和管理員都不見了踪影，小五郎認為潮文造有危險便急忙跑入山中，不想卻碰上地震，他們救了河邊晃後返回山岳莊，河邊晃承認了自己的罪行，但卻否認自己是銀狐，那麼銀狐到底是誰？潮文造又是出於什麼樣的目的委託小五郎？

動畫原創。柯南、小蘭和小五郎去滑雪的時候，和扮演雪女的明子以及她的替身住在了同一家旅社，期間，小蘭曾看到雪山上有雪女出沒。大家在愉快的滑雪回來後，柯南注意到一同出去的明子和洋子卻並沒有一起回來，當晚洋子邀請大家一起喝酒，明子因為咳嗽並未參加，次日，洋子跑來找小五郎說明子留下遺書自殺了，找到屍體後，柯南發現這根本不是自殺，而是被人謀殺，兇手就是那個人！

動畫原創。小五郎和朋友分開，當一個人醉醺醺的在街上遊蕩時，碰到了有過幾面之緣的佐知子，她邀請小五郎和她一起兜風，之後，小五郎在送佐知子回到家時，發現她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當時和小五郎在一起，有充分的不在場證明，那麼到底是時間的錯亂？還是兇手另有其人？

九十九七惠透過妃英理的介紹來到毛利偵探事務所，她拜託小五郎幫她重新調查丈夫著名魔術師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個學生真田一三、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之後，他們來到元康的死亡現場——地下室，柯南仔細進行現場勘查，發現了電話上一串奇怪的數字，期間，小蘭對柯南起了疑心，暗中觀察他，但柯南毫無意識。 破解密碼後，元康留下的線索居然是……案件解決之後，小蘭找藉口把柯南帶到了工藤家，並戳穿柯南就是新一的身份，這時，工藤的母親有希子從美國回來，在她的幫助下，柯南逃過了小蘭的質問。 隔天，有希子帶柯南來到鄉下，原來她是受兒時朋友廣美所託，來鑑別剛從巴西回來的叔父義房的「真假」，晚上，義房說他早就知道大家的懷疑，並從身上拿出一封恐嚇信。 柯南用自己的方式證實了義房身份並未偽造，經過院子的時候，廣美和有希子談起了15年前自己母親從這裡落井死亡的事，突然，柯南看到了木門那邊有個可疑人影。當晚，大家輪流洗澡時，去外面加柴的廣美發出叫聲，她看到了可疑人影，並在古井發現了二媽真知子的屍體，而家裡的汽車也莫名被停到了森林。這時，藪內家的律師趕來宣讀遺囑，期間，義房差點被人蓄意設計的十字弓殺死。 柯南向大家分析兇手是有目的的要殺某個人，這時，警察說他們在木柴那裡找到了一盒磁帶和包有雨衣的凶器，聽過磁帶之後，柯南揭穿了想要殺死義房的兇手敬子，但被問到真知子的死亡時，敬子卻矢口否認，柯南說兇手確實不是敬子而是另有其人，還沒待他講完案件，那個鬼鬼祟祟的墨鏡男出現了，他居然是…

動畫原創。收到市川產業的會長的委託而且參加了在會長家開的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調查了會長的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時卻不慎被人暈倒，當他起來趕往會場的時候市川卻因為突發心臟病倒地身亡。但市川真的是因為突發心臟病死亡卻引發了市川的女兒們的爭論。而從包包裡搜出的注射器的一重也成為了頭號嫌疑犯。但在柯南推理下最終發現了真兇的身份。

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛門說的電話邀請他們到自己的家。原來菊右衛門是讓小五郎來看他的新作「風水丸」。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時候竟然不小心把「風水丸」打破了！而在晚上的宴會中土屋益子也因為醉酒不起而被抱回了房間。但在第二天早上，從倉庫裡傳出了陶器的破碎聲，當大家跑過去的時候發現益子竟然上吊身亡。

土屋益子雖然被認為是因為打破了菊右衛門的新作“風水丸”而內疚自盡的，但柯南在看到現場的血跡時發現了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件並推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認了罪行，坦白了因不願意益子繼續將自己的作品作為師父的作品來欺騙他人而殺人的事實。

柯南等人參加了麻美這個自稱是新一的初戀情人，在別墅舉辦的生日聚會，因為她睡著了大家就留她一個人在別墅，剩下一群人則上街去唱卡拉OK，這時，沢井發現別墅方向發生了火災，可麻美還在屋裡睡覺，所幸小蘭將門踢開救出了麻美。

在醫院醒來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之後卻發現麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現場狀況，並下山去沢井等人去的便利商店詢問當時他們買東西的場景，在老闆指出有一人行動奇怪後，柯南便知道了放火就是那個人！

小五郎、柯南、小蘭受邀來到想請他們教導偵探訣竅的時代劇演員土方幸三郎的家中公寓，卻目擊到正陷入離婚風波的土方之妻永倉勇美，在隔壁被傳是勇美外遇對象的演員沖田一的房間陽台離奇死亡。沖田堅稱當時只有自己一個人在房間裡，主張自己清白……

時代劇演員土方幸三郎的妻子永倉勇美在隔壁沖田一房間的陽台上被勒死，從現場的狀況來看，沖田被認為是犯人。但是，真正的犯人使用了巧妙的手法，將其偽裝成是沖田的犯行。柯南在蜂擁而至的採訪記者們面前，用麻醉槍射向小五郎，揭開了事件的全貌。

小五郎收到一位名叫中村操的推理作家的來信，信中提到，他繼承自過世祖父的洋館裡，接連發生不可思議的事件，於是小五郎便前往拜訪。據說這棟洋館曾是知名鐘錶工匠——出淵紋時郎的家，其內部擺滿了動物圖案與裝飾的餐具和家具，以及各式各樣的時鐘，幾乎沒有空隙。

曾住過鐘錶匠出淵紋時郎的洋房，果然是棟奇怪的房子。1點10分時，三隻鬼從布穀鳥鐘裡跳出來鳴叫。閣樓裡有人活動的跡象，書房裡歸檔的犯罪報導也令人在意。柯南和小五郎都還沒完全掌握謎團的意義時，小蘭察覺到屋裡只有獅子沒有被裝飾。

柯南他們在頒獎典禮上認識了獲得知名獎項的報導攝影師柳瀨隆一，並發現了糾纏著柳瀨的實地報導記者中井。當晚，中井打電話給小五郎，聲稱「有人想取我的命」。當柯南趕到中井的公寓時，卻看到全身著火的中井墜落下來。而在對面的高速公路上，柳瀨正將這一切拍入鏡頭。

柯南他們不小心把棒球打進了洋館的庭院，他們前去請求讓他們把球撿回來，但卻被洋館的主人・綿貫義一趕了出來。無可奈何之下回到毛利偵探事務所後，一個長得和電視節目《假面超人》中出現的「地鼠星人」一模一樣、名叫幸田的男子，拜訪了小五郎，並聲稱綿貫殺害了他的妹妹，並將其埋在庭院裡。

堅稱神秘洋館主人綿貫殺害妹妹並埋屍庭院的幸田，闖入珠寶店行搶。逃亡中的幸田利用人孔蓋潛入綿貫宅邸，並用棍子到處戳刺庭院。柯南與正在埋伏的步美等人會合，勸幸田自首。幸田向趕到的目暮警部坦承，偷來的珠寶都分散埋在庭院裡。

柯南、元太、光彥追趕著撞倒步美後逃逸的黑色轎車，卻在歇業中的工廠前跟丟了車。然而，兩、三分鐘後，這輛車又再次出現，並在柯南他們眼前開到派出所，駕駛者宍戶這名男子也自首了。同一時間，在跟丟車輛的工廠內，社長的刺殺屍體被發現，而宍戶也被查明是該工廠的前員工。

小蘭代替園子，只去了一天的法國料理教室上課。除了小蘭之外，還有三名學生聚集在著名的料理研究家上森美智在家中開設的教室裡。柯南和小五郎也被試吃吸引而跟去，但美智性格古怪，不斷地對學生和助手大聲斥責。突然間家裡的燈熄滅了，美智開始痛苦地掙扎。

著名的料理研究家上森美智，被人用細針般的凶器刺中背部身亡。參加課程的除了小蘭之外的三名學生和助手祐子，這四個人都有可能在殺人前利用冰塊破壞配電盤，讓家裡的燈光熄滅。而且，他們每個人似乎都對美智懷恨在心，全員都有動機。

元太和光彥開始說「這所學校被詛咒了」。據他們說，到了晚上就開始發生不可思議的事情。歩美也說她在晚上的教室裡看到了可疑的人影，而且她們去諮詢的教導主任也不再到學校來，讓她們很害怕。柯南和少年偵探團為了查明真相，潛入了晚上的學校，決定要弄清事實。

柯南和小蘭迷路後偶然來到一個海邊小鎮，在那裡發現了一具年輕女性的溺斃屍體。由於死者腳踝綁著重石，且身上沒有外傷，負責驗屍的田中醫生暗示這是一起自殺案。溺斃女性光子的好友智子，卻聲稱是田中醫生殺了光子，然而田中在光子推測死亡時間的不在場證明，卻因小五郎的證詞而成立。

小蘭分別邀請了與父親小五郎分居中的母親英理，到伊豆的飯店，計畫了久違的一家人共度的夏日假期。小蘭雖然對計畫順利進行感到非常高興，但不知情而偶然碰頭的小五郎和英理卻慌了手腳。兩人立刻開始了夫妻吵架。就在此時，小五郎認識的潛水社女大學生在海中溺水，她的同伴們將她救起。

小蘭計畫讓分居中的父親小五郎和母親英理一起度過夏日假期，結果卻一團糟。小五郎和英理之間氣氛緊張，而在海中溺水、被海蛇咬傷的潛水社女大學生，仍舊意識不清，生命垂危。柯南看穿這是一宗預謀殺人案，他認為兇手就在被害者貴和子的四名同伴之中。

某天晚上，人氣推理小說家新名任太郎的女兒前來毛利偵探事務所。據她所說，新名夫妻從兩個月前便下落不明，只有稿件每週在同一時間以傳真方式送至出版社編輯部。前往編輯部的柯南，看到作品中本人登場的場景，便察覺到那是作者傳達的訊息。

失蹤的懸疑作家新名任太朗夫婦是否被監禁在某處？柯南發現新名任太朗手稿中，新名本人登場的台詞成了暗號。從第一句台詞中解讀出來的是「救救我…」。但是，之後的台詞卻無法解讀。犯人監禁新名夫婦的目的究竟是什麼？柯南心急如焚。

受到服部平次的邀請，原本打算在大阪觀光的柯南、小蘭和小五郎三人，卻被捲入了連續殺人事件。一具屍體掉落在柯南等人乘坐的警車上，他們才得知這已是第三起以相同手法犯下的殺人案。平次說他夢見柯南被犯人刺傷，但柯南還是牽扯進了第四起殺人案。

柯南與小五郎、小蘭、步美、元太、光彥一同前往用餐的途中，遇到了一群打扮成熱門電視節目「假面超人」角色的年輕人。小五郎和孩子們受這群年輕人邀請，參加了粉絲俱樂部的化妝派對，卻目擊到其中一名成員持槍闖入，射殺了裝扮成巡邏警察的本田後自殺。

小五郎應以前的委託人——山崎開發公司的女社長邀請，帶著柯南和小蘭前往岩美溪谷旁的社長別墅。山崎社長正與岩美鎮的鎮長合作，計畫興建溫泉度假村。然而，在慶祝酒宴進行中，山崎社長在二樓自己的房間裡遭到虎頭蜂襲擊，從陽台跌落懸崖下，不幸身亡。

小五郎遺失了沖野洋子的演唱會門票，他遇到一位年輕女性青島全代，對方正為無法參加演唱會而嘆息。全代提出條件，只要小五郎開車送她和妹妹到會場，她就願意轉讓門票。小五郎一行人到她家接妹妹時，卻發現她的妹妹美菜被膠帶封住門窗，死在浴室裡。

目暮警部和小五郎斷定青島美菜的死是自殺，她的屍體在被膠帶封死、呈現密室狀態的浴室中被發現。然而，柯南卻確信這是一起偽裝成自殺的殺人事件。為了逼出犯人，柯南必須找出犯案後從密閉浴室逃脫的方法，並發現決定性的犯案證據。

元太他們聽到人氣氣象姊姊淺野亞紀的訊息後，便前往電視台探望亞紀。亞紀記下了柯南的呼叫器號碼，並承諾「需要幫忙時會與你聯絡」。然而，亞紀接了一通電話後便不知去向，節目只好找了代班人來主持。接著，柯南的呼叫器上陸續出現了神秘的數字。

公司社長石本被人威脅「我要殺了你」。接受委託尋找犯人的小五郎，卻在他眼前目睹石本遭人開槍射擊，然而子彈卻擊中了站在石本身後的來賓——國會議員高田的胸膛，高田議員因而身亡。柯南目擊到一名在派對會場上行跡可疑的男子，正站在照明用的鷹架上……。

在派對會場上，射向小五郎受委託調查的公司社長石本的子彈，貫穿了高田代議士的胸膛，導致他死亡。翌日，被認為是犯人的、行為可疑的勒索犯平岡的墜樓屍體被發現，案件看似已解決。石本坦承他曾被平岡以逃稅為把柄威脅，但柯南卻認為事件的真相另有隱情。

一位名叫玉之助的美少年轉學到小蘭的班上，他是巡迴劇團的第二代團長。小蘭受到邀請，於是找了園子、柯南、步美、元太和光彥一起去觀看劇團的總彩排。然而，玉之助和劇團成員之間的關係似乎有些緊張。就在距離公演僅剩五天，劇團的駐團作家近石正趕著撰寫新劇本時，卻遭到某人殺害。

繼巡迴劇團的專屬作家被殺後，又有一名女團員遇害，第二代團長玉之助也遭人襲擊而受傷。警方似乎認為，身兼劇團會計的被害者系江，因為害怕自己的假帳被揭穿而襲擊玉之助。然而，柯南推斷，案發現場除了玉之助和系江之外，還有另一名人物在場。

柯南在銀行後門偶然撞見運鈔車襲擊事件，雖然他利用渦輪引擎滑板追捕犯人，但還是跟丟了。雖然一開始警方將此案當作單純的搶案展開調查，但被認為是犯人同夥的保全人員和前賽車手卻相繼遇害，而根據遺留下來的口紅，警方將嫌疑鎖定在銀行的女行員身上。柯南看穿了這起事件背後並不單純，然而…。

柯南班上轉來了一位名叫灰原哀的奇特少女。雖然小哀對步美等人態度冷淡，但只對柯南表現出興趣。少年偵探團受委託調查案件，小哀應邀加入，並和柯南一同救出同學俊也的哥哥，解決了案件。在回程途中，柯南送小哀回家時，從小哀口中聽到了意想不到的話。

元旦，柯南他們前往國立競技場觀看足球天皇盃決賽，就在他們眼前，足球被射入了子彈。這顆子彈是為了證明恐嚇是真的，由打恐嚇電話要求贖金的犯人所為。依照犯人的指示，裝有現金的包包被準備好了，趕到的刑警們在競技場內進行埋伏，但是…。

試圖帶走裝有五千萬日圓贖金的犯人，雖然被刑警們制伏了，但從掉落在地上的手機傳來另一個犯人的訊息，要求釋放同夥，並且再追加十億日圓的現金。對方威脅說如果在比賽結束前沒有準備好錢，就要殺害觀眾。目暮警部只好釋放被捕的男子，並在大批觀眾中搜尋潛藏的另一名犯人身影……

園子透過網路參加的「魔術愛好者聯盟」，在雪山中的一間山莊舉行聚會。小蘭也跟著園子一同參加，於是小五郎和柯南便開車送兩人過去。在回程的路上，兩人從車上的廣播新聞得知，小蘭所參加的聚會的領隊在自家遭到殺害，便急忙趕回山莊，然而……。

園子和小蘭參加的「魔術愛好家聯盟」聚會，演變成了一起連續殺人事件。繼會長西山在家中被殺後，在被大雪孤立的山中小屋裡，浜野的屍體被發現棄置在積雪的後院中。柯南從疑神疑鬼的成員們口中，聽聞了西山與「影法師」爭吵的始末，也開始警戒第三起事件的發生…

園子和小蘭參加的「魔術愛好家聯盟」聚會中，兩人被殺害，甚至連小蘭和園子都成了十字弓箭的目標。掉落在樹林裡的十字弓，樹幹上被射穿的洞，以及箭射進去的浴室外發現的釘書針。識破犯人真面目和手法的柯南，收集了繩子和釘書針等小道具，開始準備解開謎團。

步美接受了「綠美容室」的美容師美香提出的到她家剪髮的邀請，和柯南等人一起去了美香的公寓。然而，美香卻被某人殺害了。美香的脖子前方只有勒痕，柯南對美容室店長綠的態度感到可疑，於是搜查了綠很在意的不可燃垃圾場，但是…。

柯南一行人與阿笠博士來露營時，迷路闖入一座聳立在森林中的西式古堡。在古堡主人間宮滿的邀請下，決定在古堡住一晚。這座古堡似乎接連發生許多可疑的事件與狀況，例如間宮家的長女，同時也是間宮滿的妻子被燒死在裡面，氣氛詭譎的塔樓，以及以西洋棋盤為造型的庭院等。柯南在古堡內搜尋著可疑的線索…

柯南一行人在露營途中發現了一座古堡，並決定在那裡過夜。他們從古堡裡看來有隱情的居民那裡，聽到了似乎指向寶藏地點的古堡之謎，並產生了興趣。然而，柯南很快就失蹤了，連阿笠博士也消失不見。剩下的小哀、步美、光彥、元太四個孩子，決定獨自去尋找他們兩人，但…。

在小學的校慶日，柯南和灰原、步美、元太、光彥五人，前去觀看重新上映的電影《大怪獸哥梅拉》。據說這間電影院因遭到房地產商人張田的騷擾，被迫關閉，而今天將是最後一場上映。柯南也本想著回味舊日時光，好好享受電影，但在電影放映途中，張田上吊的剪影卻出現在銀幕上。

柯南等人去觀看的電影院裡，放映中投射出一個上吊男子的剪影，自殺與他殺兩方面的調查開始了。發現的屍體是房地產商人張田，他是導致這家電影院被迫關閉的幕後主使。目暮警部等人認為他是因為巨額債務所苦而自殺，但柯南從光彥的證詞中，看穿了有人使用詭計進行了謀殺。

步美因為感冒請假在家，當她一個人在家時，有不明人士闖入了公寓。步美誤以為闖入者是正在逃亡的強盜殺人犯，於是躲進了壁櫥裡，並透過少年偵探團徽章向柯南他們發送訊息。無法發出聲音的步美，試圖結合玩具鋼琴的聲音和鬧鐘的聲音來傳達SOS訊號…

柯南的勁敵服部平次為了出席一場婚禮來到東京。他想和女朋友和葉一起在東京觀光，於是約了小五郎、柯南和小蘭。在婚禮上，他們遇到了即將成為新娘的楓，以及森園家的管家重松。柯南一行人、平次與和葉被邀請到森園家。五人享用了一頓豪華大餐後，在回程途中遭遇了殺人事件。

森園家的管家重松在密室中被殺害。嫌疑人鎖定在犯案時在宅邸裡的森園家主人幹雄、兒子菊人、女兒百合江，以及菊人的未婚妻楓、視重松如父的傭人櫻庭這五人。柯南和服部平次在隱瞞凶器已發現的情況下，在所有關係人面前重現手法並指認犯人…。

柯南與小蘭陪著園子，來到星美山療養所觀星。他們遇見了同樣前來觀測天象的三位宇宙科學系研究生，其中剛獲得大獎的野中在拍攝天體照片時，從電視轉播塔墜落身亡。柯南一行人透過望遠鏡的鏡頭，目擊了墜落的瞬間……。

被邀請到北海道的柯南、小蘭、小五郎三人，本該在「北斗星3號」的A等臥鋪上享受一趟優雅的列車之旅。他們在餐車上遇到一位珠寶店老闆，這名老闆正是因擊退強盜事件而聲名大噪的人物，然而他卻被其中一名乘客射殺。柯南發現這起珠寶搶劫案和殺人事件，竟然與他幼時讀過、父親優作尚未發表的某部小說情節如出一轍。

在車上射殺出雲後逃亡的嫌犯淺間，其屍體也在隧道內被發現。柯南對於這起和父親優作未發表的小說情節如出一轍的案件感到懷疑，便與潛入列車的母親有希子合作展開調查。原來那份有問題的原稿，是遭捲入銀行搶案的編輯被淺間等搶匪集團搶走的。

柯南等人為了替案件作證而來到警視廳。接待他們的高木刑警似乎單戀著前輩的佐藤刑警。就在此時，一位遭到搶劫的銀行分行經理前來拜訪兩位刑警。當分行經理打電話回家時，卻聽到了太太的尖叫聲。他們趕到分行經理家中，發現分行經理夫人的屍體橫躺在健身車旁。

當銀行分行長增尾在警視廳接受訊問時，他妻子在家中被殺的案件，警方正以銀行搶劫犯所為的方向繼續偵查。柯南確信增尾就是兇手，從書架和健身車上留下的微小痕跡中，拆穿增尾的完美不在場證明，並挑戰他用來殺害遠在十幾公里外家中妻子的手法。

為了搶先搭乘遊樂園的尖叫系遊樂設施，柯南與少年偵探團的孩子們一大早搭上了路面電車。除此之外，乘客只有三位鐵道研究社的大學生。他們中途下車，其中一位開始在鐵軌旁拍攝路面電車的大學生所站的梯子倒了，導致路面電車緊急煞車。雖然那位學生平安無事，但車廂內另一名學生卻渾身是血地倒臥在地。

小五郎帶著小蘭和柯南來到遊樂園。然而，小蘭本來想去另一個遊樂園，又得知小五郎的目的只是附近的賽艇場，感到非常憤慨。作為懲罰，她命令小五郎去玩高空彈跳。當小五郎在起重機上猶豫不決時，遊樂設施「假面YAIBA秀」的演員卻搶先跳了下去。觀看的孩子們都歡欣鼓舞，然而…

小五郎帶著柯南和小蘭，去拜訪他在學生時期曾擔任家教的學生崎原惠。重逢的喜悅才剛開始，沒想到就在小五郎他們眼前，汽車爆炸了，惠的妹妹寬美因此喪生。那輛車是惠的，幫助她將車從車庫開出的寬美因此犧牲。小五郎為了惠，決定無論如何都要抓住真兇，但是…。

小五郎的學生惠的丈夫崎原，與名叫高橋的男子計劃並實施了互相殺害對方妻子的交換殺人案。然而，高橋設置的炸彈炸死的卻是惠的妹妹寬美。崎原和高橋承認了犯行，案件看似解決。柯南得知惠擁有高超的駕駛技術，察覺到事件另有隱情。

小蘭在公車上認識的一位老人突然消失了。小蘭擔心地尋找老人，卻完全找不到他的蹤跡。在同一輛公車上打瞌睡的園子斷定根本沒有那樣的老人，是小蘭在打瞌睡。然而，小蘭回家後，卻在她的隨身包裡發現了一片陌生的MO光碟。柯南委託阿笠博士調查MO光碟，但…

園子邀請小蘭和柯南來到伊豆海岸，目的不言而喻，就是尋找男友。這次她特意住進老舊的旅館，努力擺脫大小姐的形象。一位自命不凡的大學生道脇向園子搭訕。道脇邀請園子她們去餐廳，並講述了一年前發生的女性刺殺事件。

難得的假期卻遭遇殺人事件，又在旅館遭到襲擊，園子吃足了苦頭。在道脇的邀請下，園子前往被詛咒的餐廳，卻再次面臨危險。停放中的道脇的車輛，載著睡著的園子啟動了。在車輛墜落懸崖前夕，小蘭踢破車窗，救出了園子，但…

小五郎接到學生時代居住的公寓房東光江的電話，被告知有事相詢，於是帶著柯南和小蘭前往已改建成漂亮公寓的舊公寓。光江希望他們幫忙問出住在同一樓層另一間房的孫子真悶悶不樂的原因。小五郎一行人與光江一同進入真的房間後，卻在浴室發現了真的遺體。

柯南他們正在排練學藝會時，被佐藤刑警追捕的殺人事件嫌疑犯東田逃了進來。佐藤刑警在追捕並逮捕了挾持步美逃走的東田後，卻因失誤而與東田一同被手銬銬在米花美術館的廁所裡。動彈不得的佐藤刑警，拜託高木刑警和柯南他們尋找真兇。

為了證明被佐藤刑警逮捕的嫌疑犯東田的清白，高木刑警和柯南他們開始重新調查，檢查了被害人村西真美的房間，以及同棟公寓裡東田的房間。結果浮現了四個疑問。被手銬銬住動彈不得的佐藤刑警和東田所在的米花美術館，原本預定要被阿笠博士在解體秀中爆破。

搭乘環狀線的柯南、小五郎和小蘭三人，恰好遇到一名女乘客被發現身亡的事件。發現遺體的是女子的三名同事，已故的橋本清美原本應該已經先回家了。清美似乎是在車廂內死亡，並隨著環狀線繞了一圈。清美的耳朵上有疑似被注入毒物的痕跡，小五郎推測這可能是一起殺人事件。

小蘭、柯南和小五郎贏得伊豆旅行的獎勵，來到了新開幕的飯店。飯店建在幻塊寺（一座擁有雄偉五重塔的古老寺廟）所在山丘的山腳下。這座寺廟有著一旦破戒，五重塔便會降下詛咒的傳說。隔天早上，觀光公司老闆的遺體被發現吊掛在五重塔上。

觀光公司老闆小田的死亡，讓懼怕詛咒的幻塊寺相關人員陷入恐慌。當地警方朝自殺方向偵辦，但柯南從寺院草叢中發現的小田的領帶夾，以及衣服上沾附的草種子，確信小田是在草叢中被殺害的。然而，將遺體吊掛到塔頂的機關卻不明。

柯南一行人來到一家名為「流水亭」的高級餐廳，這家餐廳以將料理放在船上，經由店內水路運送到各個房間而聞名。柯南對運送料理的船隻移動方式非常感興趣。就在此時，隔壁房間三位客人中的一位，在另一個客房裡被刺殺。死者是大學的副教授，據說當天是為了慶祝他升職。柯南懷疑兇手利用了船隻設計了詭計。

為了享受沖繩之旅，少年偵探團的孩子們與柯南、小蘭、小五郎從羽田機場搭上了一架巨無霸客機。看著柯南睡著的臉龐，小蘭回憶起一年前和新一的旅行。當時他們受新一父母的邀請一同前往洛杉磯，就在那架飛機上發生了一起殺人事件，這也是裝飾著高中生偵探工藤新一初次登場的紀念性案件。

阿笠博士邀請柯南和少年偵探團的孩子們到他伯父留下的別墅，並拜託他們尋找藏在裡面的寶藏。柯南注意到，這棟照理說50年來無人踏足的別墅，有著某人曾居住過的痕跡。然而，這件事以及發現的寫有奇妙符號的餐具碎片，並不在博士所設計的尋寶遊戲劇本之中。

從別墅裡發現了10個帶有奇妙符號的物品，加上阿笠博士想起曾有同樣圖案的明信片寄給他的伯母，柯南因此找到了解開暗號的線索。解開暗號後，他們發現了通往閣樓的隱藏樓梯。就在柯南一行人探索閣樓房間時，破壞了玩具的犯人身影，正從他們背後悄悄逼近。

柯南一行人為了在社區兒童會上表演人偶劇，和其他孩子們一起到高原的民宿集訓。認識擔任導演的青年的光彥，非常熱心地在練習時提供意見，引起了其他孩子們的反感。休息過後，到了要重新開始練習的時間，三丁目的孩子們和導演青年卻不見蹤影，連同他們人數份的人偶也一起消失了。

受委託處理案件的小五郎、柯南和小蘭，在前往被稱為蜘蛛公館、位於鳥取縣的武田家老宅途中，載了服部平次、和葉以及一位美國攝影師羅伯特。武田家的當家信一，希望他們能找出殺害前幾天在倉庫裡上吊的包商根岸的兇手。當天晚上，信一被發現慘死在人偶倉庫的橫梁上，以同樣上吊的方式。

柯南與平次推測，身為人偶師的武田家當家信一，被吊死在人偶倉庫橫梁上的死狀，是一起偽裝成蜘蛛夫人作祟的殺人事件。正當兩人專注於信一的案件時，和葉遭到某人襲擊。柯南一行人在千鈞一髮之際，救出了身體被線纏繞、即將被吊死的和葉，但是…。

解開了偽裝成蜘蛛夫人作祟的武田家當家信一命案的詭計，並鎖定了真兇的柯南與平次，將所有相關人員聚集在人偶倉庫的二樓，開始了他們的解謎秀。柯南說明了從倉庫外勒死信一的方法，並為了說明犯人的動機以及這一連串事件的關聯，他必須告訴武田家的人們一個痛苦的事實。

被邀請到水族館觀看水中表演的柯南一行人，目擊了表演的主角大澤美智子在表演過程中溺水身亡。由於美智子的腳上貼著濕布，起初被認為是肌肉拉傷所引起的意外。但是，柯南考慮到美智子高度的專業精神和她自由潛水的實力，認為有太多不自然之處。

小五郎因身體不適去醫院，被告知要和家人一起來聽檢查結果，讓他非常動搖。聽了主治醫師新出醫生勸他戒酒的忠告，並得知並非重病後，小五郎鬆了一口氣。當天晚上，小五郎、柯南和小蘭受邀參加新出家的晚餐，並與新出一家人圍著餐桌，但因為關鍵的新出醫生本人正在洗澡，所以大家只能等待。

新出醫院的院長在入浴中觸電身亡，原以為是不幸的意外。然而，注意到諸多疑點的目暮警部，決定讓大家重現停電當時的所有行動。事件的停電時間為一分鐘，但在重現的黑暗中，女傭ひかる只花了34秒就將總電源打開。柯南發現了填補這段空白時間的證據。

柯南、小蘭和園子三人在遊樂園的溜冰場，等待著冬夜煙火大會的活動。無法忍受寒冷而衝進廁所的園子，發現了一名年輕女性的槍殺屍體。遺體附近有用血寫下像是文字的東西。這難道是被害者留下的死亡訊息嗎？

根據廁所牆上留下的血字，小五郎斷定殺害千尋的兇手就是佐野泉。然而，被害者被認為是當場死亡，不可能自己寫下那些文字。柯南推斷千尋手機裡留下的「KIX」三字是解開謎團的關鍵，並從千尋朋友們的對話中，獲得解開千尋所留下暗號的提示。

參加有獎徵答的柯南一行人，漂亮地贏得了豪華郵輪之旅。船上另外還有八名乘客，其中包括服部平次以及小五郎的前輩——前警視鮫崎。鮫崎得知船上有一名乘客與二十年前現金搶案的主嫌叶才三同名而大為振奮。但就在此時，在緊急繩梯的箱子中，發現了一具疑似是乘客之一蟹江的焦屍。

受到橫溝警官私下委託調查的小五郎，帶著柯南和小蘭前往靜岡。讓橫溝警官頭痛不已的案件，是一位知名的資深演員在後台死亡，卻有三名共演者分別承認犯案。剛抵達靜岡，縣警的課長就要求小五郎發表名推理，指出誰才是真兇，讓小五郎陷入了絕境。

夢到被黑暗組織發現的灰原哀，內心的動搖被柯南看穿，並被勸告要繼續扮演小孩。在那之後，灰原哀發現了組織成員琴酒的車。柯南在車上裝設了發信器和竊聽器，並在追蹤途中得知了組織的暗殺計畫。為了阻止計畫，柯南下定決心獨自一人潛入預定進行暗殺的飯店。

得知黑暗組織的暗殺計畫並趕到飯店的柯南與灰原哀，親眼目睹了吞口議員的死亡。兇手皮斯可就在議員身邊的七個人之中。在混亂的人群中，灰原哀被皮斯可關進了飯店的酒窖。透過眼鏡型行動電話取得聯繫的柯南，指示灰原哀找到一種名叫「白乾兒」的酒並喝下去。

被監禁在飯店酒窖的灰原哀，遵照柯南的指示喝下白乾兒，並躲進了老舊的壁爐中。緊接著進入酒窖的琴酒和伏特加，沒有找到同夥皮斯可與灰原哀就離開了。在壁爐中，灰原哀恢復成雪莉的樣貌，並試圖從煙囪逃脫。然而，一顆子彈卻襲向了來到飯店屋頂的雪莉…

與阿笠博士一同前往位於坡道途中咖啡廳的柯南等少年偵探團成員們，都非常興奮。孩子們點了冰淇淋和聖代，心情極佳，但一輛停在坡道上的快遞卡車突然衝進店裡，導致一名顧客死亡。所有人都認為這是一場不幸的意外。然而，柯南卻對死者同伴的可疑舉動抱持疑問。

據說音樂產業集團會長的妻子，收到了一封詭異的恐嚇信。信中暗示，在一場為慶祝秘密進行的日本香頌歌手傑拉爾天馬在日本出道簽約而舉辦的內部派對上，將會發生案件。小五郎、小蘭和柯南，決定偽裝成會長熟人的家人潛入派對，然而…。

杰拉爾天馬被人用青銅製的亞瑟王之劍從背後刺殺身亡。由於義則在案發前曾與天馬發生爭執，因此被列為頭號嫌疑人，但他堅決否認犯案。柯南對平台鋼琴的蓋子被打開感到可疑，並根據屍體下方地板的刮痕以及鋼琴內部的紫色污漬，追查案件的真相。

在放學途中，一個附有S形掛鉤的戒指掉了下來。柯南和少年偵探團認為這枚連著兩個S形掛鉤的結婚戒指是「SOS」的求救信號，並深信有一名女子被囚禁在某處。他們根據戒指上雕刻的姓名縮寫，開始對九間面向馬路的房間展開大搜索。

柯南和少年偵探團的孩子們正玩著用撿來的超市收據推理別人家庭菜單的遊戲，他們撿到了六張被一起丟棄的收據。收據上除了食品和日用品外，還印有名為「氯乙醛」的藥品名稱。這種毒性極強的氯乙醛究竟有何用途？柯南等人決心找出丟棄收據的人。

小五郎受邀擔任知名歌手蘇方紅子主辦的慈善晚會嘉賓，與其他客人一同來到裝飾著世界各國無數假面的蘇方宅邸。深夜，自稱「詛咒假面使者」的來電吵醒了小五郎、柯南和小蘭，三人在上了鎖的寢室裡發現了慘遭殺害的蘇方紅子的屍體。

柯南、小五郎和小蘭三人來到伊豆天城山中的別墅度假，並結識了熱門電視節目《都會獵人》的製作團隊。雖然名義上是節目的聯誼會，但主演砂岡和工作人員之間的氣氛卻十分尷尬。當晚，在與小五郎等人酒宴後酩酊大醉的砂岡回到自己房間，隨後竟遭步槍射殺。

柯南確信，在伊豆別墅殺害熱門電視節目《都會獵人》主演砂岡的兇手就在別墅裡。然而，每個人在物理上似乎都不可能犯案。看起來像是從山谷對面的岩石區狙擊的手法，必定是兇手的偽裝。柯南從子彈造成的微小傷痕中，找到了破解這複雜詭計的突破口。

小五郎受電視劇製作公司社長委託，保護其母親的人身安全。委託人古川悅子的母親勝江據說在三天前遭到襲擊而受傷。來到古川家的小五郎、柯南和小蘭三人，對古川家惡劣的家庭關係感到傻眼，並得知女僕梓似乎也受到勝江的苛刻對待。就在此時，勝江的房間裡傳來了槍聲。

柯南和少年偵探團的孩子們搭乘阿笠博士的車到山裡露營。在撿拾木柴的途中，光彥、元太和步美發現了一個鐘乳石洞，不顧柯南的阻止便跑了進去。然而，他們在洞穴深處發現了一名男子的槍殺屍體，而柯南更被其中一名犯人開槍擊中，身受重傷。孩子們只好背著柯南在鐘乳石洞裡四處逃竄…。

少年偵探團在鐘乳石洞裡遭遇了殺害同夥的強盜集團，他們背著中彈受傷的柯南尋找出口。孩子們解開了石碑之謎，找到了通往出口的「龍之道」，卻在逃脫前被強盜們抓住。就在萬念俱灰的瞬間，他們被警察隊救出，柯南也被送往醫院，但是…。

灰原哀對下定決心要向小蘭坦白一切的柯南舉起了槍，並告誡他如果說出真相，小蘭也會成為組織的目標，接著給了柯南三個選擇。在柯南出院前後，小蘭的校慶開始了。為了觀賞小蘭主演的話劇，柯南、小五郎與和葉坐在觀眾席。就在觀眾席上，一名高中校友死亡，話劇因尖叫聲而中斷。

在小蘭的戲劇表演中所發生的殺人事件，嫌疑犯共有四人。小五郎得知其中一名嫌疑犯蜷川彩子單方面解除婚約後，便斷定她是因失戀大受打擊而賭氣自殺。但是，在舞台上與小蘭一同演出的黑衣騎士提出了異議，並揭露了面具下的真面目。那張臉毫無疑問就是工藤新一。

新一雖然靠著灰原哀製作的解藥恢復了原本的身體，但他服藥的目的是為了讓小蘭安心。一直沒找到機會對小蘭說出重要的話的新一，邀請小蘭到高樓的景觀餐廳。正當新一看到小蘭完全放心的樣子，準備開口時，又發生了殺人事件。

在父母充滿回憶的景觀餐廳裡遭遇了殺人事件。新一推斷在專用電梯中射殺社長的兇手，就是社長千金的戀人大場，然而在最關鍵的時刻，解藥的效果開始消退。新一識破了大場的詭計，並讓他坦白認罪。在變回柯南之前，新一有話想對小蘭說。新一急忙趕往持續等待著他的小蘭身邊。

江戶川柯南再次以小學生的身分，開始了在小蘭家的寄宿生活。一位名叫春菜的年輕女子來到毛利偵探事務所，委託他們想將音樂盒還給一位失去聯絡的BB Call筆友。春菜與柯南一行人拜訪了BB Call筆友緒方秋悟的家，卻得知秋悟已經死亡，並被家屬問了一些奇怪的問題。

在春菜的BB Call筆友緒方秋悟的家中，小蘭看到老人身影後，秋悟的孫子稔就遭到了襲擊，然而卻找不到任何人侵入緒方家的痕跡。後來發現，秋悟的遺物中，市價高達兩億日圓的郵票不翼而飛，家人們正在尋找。柯南同時追查事件的犯人與郵票的下落。

小蘭和園子在飯店門口差點被車撞到。開車的是一位名叫吉野千惠的插花老師，她向兩人道歉，說是因為最近頭暈頭痛嚴重才會駕駛失誤。小蘭注意到千惠的丈夫昭夫的舉止很不自然，於是決心調查千惠頭暈頭痛的原因。

小五郎、柯南和小蘭用抽獎抽中的免費招待券，入住伊豆高原的霧峰飯店。雖然這間飯店位於交通不便的山區，連公車都沒有，但據說由車迷社長寺泉所收藏的超級跑車展示場將於明天開幕。得知小五郎是偵探的寺泉，拿出收到的恐嚇信，委託他負責戒備。

柯南一行人下榻的霧峰飯店社長寺泉，在超級跑車展示場開幕前被發現身亡。由於他死於駕駛座上，死因為廢氣導致的一氧化碳中毒，小五郎便斷定這是一起不幸的意外。但是，柯南從發現時車輛狀況不自然，以及有多位對寺泉懷恨在心的嫌疑犯等線索，懷疑這可能是一起殺人事件。

來到輕井澤飯店的小五郎、小蘭和柯南，偶然遇見了小蘭的母親妃英理。小五郎和英理的後輩律師碓冰律子在酒席上喝得盡興，直到深夜都沒回房間。英理、小蘭和柯南在尋找小五郎的途中，發現碓冰在呈現密室狀態的自己房內被殺害。而小五郎正在碓冰的床上熟睡。

小五郎因涉嫌殺害分居中的妻子妃英理的後輩律師碓冰律子，而被警方帶走。英理在柯南與小蘭的協助下展開行動，以證明小五郎的清白。英理從貼在律子房門上的紙條與門鏈上的手腳，識破了密室的詭計，並設下陷阱引誘犯人。

柯南、小蘭和小五郎搭乘一輛充滿懷舊氣息的老式巴士，本想享受愉快的健行。然而，在車上，當地影鍬村觀光開發反對派的領袖，同時也是村長助理的奥村先生遭到毒殺。同車的贊成派青年團長矢部成為嫌疑人，小五郎則受贊成派的村長所託，希望能解決這起事件。

在柯南一行人前來健行的影鍬村，觀光開發的反對派與贊成派領袖相繼遇害，連小蘭也因此受傷。從小蘭肩膀上的瘀青判斷，撞倒她後逃跑的人就是矢部。然而，柯南覺得要認定矢部是兇手仍有太多疑點，於是拜託阿笠博士重新調查七年前的巴士事故。

來到深山裡一間古色古香飯店的柯南、小蘭和小五郎三人，結識了實業家城元與女演員備前千鶴夫婦。因電影主角被換掉而心情不佳的千鶴，對丈夫城元及飯店員工等人大發脾氣，她那任性又傲慢的態度讓柯南等人也看得目瞪口呆。隔天，柯南等人前往山頂的高原遊玩，然而…。

女演員備前千鶴在自己的房間裡上吊身亡。推定死亡時間是下午兩點，當時除了小五郎和千鶴以外的所有人都外出了。由於發現門上被動了手腳，而且本應被千鶴赤腳當作踏板的電話簿上沒有腳趾印，警方開始朝殺人事件的方向進行調查。柯南思考著兇手的入侵路徑，並在飯店的屋頂上發現了某樣東西。

步美目擊了縱火犯。於是，步美與柯南等少年偵探團的孩子們，前往偵辦連續縱火案的警視廳作證，並與佐藤刑警、高木刑警、白鳥刑警一同前往現場勘查。在前往現場的途中，佐藤刑警在一個十字路口獻花並雙手合十。原來這天是她18年前因追捕強盜殺人犯而殉職的父親的忌日。

高木刑警在打電話告知佐藤刑警「我知道18年前那起案件的兇手是誰了」的途中，被不明人士襲擊而失聯。佐藤刑警一方面擔心著高木的安危，另一方面，對於高木指出殺害她父親的兇手就在父親的朋友之中，內心感到十分動搖。在佐藤刑警進行查訪的期間，步美等人發現了連續縱火犯，便擅自展開追蹤。

柯南一行人在帶喝醉的小五郎回家的途中，聽到了激烈的爭吵聲與物品碰撞的聲響。隔天，在那棟公寓發現了一具男性刺殺屍體，讓小五郎大受打擊。這時，案件的嫌疑人出現在小五郎面前，聲稱昨晚的爭吵是為了製造不在場證明的偽裝，並堅稱自己是無辜的。為了挽回名譽，小五郎決定親自找出真兇，然而…。

小五郎、柯南、小蘭三人受邀參加天部山纜車的開通典禮。由於纜車工程在自古以來深受居民信仰的巨大天女像下方挖掘隧道才得以開通，引發了當地居民的抗議運動，還被報紙大肆報導。堂本觀光社長堂本榮造無視當地民意，強行舉行開通典禮，然而…。

搭乘阿笠博士的車登上九十九彎山道的柯南與少年偵探團一行人，目擊到一輛轎車從山頂附近墜落。雖然他們立刻趕往救援，但駕駛已經死亡。柯南看穿這並非單純的意外，當他再次前往事發現場調查時，暗中握有線索的光彥、步美和元太三人，則開始著手解讀一份暗號。

收到茶會邀請函的小五郎、柯南和小蘭，造訪了茶道宗師青野木亮藏的宅邸。這座宅邸蓋在池塘中央，池水會變換五種顏色，因此被稱為「五彩水御殿」。據傳池中有魔物棲息，亮藏獨自一人在池中央的茶室裡閉關準備。在客廳等候的柯南一行人，於池水開始染成紅色的下午兩點，察覺到了茶室的異狀。

在傳說有魔物、池面會變換為五種顏色的池子上，所建造的茶室「五彩之水御殿」裡，茶道掌門人青野木亮藏被人發現如傳說一般上吊身亡。案發現場是處於密室狀態的茶室中。由於所有相關人員都有不在場證明，搜查方向傾向於自殺。但是，柯南確信是他人所為，開始獨自尋找證據。

柯南和阿笠博士以及少年偵探團的孩子們，一起到楓葉滿布的山上採松茸。元太因專心尋找松茸而誤入了狩獵區，柯南等人為了尋找元太而兵分二路進入狩獵區。灰原哀和光彥在那裡發現了一名獵人的射殺屍體和一隻小熊，但緊接著就有子彈朝兩人射來。

前來採松茸卻發現射殺屍體的灰原哀和光彥，遭到殺人犯追趕，在據說有熊出沒的狩獵區裡四處逃竄。兩人發現了正在尋找他們的柯南等人，但犯人就在同行的三名獵人之中。柯南從旅館的聯絡中得知此案，正當他解開兩人留下的暗號時，一頭巨大的熊「十兵衛」擋在了他們一行人面前。

在前往「海豚樂園」途中的單軌電車月台上，柯南、小蘭和小五郎遇見了三位美女。對她們正在等待的另一位美女充滿興趣的小五郎，一路跟到了海豚樂園旁的飯店。然而，另一位美女直美卻在密室中被殺害。對於這個乍看之下像是強盜殺人的案發現場，柯南抱持著疑問。

小五郎、小蘭和柯南在行駛於海邊道路時車子故障，便向附近的住家求助。那裡是知名律師橘的別墅，三人在對方的邀請下住了一晚。隔天，柯南和小蘭目擊到出海釣魚的橘所搭乘的船在近海翻覆。從被發現的橘的溺斃屍體中檢測出安眠藥，警方開始從自殺和他殺兩方面進行調查。

殺害律師橘的嫌疑人熊田，在同個鎮上公寓的自己房內上吊身亡。小五郎認為是熊田殺了橘之後再自殺，但柯南認為關鍵在於兩年前熊田委託橘辯護並贏得無罪判決的案件，於是展開了獨自調查。拜訪了被害者老家的柯南，在那裡發現了某樣東西。

柯南等人陪同園子來到杯戶百貨公司。和小五郎一起等待小蘭和園子的柯南，卻看到小五郎被目暮警官等人誤認為是連續婦女毆打事件的犯人。該事件的被害者是三名年輕女性。除了遇襲當時都打扮得很花俏之外沒有其他共通點，因此佐藤警官才會變裝進行誘餌搜查。

連續婦女毆打事件，因為小蘭在杯戶百貨公司的地下停車場發現了第四位犧牲者的屍體而演變成了殺人事件。柯南看到屍體的鞋子脫落，便識破犯人是鎖定穿著厚底靴開車的女性。就在柯南鎖定犯人之時，穿著厚底靴尋找洗手間的園子，正被犯人揮下的金屬球棒攻擊。

受邀參加「黃昏之館」晚宴的小五郎、小蘭和柯南，得知除了小五郎之外，還有另外五位名偵探也受到了邀請。在偵探們相繼被殺害的過程中，柯南試圖找出宅邸的謎團以及暗示著怪盜基德的邀請者。本特別篇將揭露新一與怪盜基德過去的攻防，以及基德悲傷面貌的一部分。

一位穿著和服的中年美女造訪毛利偵探事務所，委託協尋國中同學。對委託人靜華一見鍾情的小五郎，幹勁十足地展開調查。他從要找的人柴田四朗的劍道大賽照片中立刻鎖定其行蹤，並前往靜岡的柴田公寓拜訪，但那裡卻只有一具緊握著委託人靜華照片、已經氣絕身亡的柴田屍體。

靜華委託尋找的柴田四郎，卻在他自家的公寓裡被撲殺了。靜岡縣警的橫溝警官懷疑靜華，但靜華卻態度從容地拒絕了偵訊。柯南發現四郎手中緊握著與照片上不同的東西的痕跡，進而追查出真兇。

收到奇怪信件的服部平次和柯南等人，來到了傳說有人魚的若狹灣美國島。然而，寄信人沙織卻下落不明。這天是一年一度的奇異祭典「儒艮祭」的日子，人們為了求取據說能長生不老的儒艮之箭而聚集。島上的人們說沙織很害怕人魚的詛咒。

在傳說有人魚的若狹灣美國島，一年一度的奇異祭典「儒艮祭」之夜，曾向柯南等人求助的沙織的青梅竹馬壽美，被發現以人魚般的姿態吊死在瀑布中。而在她的守靈夜上，又發生了新的事件。委託人沙織的下落不明，平次和柯南一同挑戰連續殺人事件的謎團。

在傳說有人魚的若狹灣美國島發生了三起連續殺人事件。三名被害者都是曾向平次和柯南求助、目前下落不明的沙織的青梅竹馬。縣警認定沙織的父親弁藏是事件的兇手。然而，柯南卻用「沉睡的小五郎」的姿態，以小五郎的聲音開始向聚集在神社的島民們講述令人意想不到的真相。

柯南的同學倫太郎跑來向少年偵探團求助，說家裡有個可疑的大叔。這個大叔來到經營食堂的倫太郎家，聲稱是為了報答倫太郎已故的祖父恩情，所以無償住在店裡幫忙。由於這位大叔出錢裝修店面，使得生意非常興隆，但倫太郎卻說「這絕對很奇怪」，並委託他們揭露大叔的陰謀。

柯南、小蘭和園子在遊樂中心拍大頭貼時，遇到了帝丹高中的英文老師茱蒂。在茱蒂的建議下挑戰格鬥遊戲的小蘭，卻被高手級玩家尾藤賢吾打敗了。尾藤隨後與挑戰者志水展開了一場激烈的遊戲對戰，但原本佔有壓倒性優勢的尾藤卻在遊戲結束後，坐著不動就死了。

柯南推斷在遊樂中心死亡的尾藤賢吾的死因是毒殺。嫌疑人是對戰對手志水、店員出島、客人計程車司機江守，以及英文老師茱蒂。鑑識結果顯示，尾藤是被類似針的東西注入河豚毒素，但兇器卻未被發現。柯南注意到嫌疑人們每移動一次，就會發出奇怪的聲音。

小蘭和園子開始一起去上陶藝教室。柯南前去查看情況時，教室裡的人們正擔心陶藝家美濃宗之的入贅女婿素夫，說他表示會回家幫忙教室後就沒有再出現。柯南等人在美濃的宅邸內搜索，最後在儲藏室的櫃子裡發現了素夫面目全非的屍體。

在小蘭和園子去上的陶藝教室裡，陶藝家美濃宗之的入贅女婿素夫被勒斃了。柯南已經鎖定犯人，也看穿了其手法。剩下的就是決定性的證據。然而，目暮警官卻因為宗之的徒弟菊代有大筆債務，而且是素夫人壽保險的受益人，而準備將菊代作為嫌疑人帶回警局。

柯南、阿笠博士和少年偵探團的孩子們為了去滑雪旅行，正搭乘著路線巴士。途中，新出老師和帝丹高中的茱蒂老師也上了車，不知為何灰原哀卻開始感到恐懼，試圖躲藏起來。灰原哀感受到了黑衣組織成員強烈的氣息。然而，載著柯南等人的巴士卻被兩名歹徒劫持了…。

公車被兩名搶匪劫持。柯南試圖找出混在乘客中的第三名共犯，並思考對策以阻止犯人將乘客與公車一同炸毀的計畫。當警方應兩名搶匪的要求，釋放了已被逮捕的主嫌，且劫車犯們開始在小佛隧道內準備脫逃時，柯南一行人的反擊也開始了。

小五郎受一位名叫上田的醫學院講師委託，為他因受到騷擾而困擾的同事吉村進行調查。為了從事件當事人那裡聽取情況，小五郎與上田、柯南一同前往公寓，但三人在公寓旁的小巷裡發現了吉村墜樓的屍體。警方推斷是吉村因害怕威脅而不慎從自己房間墜落的意外，但是…。

柯南一行人受阿笠博士的朋友，同時也是愛狗人士的加納照也之邀，來到他家中。因為要搬家，所以想把一些用不到的東西送人。除了柯南他們，加納的三位愛狗朋友也來了。中午十二點，掛鐘響起，加納的愛犬——有著聽到鐘聲就會跑到藍色坐墊上吃點心習慣的蝴蝶犬道爾，突然跑了出去，就此消失無蹤。

在柯南一行人受邀前往的加納家中，愛犬蝴蝶犬道爾消失了。看似是有人擄走道爾後逃逸，但柯南從發現項圈的焚化爐中，找到了沒被燒盡的玻璃纖維，從而鎖定了道爾的所在地，並在少年偵探團的協助下重現狀況，一面解開謎題，一面將犯人逼入絕境。

小五郎、柯南、小蘭受邀參加葡萄酒收藏家日下的家庭派對。開始與侍酒師外村進行盲品對決的日下，前往改造成酒窖的地下室去拿他引以為傲的珍品。然而，過了40分鐘日下都還沒回來。前去尋找的小五郎，在被電子鎖鎖住的酒窖中，發現了已被勒死的日下。

柯南、小五郎、小蘭三人因抽中頭獎，來到南紀白濱進行兩天一夜的旅行，並結識了一個由五名醫學院學生組成的小組。據說正在進行寫生旅行的這五人，似乎以一位如同女王般有錢的千金小姐真紀為中心，有著複雜的人際關係。隔天，當柯南一行人正按照真紀告知的路線享受觀光時，接到了真紀被刺殺的消息。

柯南認為，在南紀白濱結識的醫學院學生真紀被刺殺，是熟人所為。但是，真紀的五位同伴各自都有不在場證明。柯南對藤為了證明自己的不在場證明而出示的數位相機照片產生懷疑，於是便在藤聲稱當時所在的「冒險大世界」裡展開調查。

受服部平次之邀，柯南、小蘭和小五郎參加了由三位知名運動選手擔任老闆的大阪餐廳「K3」的開幕紀念派對。三位老闆拜託小蘭協助他們利用大樓窗戶進行一場表演。當用窗戶燈光在夜空中排出「K」字圖案時，一聲槍響劃破天際。

柯南與服部平次趕到傳出槍聲的房間，發現一名叫艾德的記者在那裡被殺害。柯南與平次為了破解殺害艾德的手法並找出兇手而展開調查。雖然柯南判斷三位老闆不可能行兇，但隨著調查的深入，他發現了最不想承認的真相。

在返回東京的新幹線上，柯南一行人偶然遇到了正在押送毒販小倉千造的佐藤警官與高木警官。在佐藤警官暫時離開時，高木警官獨自陪同想起身上廁所的小倉。在廁所外等候小倉時，突然聽到呻吟聲，他急忙打開門，映入眼簾的是試圖自殺的小倉。

佐藤警官斷定，在新幹線上護送途中毒販嫌疑人小倉的死亡，是一起偽裝成自殺的殺人事件。有人引發炸彈騷動，並趁亂讓嫌疑人前往前面車廂的廁所，偽裝成自殺。可能下達此指示的乘客有三位。柯南注意到這三個人手中拿著的報紙。

平常總是很有活力的元太樣子很奇怪。他不僅午餐沒吃完，還像是要躲著柯南他們一樣獨自回家。在柯南他們的追問下，元太表示他目擊了搶劫犯，正被人盯上性命。起初柯南他們並不相信，但當看到百貨公司的招牌朝著元太的頭上掉下來時，他們才意識到這是真的，並開始思考對策。

為了調查案件，群馬縣警的山村警官、柯南、小蘭和小五郎，前去會見受委託的葵屋旅館老闆。據說這起案件與四年前死亡的一名身穿紅色夾克的男子，以及該男子寄放在老闆那裡的公事包有關。然而，那個公事包已經被另一名自稱毛利小五郎的男子取走了。

冒牌毛利小五郎上吊身亡。柯南看到旁邊公事包裡五年前的體育報紙和一根長髮後，斷定這是一起殺人事件。隨著調查的深入，柯南意識到體育報紙是標示某個隱藏地點的暗號，並從四年前死亡的紅夾克男子的遺物中，逐步追查出犯人。

為了調查跟蹤狂事件，柯南、小蘭、小五郎來到委託人建築師金澤柳一郎的住處。據說從三個月前開始，每週都會收到照片，但他完全沒有頭緒。當天晚上，正在金澤的庭院裡享用晚餐時，一聲槍響劃破天際。在被稱為「向日葵館」、每12小時會旋轉一圈的宅邸房間裡，金澤中槍身亡。

來伊豆海邊玩的阿笠博士和柯南一行人，認識了漁夫吉澤和下條。為了和無視海洋規則、捕魚手法粗暴的荒卷談判，他們約在飯店的餐廳見面。但到了約定時間荒卷卻沒有出現，另一位漁夫根津打電話給他，電話那頭只傳來海浪的聲音…。

為了與漁夫吉澤、下條、根津三人談判而約在飯店餐廳見面的荒卷，被發現陳屍於海上。園子雖然做出了無厘頭的推理，但柯南卻從中得到提示，查明了犯案手法與兇手。他從荒卷手機裡留下的通話紀錄追查兇手，然而…。

柯南、小蘭、小五郎與民宿老闆村上紫郎及其弟弟立柴金次，一同來到位於療癒森林中的民宿。當村上和立柴採完晚餐要用的山菜回來時，收到了他們父親、同時也是村長的村上龍藏在自家中遇害的消息。從村長家到民宿需要一個小時的路程，這對兄弟兩人看似不可能犯案，但是…。

小五郎收到了沖野洋子寄來的、其女演員朋友草野薰的訂婚派對邀請函。同樣受邀的前「地球淑女隊」成員岳野雪和星野輝美計畫，等小薰洗完澡出來時，穿上地球淑女隊的服裝給她一個驚喜，但小薰卻遲遲沒有出來。眾人擔心不已前去查看，卻發現了小薰慘不忍睹的模樣…。

在訂婚派對上遇襲的，是沖野洋子的朋友、女演員草野薰。雖然對在場的所有人進行了搜身，卻沒有找到襲擊小薰的凶器。根據小薰所說最近被跟蹤狂騷擾的證詞，以及在房間裡發現的竊聽器，案件被認為是外人所為，但是…。

柯南、小蘭、小五郎來到了歐克斯牧場，由員工竹内早苗為他們導覽。就在那時，牧場主人大楠友之的愛馬「夫人躍動號」突然失控逃跑。柯南注意到阻止牠時，馬蹄上沾有血跡，隨後便在馬廄裡發現了頭部流血、已經身亡的蹄鐵師杉山的屍體。

放學後，柯南與少年偵探團在公園玩耍時，遇到舉止可疑的燕財閥會長秘書堺。一問之下，才得知燕財閥會長燕健三的孫子秋夫遭到綁架。健三為了孫子的安全而拒絕警方介入調查，但柯南從熱愛畫畫的秋夫的圖畫中，找到了監禁地點的線索。

佐藤警官的母親勸她去相親。她只好答應，並隨便選了一個連長相都沒看過的對象，沒想到對方竟然是白鳥警官。與此同時，高木警官正在追查一起便利商店搶案。白鳥警官看到佐藤警官冷淡的樣子，便提出了一個賭注。賭注是，如果高木警官在日落前沒有來接她，佐藤警官就得嫁給白鳥警官。

在母親的催促下，佐藤警官隨便選定了一位連長相都沒看過的相親對象，沒想到對方竟然是白鳥警官。如果高木警官未能在日落前來接她，佐藤警官就得嫁給白鳥警官。然而，關鍵的高木警官卻因為目擊者們分歧的證詞，遲遲無法鎖定犯人。究竟，高木警官能否在日落前趕到並接走佐藤警官呢？

來到島根縣松江旅行的柯南、小蘭和小五郎，在飯店大廳認識了從大阪前來進行連句之旅的五位連句會成員，其中包括專科學校國文科的副教授安藤禮子。隔天，正在八重垣神社的小蘭和柯南收到了連句會成員之一的牛窪先生過世的消息…。

柯南一行人在島根縣松江的旅途中，結識了安藤禮子等連句會的成員。然而，其中一名成員牛窪先生隔天卻遭人殺害。為了悼念牛窪，連句會成員們舉辦了一場句會，柯南他們也一同參加。就在這場句會中，柯南逐漸將犯人逼入絕境…。

凌晨2點15分發生了一場大地震。隔天早上，一名香油錢竊賊浦澤在帝丹神社內被掉落的鈴鐺砸中頭部而倒下，隨後遭到逮捕。從帝丹神社回家的路上，柯南與少年偵探團遇到了一位名叫竹中的受害者，他表示自己家中遭小偷闖入，並在過程中被重擊頭部而昏倒。柯南一行人開始解開浦澤令人費解的行動之謎…。

阿笠博士與柯南及少年偵探團一同去看動物秀。當時，他們幫助了一位被誤認為動物秀贊助商藍迪・霍克而接受採訪的外國人詹姆斯・布萊克。詹姆斯為了表達感謝，想邀請他們共進午餐，便前去取車，卻在停車場遭到綁架。

在看完動物秀回家的路上，阿笠博士與柯南及少年偵探團幫助了被誤認為贊助商藍迪・霍克而感到困擾的外國人詹姆斯・布萊克。然而，詹姆斯卻在停車場遭到綁架。柯南一行人根據詹姆斯在吊飾上留下的線索，一步步追查犯人…。

小五郎帶著柯南和小蘭到「花亂亭」餐廳用餐。餐廳打烊後，小五郎經過店門口時，偶然看見廚師和田實從隔壁的工地走出來，並坐進了花亂亭老闆娘禮子的車裡。隔天早上，老闆花岡茂被發現因頭部遭重擊而死亡。乍看之下，像是因為隔壁工地施工的震動導致花瓶掉落砸中頭部，但…。

由於大雪，通往旅館的道路被封鎖，讓柯南、小蘭、小五郎陷入困境。在大門工業社長的兒子大門良郎的安排下，他們得以在大門家借宿。然而隔天早上，大門家的戶長大門源一郎被發現陳屍在自己房間的偏院。源一郎的房間裡，沖滑秀友的盔甲和武士刀也突然消失無蹤…

在大門家留宿的隔天早上，柯南一行人在偏院發現了大門家戶長大門源一郎的屍體，接著更在音響室發現了穿著沖滑秀友盔甲的長子一樹的屍體。從一樹死亡房間裡留下的不明傷痕，柯南確信這並非自殺，而是一起利用秀友傳說所犯下的殺人案。

在平次與和葉一同前往的浪花中央體育館，舉辦的近畿劍道大會上發生了殺人案。靠著平次的活躍，案件在當天就宣告偵破。柯南一行人在平次家裡品嚐了夢寐以求的河豚火鍋，但隔天在大阪城，又再次遭遇了巧妙的殺人計畫。這是一部以大阪為舞台的兩大殺人案特別篇。

與小蘭的母親妃英理對抗的，是檢察界的女王九条玲子。妃英理接下了由她所負責案件的被告辯護，為了證明這次要辯護的男子宇佐美真治的不在場證明而展開調查。妃英理為了與宇佐美的分居妻子見面而前往一間居酒屋，並在那裡與小五郎重逢。而掌握不在場證明關鍵的，竟然就是毛利小五郎。

掌握小蘭母親妃英理所辯護的宇佐美真治不在場證明關鍵的，竟然就是小五郎。然而，在公審當天，小五郎卻被九条以檢方證人的身分傳喚出庭。柯南為了證明宇佐美的不在場證明，在拜訪宇佐美公寓時，看到了居酒屋「美枡」的火柴盒，從而找到了解決案件的線索。

情人節即將到來，柯南一行人來到深山裡的吹渡山莊。山莊裡有一位名叫二垣的報導文學作家和他的戀人亞子、亞子的朋友實果，以及兩位背著槍的中年男子。傍晚開始下起暴風雪，為了採訪日本狼而離開山莊的二垣遲遲未歸，擔心的亞子與實果便進入森林中尋找他…

柯南一行人在深山裡的吹渡山莊又再次遭遇了殺人案。正如住宿的客人酒見所說，因為雪崩導致隧道被掩埋，不知道警察何時才能抵達。在二垣持有的遺物中，唯一可能成為線索的，就只有相機裡的底片。而那捲底片的最後一張，拍到的竟是…

發生在吹渡山莊的殺人案。連柯南也沒預料到，巧克力竟會成為解開事件謎團的重要關鍵。柯南想通了事件的手法與犯人，但是卻沒有證據。就在那時，在小蘭、園子、實果和亞子白天製作巧克力的廚房裡，一個鐵證隨著暴風雪被吹進了山莊中。

一位名叫護田的男子來到毛利偵探事務所，希望能幫忙尋找亡妻遺留下來的手錶。他被小五郎趕了出來，正當護田嘆氣時，柯南自告奮勇地接下了尋找手錶的任務。柯南一行人在護田家中到處尋找，卻遲遲找不到手錶。於是，他們開始尋找一台據說只有亡妻才會操作、護田從未使用過的洗衣機…

正在護田的公寓裡尋找手錶時，一位名叫出月映子的中年女性在音響室觀賞電影時，被人用花瓶敲擊頭部殺害。就在那時，柯南除了案件之外，還聽到了另一件令人在意的消息，讓他開始擔心小蘭的安危。但為了偵破眼前的案件，他確認了櫥櫃裡的證據後，便趕往音響室。

小蘭非常在意那個戴黑色針織帽的男人。她確信在巴士劫持事件之前也見過他，但就是想不起來。一想到這件事，她就感到一種不祥的預感，和新一消失時的感覺一樣。在回家的路上，柯南一行人在一家咖啡店裡，發現一個抱著信封蹲在地上的男人。信封上用血寫著『○×△』。

放學途中，柯南一行人在咖啡店前的電扶梯上遇到了一起殺人事件。被刺殺的中條在抱著的信封上，留下了用血寫的『○×△』作為死亡訊息。無論是柯南一行人還是目暮警官，都無法理解這個暗號代表什麼。就在那時，柯南從茱蒂老師的話中，得到了解開血字暗號的提示…

柯南、步美等人和一位名叫大森靜的婆婆一起在公園幫忙照顧貓。第二天，擔心到了約定時間卻沒有出現的靜，柯nan一行人前往她的公寓查看，但靜沒有回應。柯南他們因為得不到任何情報而束手無策。就在這時，一隻名叫布魯斯的流浪貓出現了，那是靜特別疼愛的一隻貓…

因感冒臥病在床的小蘭，向來探病的園子抱怨說「總覺得有人在偷看，好可怕」。當小五郎笑著說「這年頭哪有什麼鬼…」時，一位老人從他背後搭話。這位名叫音無芳一的老人邀請柯南「要來看亡靈嗎？」。對鬼故事感興趣的柯南和小五郎，便帶著不情願的小蘭跟著老人去了他的公寓。

被在新出醫院遇到的老人那句「有亡靈出沒」的話所吸引，跟著去了公寓的柯南一行人，體驗了和老人說的一模一樣的怪異現象。柯南對這個充滿謎團的公寓非常有興趣。他無法理解從窗外窺視的詭異人影，以及老人所說的鬼火的原理。柯南看到飛蛾只停在小五郎身上，便恍然大悟了某件事。

因為步美說她看到高木警官拼命地在找東西，柯南、元太、光彥便和步美一起趕到公園。高木警官坦承，他在這個公園勸架後，才發現自己的警察手冊不見了。據說吵架的是一位名叫半崎的不紅歌手和他的經紀人杉山…

柯南向阿笠博士透露，有關小五郎的案件調查報告被從警視廳偷走了。察覺到這可能與黑暗組織有關的阿笠博士，便找來了他的好友服部平次。柯南告訴兩人，在杯戶城市飯店的事件中，應該有犯人皮斯可的同夥在場。柯南與平次開始調查小蘭高中的英文老師——茱蒂…

柯南和服部平次懷疑小蘭高中的英文老師茱蒂可能是黑暗組織的成員，於是前往茱蒂居住的公寓拜訪。然而，就在三人正準備一同出門吃飯時，隔壁房間的住戶高井竟在他們面前墜樓身亡。高井是如何被人設計從窗戶墜落的呢？解開這起密室殺人事件之謎的關鍵又是什麼…

柯南等少年偵探團成員和阿笠博士，在東都體育場觀看了東京精神隊對決東京諾瓦隊的足球比賽。輸球的東京諾瓦隊實力下降的原因之一，是主力前鋒比護選手的轉隊。就在他們聊著這些事，搭乘回家的電車時，柯南一行人聽到了東京諾瓦隊的瘋狂支持者赤野的尖叫聲。

在柯南等少年偵探團成員和阿笠博士觀看足球比賽後回家的電車上，惡名昭彰的足球流氓赤野被人刺殺了。被鎖定的嫌疑人——東京諾瓦隊的支持者吉良蓮繪和大葉悅敏，以及東京精神隊的支持者船戶三昭——三人都各自聲稱有不在場證明，唯一能確認的只有他們當時人確實在電車上…

步美、元太、光彥三人在廢棄大樓裡玩偵探遊戲時，目擊了真正的殺人事件現場。步美用偵探臂章聯絡柯南，卻在追逐跳上小貨車貨斗的元太和光彥時，不小心弄掉了臂章。躲在小貨車貨斗紙箱裡的三人，就這樣和屍體一起被載往某處。

柯南、小蘭和小五郎在山路上因車子沒油而傷透腦筋時，被路過的木山家具社長馬島所救，並受邀參加晚宴。在馬島的建議下，柯南一行人被帶到別館西式建築的沙龍，並在那裡認識了社長秘書橋本、木山家飾社長遠藤，以及自由作家木山智則。看來這三個人似乎都對馬島懷有恨意…。

在木山家具社長馬島家住了一晚的柯南一行人，隔天早上發現了馬島被勒死的屍體。柯南根據四名嫌疑人的證詞，不斷思考案件的手法。犯人究竟是如何在不留下腳印的情況下，將屍體運到庭院中央的呢？就在這時，垃圾桶裡發現了一封被丟棄的恐嚇信，信中要求馬島到西式建築的屋頂上。

為了使用抽獎抽中的餐券，柯南一行人來到了橫濱中華街。然而，他們在想去的餐廳無法使用餐券，正當束手無策時，一位名叫川端的電影製作人上前搭話，說想挖角小蘭。就在這時，川端突然掐著喉嚨痛苦不已，隨後死亡。負責偵辦的橫溝警部的弟弟，一口咬定小五郎有嫌疑。

在廁所發現了疑似裝有導致川端死亡毒物的容器。雖然小五郎進店後沒有去過廁所，但橫溝警部仍然持續懷疑他。柯南與當時同桌的成員及橫溝警部一起重現案發經過，逐步解開用餐時究竟發生了什麼事、事件的真相以及真兇的謎團。

橫濱中華街的事件才剛解決，小蘭就因發高燒而病倒。在朦朧的意識中，小蘭回憶起和新一兩人一起去美國拜訪新一父母時的往事。在母親有希子的帶領下，15歲的小蘭和新一來到紐約，並前往百老匯當紅音樂劇「黃金蘋果」的後台休息室…。

在新一的母親有希子帶領下，15歲的小蘭和新一來到紐約，參觀了音樂劇「黃金蘋果」的後台。該劇以希臘神話「金蘋果」為題材，由男演員希斯飾演的主角，從三位美女中選擇一位。到了高潮，變身為天使的希斯本應從舞台中央飛向空中，然而…。

在新一的母親有希子帶領下觀賞音樂劇時，主演男演員希斯在演出中遭人槍殺。新一認為犯人就在舞台上的四名女演員之中，但她們不可能向一個陌生的日本少年透露秘密。最終讓工作人員開口的是以「暗夜男爵夫人」之名在美國大受歡迎的有希子。

擔心光彥沒來參加暑假慣例的廣播體操，阿笠博士和柯南等人前往光彥家拜訪。柯南從光彥房裡留下的廣播體操出席卡推斷，光彥是照著早就擬好的計畫去了某個遙遠的地方。一向認真且重視團隊合作的光彥，究竟有什麼理由要背著柯南他們單獨行動呢？

為了尋找偷偷跑出去的光彥，柯南一行人來到群馬縣的某座森林，並遇見了群馬縣警的山村警官，得知連續殺人犯沼淵已逃入森林中。柯南等人根據尋找光彥的三個線索展開搜索。他們擔心光彥的安危，用偵探臂章呼叫他…但光彥早已被沼淵抓住了。

因為小五郎與平次的東西推理對決這個電視節目企劃，柯南一行人因此來到了沖繩。兩人要推理的案件是，一年前，在被稱為「鬼龜島」的無人島上，發現了一具背後有著奇妙文字、活活餓死的男性屍體。無論如何都不想輸給小五郎的平次，與柯南、小蘭、和葉，以及六名工作人員一同登上了遊艇。

因為小五郎與平次的東西推理對決這個電視企劃而來到沖繩的平次和柯南一行人，和工作人員一起搭乘遊艇前往無人島。但是，其中一名工作人員伊江被發現遭人勒斃，他們搭乘的遊艇也消失了。在一棟如同廢墟的金城家別墅裡等待救援船的期間，柯南一行人聽說了發生在金城家的不幸事件。

因為小五郎與平次的東西推理對決這個電視企劃，柯南一行人來到了沖繩。圍繞著島上鎮長金城所發生的多起案件，是否與這次的事件有關？柯南與平次從伊江和下地兩人不同的遇害方式、別墅椅子上寫的名字不自然之處，以及與小蘭、和葉的對話中，識破了殺害伊江的兇手所用的詭計。

柯南、少年偵探團、小蘭、園子、小五郎搭乘飛機來到了熊本。在觀光途中，園子撿到了一支手機，並看到了手機上的郵件畫面。上面寫著「那個女孩…好想見妳！明天早上11點等妳」。園子打算幫助這個和自己同名的女孩的戀情，決定直接前往約會地點，將手機交還給寄件人。

為了參加身陷貪污疑雲的國會議員成增健三所主辦的網球大賽，柯南一行人來到了熊本。在溜出比賽會場去送手機的途中，小蘭被不明人士綁架了。柯南心急如焚。小蘭傳達的「殺人計畫」肯定正在進行中。為了掌握計畫的全貌，必須盡快查明小蘭的下落…。

小五郎、柯南、小蘭受到工務店社長河井的邀請，與河井認識的金融業者山崎一同登上了屋形船。在米花灣中央，柯南一行人一邊欣賞對岸的夜景和煙火，一邊享用著美食，而河井和山崎則在船頭釣魚。就在那時，傳來了船長女兒沙織的尖叫聲，她正要去拿啤酒給河井他們。

小蘭的母親、律師妃英理，接下了由檢察界的女王九条玲子檢察官所負責案件中被告的公設辯護人。案件是在一間不動產公司的辦公室裡發現了社長的遇害屍體，而慣竊井上隆志因涉嫌闖入辦公室行竊而被逮捕。井上供稱自己在空屋行竊時被社長發現，雙方發生爭執，他用玻璃菸灰缸毆打了社長的頭部…。

小蘭的母親英理接下的公設辯護人案件開始公審，九条揭露了井上具有殺害大津的動機，將英理逼入了絕境。柯南與小五郎一同前往案發現場，並察覺到大津遇害的瞬間存在著某種詭計。根據在場勘查案發現場社長室的有馬的證詞，柯南想通了事件的真相。

為了觀光而來到山口縣下關市的柯南一行人，在那裡認識了秋田谷徹、野島榮子、大坪圭介、井坂茜。據說這四人是為了紀念自殺的另一位夥伴本堂和行的十三週年忌日，以及慶祝大坪和茜的婚約而聚集在一起。當天晚上，在四人帶領前往的地方，出現了一位名叫針尾的男子，他正是逼死本堂的元兇。

柯南一行人撞見了針尾的命案現場，小五郎提議對前一天認識的四人進行偵訊。被召集到下關警察署的四人各自聲稱有不在場證明。兇手的目標是變裝成針尾來偽造犯案時間。如果真是如此，那麼任何人都有可能殺害針尾。柯南找到了解開謎團的突破口，開始著手調查。

少年偵探團的孩子們和阿笠博士一起來看東京SPIRITS隊的優勝遊行。為了親眼目睹明星選手秀和直樹，大批群眾擠滿了沿路，這時柯南一行人遇到了為了辦案而變裝的佐藤警官和白鳥警部。原來警視廳收到一封奇怪的傳真，內容和以前發生過的某個案子很相似。

少年偵探團的孩子們和阿笠博士一起來看東京SPIRITS隊的優勝遊行。然而，一封揚言要妨礙遊行的傳真被寄出，高木警官的車就在柯南他們眼前爆炸。柯南看了爆炸前拍攝的錄影帶，推斷案件的關鍵就在於沒有被錄進去的東西。

為了抓到最近在曙町連續犯下空屋竊案的犯人，柯南、步美、元太、光彥來到了曙町。他們在杳無人跡的住宅區尋找線索時，聽見旁邊的公寓傳來女性的尖叫聲。柯南等人趕到後，只見屋主細野早苗指著沙發。在那裡，柯南發現了一名老婦人的他殺屍體。

佐藤警官帶著柯南與少年偵探團的孩子們進行搶案的現場勘查時，回想起了三年前的連續爆炸案。當時松田警官中了犯人的陷阱而殉職。就在此時，預告炸彈的電話再次響起。犯人企圖挾持1200萬東京都民作為人質，來報復對警方的怨恨，這讓柯南和警官們都燃起了怒火。

受邀演出推理節目的小五郎，帶著柯南和小蘭來到外景拍攝地的洋房。在那裡遇到的演出者雨城瑠璃，竟是小五郎和英理的國中同學。拍攝開始後，主角風見良輝不知為何心情變差而離開了現場。隨後，伴隨著瑠璃的尖叫聲，眾人在二樓的一個房間裡發現了渾身是血的風見的屍體。

在受邀演出推理節目的小五郎所造訪的洋房裡發生了殺人案。為了辦案而前往案發現場的柯南，看到貼在地上的膠帶上附著的棉絮後，便察覺到了兇器與犯人。柯南立刻想用麻醉針讓小五郎沉睡，但麻醉針不知為何卻射不出來。沒辦法，柯南只好給小五郎一些關於案件的提示。

有三位委託人來到毛利偵探事務所。他們希望能幫忙尋找失蹤的知名系統工程師——板倉。柯南聽說有人看到長相酷似他一直在追查的黑暗組織成員——龍舌蘭的男子，認為這可能與該案件有關。柯南等人和三位委託人一同前往板倉藏身的房間，但是…。

經過柯南的指點，案件被斷定為偽裝成心臟病發的殺人案。板倉的遺物MO磁光碟中，並沒有看似直接相關的內容。但對柯南來說，這或許是能掌握到黑暗組織線索的珍貴資料。柯南開始了沉睡小五郎的推理秀，並假裝說明電腦操作，藉機複製了MO磁光碟的內容。

儘管柯南查明了板倉死亡的真相，解決了這起殺人案，但既然板倉被認為與黑暗組織有關，就必須追查下去。口袋裡放著記載了板倉日記的MO磁光碟副本。急於想一窺MO內容的柯南，前往阿笠博士家，用電腦打開了MO磁光碟。

柯南用變聲器模仿板倉的聲音與伏特加交涉後，雙方約定在賢橋車站的投幣式置物櫃前交接板倉的軟體。目前，新聞只報導了寶石搶匪在逃的資訊。在返回東京的途中，阿笠博士的車爆胎了，柯南和阿笠博士只好搭上了一輛路過的車，但是…。

柯南在接近與黑暗組織成員伏特加的交易地點賢橋車站時，揭穿了讓他搭便車的情侶其實是寶石搶匪。將寶石搶匪交給阿笠博士處理後，柯南獨自前往交易現場。他搶先一步到伏特加指定的投幣式置物櫃，並躲在暗處觀察。就在這時，手持槍枝的琴酒出現了。

在步美的邀請下，柯南與少年偵探團來到了觀野家。據說只要能將七層架上的雛人偶擺放整齊，就能得到那些人偶。然而，在柯南他們外出購物時，昂貴的掛軸「雷神」卻被小偷闖空門偷走了。雖然警方斷定犯人是從陽台侵入，但柯南從傳真機的發送時間注意到某件事…。

在步美的邀請下，柯南與少年偵探團來到了觀野家。據說只要能將七層架上的雛人偶擺放整齊，就能得到那些人偶。然而，在柯南他們外出購物時，昂貴的掛軸「雷神」卻被小偷闖空門偷走了。柯南因步美說的「樓梯…」這句話終於解開了事件的謎團，但在樓梯平台上看著夕陽的步美不知為何卻坐立不安。

柯南、小蘭、小五郎來到小天狗山健行。就在快要抵達山頂時，他們目擊了一名身穿工作服的男性被強風吹落懸崖。雖然警方打算以意外事故處理，但柯南無法接受。接著，得知遺體旁附著著蜘蛛絲的柯南，終於識破了事件的手法…。

小五郎帶著柯南和小蘭，拜訪酒友，也就是日本畫家早河靜山的山莊。因為靜山陷入低潮導致手指顫抖，甚至企圖自殺，其弟子黑木次郎便拜託小五郎前來為他加油打氣。然而隔天，卻在竹林中發現了靜山上吊的屍體。柯南從周圍的狀況以及墊腳台位置的偏移，對這起自殺案抱持懷疑。

柯南和小蘭被小五郎帶著去看職業摔角比賽。當天的主賽事是蒙面摔角手狼面人與新生代王牌永瀨豹太的冠軍爭霸戰。然而，就在比賽前夕，永瀨的屍體在休息室被發現，身上有刺傷。休息室內裝設的攝影機雖然拍下了犯案瞬間與犯人，但犯人卻戴著狼面人的面具。

為了觀看職業摔角，柯南一行人被小五郎帶到東都國技館，結果又再次遭遇殺人事件。看了裝設在犯案現場的錄影帶後，柯南在觀察狼面人面具的繩子時，注意到某件事。他像往常一樣讓小五郎睡著，然後將四名嫌疑犯叫回來，讓他們全部戴上面具，並下達某個指示。

從伊豆回家的路上，小五郎的車在山路上拋錨了，柯南一行人只好向一家名為「KURON」的健康器材公司的山莊求助。山莊內，中野、笠原、平松正在為他們開發的新產品按摩椅進行公司內部的競賽。雖然平松的產品獲選，但他卻用刀刺傷了梅谷社長，並在駕車逃逸途中墜崖身亡。

在「KURON」這家健康器材公司的山莊，梅宮社長被人用刀刺傷。加害者平松在駕車逃逸途中墜崖身亡。警方斷定是駕駛失誤造成的意外，但柯南卻察覺到這是某人策劃的謀殺案。看了裝設在測試室的錄影帶後，柯南從平松刺殺梅宮的畫面中找到了真相。

在米花町住宅區的公園裡，發現了一具男性的絞殺屍體。被害者是時代劇小說家月形龍太郎的弟子久坂雄一。另一位與久坂爭奪弟子地位的弟子猿橋勝雖然可疑，但他卻有不在場證明。苦思冥想的柯南在書店看到了月形的著作，書腰上寫著「逆轉再逆轉」的字樣…。

柯南與少年偵探團前往米花綜合醫院，探望住院的同班同學片岡純。在那裡，他們遇到了身為公司社長的純的父親・片岡茂、他的司機・北山吾郎，以及新銳設計師江崎幸子。純說他想去電動遊樂場，於是柯南決定當他的替身。然而，被誤認為是純的柯南卻遭到綁架。

在醫院被誤認為同班同學片岡純而遭到綁架的柯南，成功地從廢棄大樓中逃脫。另一方面，貼有蜜蜂貨運標誌的逃逸車輛在警方的追蹤下，於高速公路的隧道中突然消失無蹤…。此時，在一輛停在停車場的輕型四輪車中，發現了一具男性的絞殺屍體。該名被害者正是綁架犯吉澤正。

平次與和葉被某人監禁，並被強迫解開由數字和字母組成的暗號。另一方面，柯南、小蘭、小五郎因為平次他們過了約定時間仍未出現，便前往偵探楠川的公寓尋找他們。不久後，柯南一行人到達了律師・伊藤美沙里的家，但她卻說完全不認識平次他們。

被強迫解讀暗號文，並被監禁在律師・伊藤美沙里家中閣樓的平次與和葉。此時，正在擔心平次他們沒有依約出現的柯南一行人，接到了來自平次的電話。他說要請他們解開他即將用電子郵件傳送的暗號文。解讀了平次傳來的郵件後，柯南察覺到了某件事。

東京市內發生了在現場留下紅馬的連續縱火案。柯南、平次、小五郎受偵探楠川委託，前往諸角宅邸進行調查，卻被主婦亮子以「是你想太多了」為由趕了回去。就在柯南他們離開諸角宅邸後不久，宅邸便發生火災，並發現了來不及逃生的亮子的焦屍。此外，還發現了紅馬的人偶…。

柯南與平次正在調查東京市內發生的連續縱火案中，導致主婦諸角亮子燒死的火災。調查發現，曾造訪諸角宅邸的風水顧問曾我操夫、亮子的妹妹・權藤系子，以及亮子的丈夫・諸角明等人，各自都有殺人動機。此時，古董店店長玄田隆德自首，承認自己就是犯人。原以為事件就此告一段落，但是…。

柯南與平次正在調查東京市內發生的連續縱火案。此時，雖然古董店店長玄田隆德自首承認犯行，但無法接受的柯南等人對玄田的住家進行了搜查。終於，他們發現了逼近事件核心的物證。當天晚上，有三個黑影悄悄接近玄田的家。就在最後一人正要對檯燈動手腳的那個瞬間…。

柯南、小蘭、小五郎受小蘭的大學學姊小島由貴之邀，參加一場為朋友澤口圭子慶祝生日兼留學的派對。派對開始後，喝了一口紅酒的圭子突然痛苦不堪，隨即身亡…。警方懷疑坐在圭子旁邊的野中，但柯南識破了真兇的身分與犯案手法。

柯南與少年偵探團的孩子們搭著阿笠博士的車去露營，並認識了戶外活動同好會的福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人四人。當天晚上，柯南他們發現泰美倒在路中央，而且已經沒有了氣息。不久後目暮警部等人抵達，進行現場勘驗的搜查人員判斷這是一場意外，然而…。

搭著阿笠博士的車去露營的柯南一行人遭遇了案件。目暮警部對戶外活動同好會的福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華進行偵訊，並懷疑當時駕駛露營車的玲治。另一方面，發現露營車天窗上附著的血跡和沾血塑膠布的柯南，解開了犯案手法，但是…。

柯南、小蘭、小五郎應園子之邀，來到輕井澤的別墅遊玩。但是，他們的車子連同車上行李被暴漲的河水沖走，最後抵達了深山中明石巖夫的家。在那裡，他們與白天遇到的網球教練明石寬人重逢。然而，當晚，柯南和小蘭發現寬人的繼父巖夫上吊身亡。

在不得已借宿的明石家，柯南和小蘭發現了上吊身亡的明石巖夫。經過群馬縣警的山村警官的調查與小五郎的推理，巖夫被推斷為自殺，但柯南開始懷疑他的兒子寬人。最後，柯南終於識破了上吊手法的謎團，正當他準備展開推理秀時，卻發生了意想不到的狀況。

妃英理受小蘭之託，代替小五郎前往委託人的家中，以查明企圖殺害藤枝幹雄的兇手。在那裡，她偶然遇見了柯南的母親──工藤有希子。身為帝丹高中同班同學的兩人，對久別的重逢感到欣喜。然而，就在英理等人透過監視器畫面觀看時，藤枝幹雄在密室的音響室內被殺害了。

在代替小五郎拜訪的委託人家中，英理偶然與有希子重逢。然而，委託人的丈夫幹雄卻在密室的音響室內遭槍殺。柯南對於第一槍和第二槍之間相隔將近三分鐘感到可疑。此外，從有希子電話中聽聞事件經過的工藤優作，給柯南傳達了一個提示：「錯誤的路標」。

在工藤有希子的帶領下，柯南與少年偵探團為了觀看新電影的試映會而來到東都顯影所。由於預定的試映時間延後，他們便與業務古村、顯影師根上一起前往負責沖印的穗島的公寓，並在那裡小睡片刻。然而，和他們一起小睡的古村，卻在沙發上被刺殺身亡。

柯南與少年偵探團造訪了東都顯影所。然而，和他們一同小睡的業務古村竟被刺殺身亡。警方抵達後，開始對穗島、調光師唐田及根上進行偵訊，發現三人都具有殺人動機。柯南從屍體襯衫的第三顆鈕扣脫落等細節，終於識破了兇手，但卻沒有證據……。

柯南和小蘭在小五郎的帶領下，到一間法式餐廳用餐。在回家的路上，他們在西須三田站目擊了一場爭執。扭打中的兩人推倒了施工中的柵欄，其中一位失去平衡的中年男子因此從月台墜落。警方和小五郎因為被害者古田是竊盜慣犯，便認定這是一場遲早會發生的意外，然而……。

為了帶發燒臥床的灰原哀去看醫生，柯南與阿笠博士前往東都百貨內的醫院，並在地下停車場結識了保時捷車主暮木、布袋、泰山及伴場。柯南將身體不適的灰原哀留在車上，獨自前往餐廳街，當他回到地下停車場時，暮木的尖叫聲響徹停車場，伴場已在保時捷車內被絞殺身亡…。

在東都百貨的地下停車場，保時捷車主伴場遭到絞殺。不久後，警方抵達並展開現場勘驗。確認監視器畫面後，同為保時捷車友的暮木、布袋、泰山三人的不在場證明皆成立。這時，柯南看到了鑑識人員所拍攝的三輛保時捷的車內照片，終於察覺了兇手使用的手法。

柯南、灰原哀與阿笠博士為了打聽灰原哀父母的事，拜訪了她父親宮野博士的兒時玩伴──出島的設計事務所。在那裡，柯南一行人得知灰原哀的姊姊明美最近曾來借用廁所，並且似乎藏了什麼東西。然而，午餐時間，正在吃漢堡的出島突然痛苦掙扎，隨後便斷氣身亡。

為了打聽灰原父母的事情，柯南一行人前往出島的設計事務所。但是，出島卻在午餐時被人毒殺。雖然灰原懷疑是黑暗組織的犯行，但柯南否定了這個可能。他斷言犯人就是設計事務所的設計師今井、財津、夏掘其中一人。此外，明美藏起來的東西也還在廁所裡面。

柯南和小蘭應園子之邀，為了參加大賀財團繼承人大賀真哉的婚禮而前往豪斯登堡。途中，他們認識了一位名叫高橋純一的青年。在當地與等候的真哉及其未婚妻香取茜會合後，一起向大賀家族的成員打招呼。然而，根據園子的說法，家族中沒有任何人樂見真哉與茜的婚事。

英文老師茱蒂決定辭去教職，小蘭和園子打算為她舉辦歡送派對，在前往茱蒂家之前順道去了一趟便利商店。結果，她們發現國中時期的朋友絢，在那裡打工卻被店長當成小偷。為了替絢洗刷冤屈，小蘭她們詢問絢是否有可疑的客人，結果發現有三名可疑的客人。

小蘭一行人為了舉辦茱蒂老師的歡送派對而順道去了便利商店，卻發現她們的朋友絢被店長當作小偷。為了替絢洗刷冤屈，小蘭導出了一個推理，但對自己的推理沒有自信。就在這時，新一（柯南）偶然打電話到小蘭的手機。聽了新一的話後，小蘭靈機一動…。

某天，小五郎收到了一封暗示著殺人預告的「反季節的萬聖節派對」邀請函。小五郎將其視為對自己的挑戰書，立刻只帶著園子兩人前往會場。另一方面，新一家也收到了同樣的邀請函。而且，寄件人似乎已經察覺到新一和柯南是同一個人。

在雨中放學回家的步美，撞上了一名穿著雨衣的男子。那名男子慌張地撿起某樣東西後便逃之夭夭。沒想到，那名男子竟是刺傷女性後正在逃亡的隨機殺人魔。雖然步美沒能看清他的臉，但手上卻留下了疑似是隨機殺人魔所有物、一個類似數字「5」的印記。然後，元太的屁股上也有同樣的印記…。

很快地，那個類似「5」的印記被證實是汽車的廠牌標誌。隨機殺人魔在步美面前掉落的，是一把沾了血的車鑰匙。在警方的安排下，三名沒有不在場證明且遺失了備用鑰匙的車主，被聚集到米花警察署。步美從車內透過隔熱紙看著嫌疑犯們，但卻無法確認誰是那個隨機殺人魔…。

柯南和少年偵探團在小五郎和小蘭的帶領下，來到一個名為鬼澤鄉的小村莊觀光。這裡流傳著大約半年前開始有人看到小孩幽靈的謠言。柯南在元太等人的邀請下，為了確認幽靈的真偽而出門散步。就在那時，步美發現附近的小巷裡站著一位年紀相仿的少女，便跟了上去。

來到鬼澤鄉村落的柯南一行人，當天晚上便遭遇了殺人事件。一名流氓風格的男子川治，作為重要關係人被警方帶走。但是，柯南無論如何都不認為川治是犯人。於是，在聽說永倉家在10天前連同房子一起搬遷後，柯南從永倉家原本所在的廢墟中，找到某樣東西…。

柯南和小五郎為了吃頓晚來的早餐而來到波羅咖啡廳。在那裡，女服務生梓拜託他們幫忙尋找客人遺忘的手機的主人。這時，警視廳交通課的女警由美出現，並揭露手機的主人已經在一場交通事故中身亡。而且，該名男子的身份不明，唯一的線索只剩下留有暗號的手機…。

小五郎受託在白羅咖啡廳尋找手機失主。柯南解開了手機記憶卡中的數字暗號，並推斷弄丟手機的男子，可能是故意留下手機，想將其交給打電話來的另一個人。然而，該男子似乎搞錯了地點。他誤以為是白羅咖啡廳的店家究竟是…。

在園子的邀請下，柯南和少年偵探團參加了鱸魚釣魚大賽，並認識了冠軍候補的鮎川沙織與鱒渕拓也。當天晚上，柯南偶然撞見自由撰稿人船木敏彥和鱒渕大聲爭吵，便匆忙離開現場。然而，隔天湖上卻發生了殺人事件，船木被人殺害了。

警方針對昨晚與船木發生爭執的鱒渕進行訊問。另一方面，前來調查船木屍體所在地的柯南，看到光彥在湖上撿到的某樣東西後，便識破了犯人及犯案手法。在鱸魚釣魚大賽中，鱒渕獲得冠軍，沙織則是亞軍。當兩人伴隨著掌聲走上頒獎台時，柯南讓園子睡著，開始了他的推理秀。

受到人氣童星絹川和輝的委託，希望尋找拋棄自己的母親，柯南、小蘭、小五郎為此造訪了熱海的旅館。不久後，自由撰稿人鴨下保比呂的絞殺屍體在客房的浴缸裡被發現。不知為何，鴨下竟然知道和輝正在尋找母親的事。而且，鴨下的手機裡還留有一張看似是犯人的無臉女性照片。

被認為是犯人的女性照片中，右胸口上有一顆痣。沒有不在場證明的員工是女服務員三枝朝香、別所登志子、草野美津這三人。但是，這三人的胸口都沒有痣。柯南放入旅館房間裡和輝演出的電影錄影帶，從時間計數器解開了殺人手法，但關於痣的謎團仍然無法解開。

鈴木財閥的顧問鈴木次郎吉對怪盜基德下了挑戰書。他利用報紙頭版刊登了「敬告怪盜基德：您所渴望的巨大寶石『大海的奇蹟』已設置於潮留鄙人大博物館的屋頂上。若想納為己有，敬請前來拿取」的頭條。沒想到，竟然收到了怪盜基德用電子郵件寄來的回覆。

小蘭和柯南在商店街購物時，偶然遇到了下班途中的西村佐知子。她就是之前撿到小蘭學生手冊並送還給她的那位女性。然而隔天，小蘭在佐知子的公寓前遭遇了案件現場。就在受害者的遺體即將被抬上警車時，被單被掀開的一瞬間，底下露出的竟是佐知子的臉。

佐藤警官和高木警官在熱帶海洋樂園約會。高木警官將戒指藏在包包裡，準備向佐藤警官告白。就在此時，兩人偶然遇到了柯南與少年偵探團。約會泡湯了，垂頭喪氣的高木警官鼓起勇氣將裝有戒指的包包交給了她。然而，包包裡裝的卻是…。

海洋樂園的約會一變而成追查毒品交易的搜查行動。時間已經過了五點半，柯南他們終於發現了運毒人。佐藤警官讓高木警官負責照顧柯南他們，自己則接近毒品走私販矢倉麻吉準備將他逮捕。就在此時，矢倉迅速拔出槍，將槍口對準了佐藤警官。接著，一聲槍響劃破天際…。

在元太的邀請下，說有東西要給他們看，柯南、步美、光彥一起拜訪了寵物店。然而，店家的鐵門卻是關著的。這時，一位名叫二宮的年輕男子出現，拉開鐵門走了進去。跟著進去的柯南等人面前，爬出了一隻獨角仙。在那個房間裡，柯南他們發現了一名男子的屍體。

受小蘭所託，柯南一行人正在調查帝丹高中的幽靈騷動事件時，兩年前已故的保坂英彰的書桌突然出現在中庭。而且，書桌上還放著一張充滿恨意的紙條，泥濘的地面上也沒有搬運書桌的人留下的腳印。這時，正在偷聽的美術社成員物部雅生突然大喊「這是保坂的詛咒！」並嚇得渾身發抖…。

由於從出口到校門的校園裡沒有任何人的腳印，因此推斷引發幽靈騷動的犯人還在學校裡。終於鎖定犯人的柯南，用麻醉槍讓園子睡著後，揭穿了犯人使用的詭計。

在市立住宅區內發現了一名老婦的屍體。她死時的姿勢是一隻手伸進貼有「已聯絡市公所」紙條的大型冰箱底下。旁邊有一個破碎的花盆，上空有許多烏鴉詭異地盤旋飛舞。警方判斷是放在家裡窗戶上的花盆，因為烏鴉的惡作劇而掉落下來，但是…。

小五郎接受委託正在跟蹤的人見松一郎，在試圖襲擊一位名叫南里薰的女性時，於逃跑途中從米花鎮的飯店墜樓身亡。同一時間，松一郎的雙胞胎弟弟竹彥，也被發現陳屍在自家的公寓裡。警方判斷竹彥是遭到以竊盜為目的的犯人所殺害，但柯南卻覺得這過於巧合的事件中似乎有人為操作的跡象…。

小五郎接受委託跟蹤的人見松一郎，從米花鎮的飯店墜樓身亡。同一時間，松一郎的雙胞胎弟弟竹彥，也在自家中遭人殺害。柯南對這過於巧合的事件感到不對勁。另一方面，柯南在得知案件還牽涉到另一位名叫「谷崎」的男子後，開始回顧至今為止的案情發展，並終於察覺了真相。

來到防波堤釣魚的柯南與少年偵探團，在釣魚船上認識了白根桐子、金谷峯人、江尻太志三人。抵達防波堤後，駕駛船隻的井田巖說了聲「三小時後會來接你們」便先行返回。到了午後，當釣魚船回來接人時，江尻的釣竿突然有了動靜，整個人被拖進海裡。井田慌忙地跑到江尻身邊時…。

來到防波堤釣魚的柯南與少年偵探團，在那裡認識了三名釣客。但是，其中一人江尻突然倒下，被送往醫院。不久後，柯南接到了在醫院的阿笠博士的電話。聽說江尻的左手腕上有類似抓痕的傷口，且衣服袖口上還沾有像膠水一樣的東西後，柯南便察覺了犯人的手法…。

柯南與小蘭被園子帶著來到了「糖果屋博覽會」。他們的目標是擁有前田剛、藤野泰男、森本友美等「甜點鐵人三人組」的西點店『Éclair』。柯南偶然聽見森本和店長橋垣幸子正在爭吵。到了下午場時，店長橋垣的屍體在廚房被發現，其頭部遭到重擊。

在商店街的抽獎會場，有位男性抽中了三獎的數位相機。他是米花中央醫院的醫生，大和田誠。然而，之後卻發現大和田中獎是作弊得來的。不久後，關於大和田家的院子裡挖出古金幣、或是撿到一億日圓的謠言開始在鎮上傳開。柯南一行人終於發現了散布謠言的女性，但是…。

人氣遊戲軟體『加多林２』即將發售。發行商 Shining 公司的社長道場，為了進行最終確認，將『加多林２』的光碟放入遊戲機中，結果畫面上顯示的卻是前天社長室的影像。沒想到，『加多林』的劇本，竟然是抄襲自一位名叫小林的男子在學生時代所寫的作品。

小五郎受邀與職業棒球隊「捷豹隊」的守護神能勢利三，以及體育藝人本山正治進行對談，便帶著柯南和小蘭一同前往沖繩。不久後，本山搭乘的飛機抵達，柯南一行人乘車移動。這時，他們發現前方的路上倒著一個人影。柯南跑向前將人影抱起，沒想到竟然是能勢選手。

因電視節目企劃來到沖繩的職業棒球選手能勢利三遭人刺殺。柯南懷疑同車的體育藝人本山，但他卻有完美的不在場證明。然而，本山不知為何試圖從小蘭的包包裡偷走網球罐。另一方面，柯南從小蘭持有的時刻表中，終於解開了本山的不在場證明詭計。

柯南等少年偵探團成員，在廢棄房屋的庭院裡發現了三個可疑人影。他們是為了生物雜誌的「毒蜘蛛」特輯而進行拍攝。不久後，為了與接下來要採訪的大學教授新野豐見面，蜘蛛狂熱者浦崎打電話過去，電話那頭卻傳來新野的慘叫聲。據說他被黑寡婦蜘蛛給咬了。

為了進行天體觀測，柯南等少年偵探團成員來到深山的民宿，在那裡遇見了聲稱收到一年前失蹤的河埜麻雄邀請函的野之宮悅子、御上平八和二川肇。不久後，前往附近山丘觀星的柯南一行人發現了一具白骨化的屍體。柯南從屍體周圍撒有石灰這點，斷定這是一起殺人事件。

為了進行天體觀測來到深山民宿的柯南一行人，在那裡發現了一年前失蹤的河埜麻雄已化為白骨的屍體。附近留有作為死亡訊息的 6 根香菸。之後，收到了河埜的邀請函而來到民宿的二川，其屍體也被發現。而且，他手上還握著 7 根香菸…。

柯南、小蘭與少年偵探團跟著阿笠博士一起去露營。然而，一名用太陽眼鏡遮住臉的男子侵入小蘭睡覺的帳篷，並將她擄走。此時，在附近的山路上發現一輛從懸崖墜落的事故車輛，證實是綁架小蘭的犯人。但是，車內卻不見小蘭的蹤影。而且，男子持有的手機裡…。

柯南等少年偵探團成員來到倉敷、吉備路，進行一趟兼具歷史學習的週末旅行。當他們沿著倉敷川觀光時，發現了一個桃子形狀的盒子。裡面裝著一張寫有暗號的紙。元太、光彥、步美等人興奮地認為或許能找到鬼島的寶藏…。不理會感到傻眼的柯南，元太一行人開始了尋寶。

柯南等少年偵探團成員在尋找暗號所示地點的過程中，發現了一具女性他殺屍體。根據地面上留下的死亡訊息，柯南推斷犯人就在與被害者同行的四人之中。但是，為了確定犯人是誰，必須解開剩下的兩個暗號，並挖出被埋起來的時光膠囊…。

柯南、小蘭、小五郎來到白雪皚皚的琴屋旅館靜養。正巧遇見戀愛小說家明智惠理正在進行採訪會議。採訪對象是創作歌手深津春美、時尚模特兒柴崎明日香、新銳油畫家安西繪麻等三人。然而當晚，柯南一行人發現了胸口被一刀刺穿的明日香與繪麻的他殺屍體…。

在柯南一行人前來靜養的琴屋旅館，模特兒柴崎明日香與油畫家安西繪麻相繼遇害。而且案發現場與村裡流傳的振袖般若傳說如出一轍。兩起殺人案都是在密室中進行，但警方卻無法解開謎團。就在此時，不經意看到電視上播放著雪橇大賽畫面的柯南，靈光一閃，想到了一個推理。

柯南前往偵探事務所，服部平次與和葉正在那裡等著。兩人為了要邀請柯南等人去「甲子園」還是「寶塚」而爭執不下。於是決定以小五郎受委託的殺人事件推理決勝負。被害者是辻谷玩具製作所的社長辻谷賢仁，現場留下了疑似死亡訊息的積木。

服部平次與和葉為了小五郎受委託的殺人事件展開推理對決。柯南和服部平次各自表示，對被殺害的辻谷玩具製作所社長辻谷賢仁的房間感到異樣，但原因仍不明朗。另一方面，和葉以服部平次的提示為基礎，終於解開了死亡訊息之謎。

服部平次和柯南等人來到甲子園觀看高中棒球決賽。比賽開始後，腳下傳來手機鈴聲。接起電話，一個男人的聲音低語著是否要玩一個有趣的遊戲。男子說：「在第三局、第六局、第九局結束時，我會讓放在這個球場某處的電話響起。」如果那時沒有接電話，他就會拉某人陪葬而死。

某天晚上，喝醉的小五郎在回事務所的途中，數根鐵管從他頭上掉下來。小五郎偶然躲過了直擊，但回到事務所後，手機卻收到「下次不會失手了，這次一定要殺了你…」的郵件。小五郎完全沒有頭緒。此時，小蘭注意到小五郎的手機和外套與平常不同。

小五郎帶著柯南和小蘭，為了聽取音樂世家當家調一朗的孫女設樂蓮希的委託而拜訪設樂家的宅邸。這天是調一朗的生日，然而，在這個生日，已經連續兩年有人死亡。似乎與弟弟彈二朗在30年前送給哥哥調一朗的小提琴有關。而今年，蓮希將演奏這把小提琴。

應音樂世家當家調一朗的孫女設樂蓮希的委託，一行人拜訪的宅邸別館發生火災，調一朗的弟弟（三男）兼指揮家弦三朗被燒死。柯南發現，將30年前被殺害的彈二朗（次男）、連續兩年去世的弦三朗之妻詠美、調一朗的兒子降人的名字首字母按順序讀下去，竟然是按照英文字母的順序排列。

設樂家發生的一連串死亡事件。雖然看似意外，但柯南推理這是一起巧妙設計的殺人事件。而且是從兩年前去世的詠美和去年去世的降人開始的連續殺人事件…。柯南一如往常地向小五郎發射麻醉針，讓相關人員聚集起來。柯南試圖讓小五郎演奏史特拉第瓦里小提琴。

柯南和小蘭跟隨小五郎來到鹿兒島，拜訪了釀造夢幻燒酒「高隈」的高隈酒造。迎接他們的是當家白石覺志和妻子扶美子。隔天，在扶美子的帶領下觀光鹿兒島的柯南等人拜訪了專務辰村慎介的家。然而，家中血跡斑斑，一個同樣沾滿鮮血的青銅像倒在地上…。

柯南等人拜訪了高隈酒造。隔天，拜訪專務辰村慎介的家時，在客廳發現了沾有血跡的擺飾。兩天後，辰村的屍體被發現是他殺。柯南推理，兇手為何在殺害辰村後，還要特地將屍體從家中運出？以及為何要讓屍體在兩天後才被發現？他對這兩個謎團展開推理。

目暮警官接到松本管理官的請求，希望能派遣某人參與鳥取縣警的聯合搜查，調查全國各地肆虐的竊盜集團。於是松本管理官推薦了高木。高木刑警聽到後，不禁茫然失措，因為他不想和佐藤刑警分開。不久，接到通報稱在高層公寓的23樓發現一名男子被刺殺的屍體。

在高層公寓的23樓，公司職員仲本廣俊被刺殺。柯南等人目擊到的可疑男子，被證實是被害者的同事加藤彰。然而，加藤正借住在千葉刑警的公寓，並聲稱案發時正和千葉一起看電視。但是，柯南在看過臥室、廚房以及玄關的掛鐘後，確信犯人就是加藤。

柯南在一家小工廠遇到了正在辦案的高木刑警。看來是發生了殺人案，被害者是這家工廠的社長北村勝五郎。被視為嫌疑犯的人物已經被逮捕。然而，有一個問題。刺在北村胸口的刀子角度是斜向下的。這對於比北村高了20公分的嫌疑犯南田來說，是不可能的犯行。

金屬加工公司的經營者堂本正三郎被綁架了。他患有腎臟疾病，必須每6小時服藥一次，否則會有生命危險。而且，他們得知犯人已在一場意外中身亡。正三郎最後一次服藥是在早上9點。雖然他的狀況不會立即惡化，但如果間隔超過8小時，情況將會非常絕望。距離時限只剩下1小時30分鐘。

柯南和少年偵探團、灰原哀、阿笠博士一起去露營。正當柯南和阿笠博士在帳篷旁分析黑暗組織首領的電子郵件地址時，撿拾木柴的步美等人出現了，說他們在森林邊上發現了一個刻有文字的方形石箱。大家立刻前往發現石箱的地點，只見那裡矗立著一座腐朽的宅邸。

在阿笠博士報警回來之前，柯南一行人決定在機關宅邸裡尋寶。柯南試圖解讀燈籠上的暗號，但元太等不及闖入宅邸，結果觸發了陷阱。這時有人救了元太，他就是寶藏獵人須藤雲造。柯南等人雖然心存戒備，但還是決定與熟悉機關的須藤一同行動。

柯南一行人與須藤雲造、推沙利奈、千住理惠，取得了刻有文字的勾玉和石鏡。他們推斷，只要找到三神器中的最後一件——草薙劍，就能知道寶藏的地點，並試圖從地底下逃脫。就在這時，灰原哀發現被絞殺後沉入沼澤的玉井照尚的手冊已經乾了，可以閱讀了。閱讀手冊後發現，玉井是被他的夥伴所殺。

柯南和小五郎在散步時，撞見了警察木下、和菓子店「夕月」的相川悅子以及法醫辻村三人爭執的場面，便決定向三人詢問情況。據他們所說，兩小時前的上午9點，悅子目擊一名可疑男子從公寓105號房出來。接獲報案的木下等人進入房間後，發現了一具女性屍體。起初認為該女子是自殺，但是…。

小五郎接到了一個附帶「攜家帶眷」條件的工作委託，便與柯南和小蘭一同前往委託人的家。委託人狩谷伴子委託他們尋找她的手機。之後，伴子說手機已經找到了，調查就此結束…。在回家的路上，柯南順道去了阿笠博士家，卻在新聞上看到狩谷伴子的屍體被發現的消息。

小五郎的委託人狩谷伴子遭到殺害，柯南和目暮警部等人向狩谷家的人問話，並推斷犯人就是解開伴子手機密碼鎖的人。他們認為，能夠嘗試一萬種密碼組合的，只有關在房裡的大策、滋英和嗣貴。目暮等人判斷每個人都有動機，於是再次確認他們三人在犯案時間，即晚上7點半的不在場證明。

最近，小蘭開始懷疑柯南的真實身分就是新一。為了得到確鑿的證據，小蘭試圖解開柯南掉落的手機密碼鎖，她照順序輸入一萬種可能的密碼組合，但中途放棄了。之後，外面傳來汽車喇叭聲，小蘭前去查看。看到車牌號碼「46-49」（日文諧音「請多指教」），小蘭想起了半年前的某件事…。

柯南一行人在放學途中，看到高木警官走進一間寶石店，卻在那裡遇到了搶匪。一名男子拿著裝有寶石的袋子逃亡。然而，被高木警官等人追到大樓屋頂的男子，翻過柵欄後，掉落到一輛卡車的車頂上。柯南對於男子自己跳樓、明明戴著安全帽頭部卻大量出血等無法理解的疑點感到懷疑。

佐藤警官等人認為後村是跳樓自殺，準備返回警局。高木則開始懷疑貓田就是寶石搶匪，因為他事先就知道自己是警官以及有小孩涉入案件。貓田雖然動搖，但反駁說如果自己是犯人，那麼在跳樓後又是如何消失的。柯南利用繩索，揭穿了犯人在跳樓後消失的詭計…。

隔壁班的松中百合子前來委託少年偵探團。一問之下，才知道她的曾祖父，一位被稱為「狂牛」、令人敬畏的股市操盤手伊勢川剛三，在過世前將遺言留在了秘書的懷錶裡，內容是會將寶藏送給解開謎題的人。解謎的時限為24小時，挑戰者按照繼承權的順序進行，現在終於輪到身為第17位挑戰者的百合子了。

少年偵探團與灰原為了找到百合子的曾祖父伊勢川剛三留下的財寶而前往「天使之館」。一行人以從身兼遺囑執行人的秘書懷錶中所聽到的剛三的話為線索進行解謎。接著，柯南在北邊的天使之塔發現了黑水晶，並推斷下一個線索就在南邊的天使之塔。然而，一行人卻苦惱著該如何打開南邊天使之塔的大門…。

早上5點，正在慢跑的廣松廣發現一名頭部流血、倒在地上的男性，於是撥打了119。但因為救護車遲遲未到，廣松便跑去消防局帶路。不久後，當櫻田警部補正在現場尋找失蹤的第一發現者時，廣松正好搭著救護車出現。櫻田對於廣松在被害人已經當場死亡的狀況下還叫救護車的行為感到懷疑…。

柯南和小蘭、平次、和葉一起去觀賞「星河童吾超級魔術秀」。表演結束後，魔術師範田力與姬宮展子來到後台休息室。星河、範田、姬宮三人都是10年前銷聲匿跡的神秘魔術師Mr.正影的弟子，姬宮提議要明確分出誰才是正統的繼承人。於是，在範田的邀請下，柯南一行人也一同前往Mr.正影的家。

星河、小蘭與和葉在二樓的走廊發現了姬宮的屍體。星河從Mr.正影的房間打電話報警，柯南則注意到那個房間的窗戶是開著的。此外，屍體旁的資料倉庫被人翻得亂七八糟，據說那裡面放有Mr.正影的魔術點子簿「正影筆記本」。平次推斷，犯人是在偷走筆記本後，因被姬宮撞見而殺人滅口。

柯南與平次看著一張範田、星河、姬宮年輕時的合照，察覺到了某件事。之後，小蘭與和葉想起停電前後花瓶影子的位置有所不同。目暮警官指示千葉警官進行偵訊調查。就在此時，柯南與平次看到映在窗戶玻璃上的自己的臉而恍然大悟，並凝視著窗戶好一會兒。

柯南與少年偵探團將參與由伊東玉之助擔任團長的巡迴劇團公演。排練時，飾演輝夜姬的片岡蓮華的父親片岡半四郎突然出現，強行將蓮華帶回家。公演第一天，大家前往片岡宅邸要去接蓮華，沒想到目暮警官與小五郎等人卻在那裡待命。原來，從昨晚開始就一直連絡不上蓮華了。

柯南雖然察覺到蓮華的綁架案是自導自演，但在原定的監禁地點卻找不到她，蓮華真的被綁架了。柯南與玉之助等人必須在舞台劇進入最高潮前找到主角蓮華。玉之助推測，協助蓮華自導自演的人變成了真正的綁匪，柯南也同意這個看法。此時，柯南望向窗外，進而發現了某個線索…。

柯南、少年偵探團、灰原和阿笠博士一起到森林裡採集昆蟲。阿笠博士說他準備了寶藏，並拿出了一張寫著「マルムシニテント」暗號的紙。正當柯南埋首思考如何解開暗號時，接到了小蘭打來的求救電話。小蘭說，住在同一間飯店、一位名叫見山的男子遭到殺害，而自己也受到了襲擊。

柯南從步美的言語中得到提示，解開了阿笠博士的暗號。之後，元太等人也終於靠自己的力量找到了暗號的答案，並立刻前往藏有寶藏的神社鳥居。阿笠博士回想起設計暗號時的情境。聽了阿笠博士的話，柯南察覺到留在見山住宿房間裡的暗號的真正含意，並打電話給小蘭，但是…。

小五郎受邀將自己的親身經歷告訴電視劇《糊塗名偵探》的三位編劇，於是與柯南一起前往日賣電視台。沒想到，編劇之一的八神讓二在那裡遭到毒殺。由於泡咖啡的新人編劇香田杜夫憎恨八神，警方因此將香田列為嫌疑人。柯南試圖解開香田讓八神選中有毒咖啡的手法，但是…。

柯南、少年偵探團和灰原決定要去C班的紺野由香家看鸚鵡。但是，本應沒人的家中，卻走出了由香母親的朋友坂口慎也。由香說，鸚鵡不僅變小了，而且還一句話都不說。聽說坂口在研究藥品，步美、元太、光彥三人為了查明真相而前往研究所，但是…。

小五郎受到國友家管家赤塚賢造的委託，希望能解除惡靈的詛咒，於是與柯南、小蘭一同前往宅邸。據說在收到神秘卡片後，發生了好幾次奇異事件，而且全部都發生在4號。晚上，柯南等人討論著至今發生的五起事件，並發現案發的4號全都是「佛滅日」。更巧的是，明天的10月4日也是佛滅日。

眾人發現，13年前國友淳大的船隻沉沒的海難事故中，在宅邸工作的所有人都失去了家人。害怕兇手的淳大把自己關在房裡，說在4號結束前誰也不見。但緊接著，就傳來淳大痛苦的呻吟聲。房間裡，只見淳大伸出左手，已經斷了氣。他的腳邊留有藥瓶和踩碎藥丸的痕跡。

眾人發現13年前的9月26日，關口任職公司的社長失蹤了。據說關口以此為契機，接替了社長的位子。而更令人驚訝的是，三天後的29日，就是淳大的船沉沒的日子。搜查告一段落後，小蘭告訴柯南她買了情侶睡衣。小蘭的話讓柯南表情一亮，鎖定了犯人。

柯南等人去看步美發現的一棟可愛的新建房屋。兩天後，他們聽說房子賣出去了，再次前往時，一位老奶奶邀請他們進屋。晚上，有個神秘人物用望遠鏡頭拍攝柯南和小五郎、小蘭在偵探事務所三樓吃晚餐的樣子。那個人就是住在閣樓之家的老奶奶和老爺爺…。

小五郎、柯南、小蘭在參拜出雲大社時，認識了旅館老闆的女兒江角榮子。榮子坦白說自己有個親事，對方是一位名叫鰐淵耕司的男性，雖然不喜歡他，但有無法拒絕的理由。隔天，小五郎等人跟著警車追去，發現八雲瀑布旁躺著一具背後被插入短刀的男性屍體。被害者正是鰐淵。

警方列出了殺害鰐淵的四名嫌疑人：石飛一也、藤江竹彥、江角榮子和福間良介。範圍縮小到石飛和藤江兩人。柯南詢問榮子是否見過石飛或藤江，榮子想起幾天前藤江曾來過旅館。但是，藤江有在松江城的不在場證明。接著，柯南看了訪客登記簿後，發現了某件事…。

柯南等少年偵探團在阿笠博士家發現了一張小孩子寫的明信片。那是阿笠博士在40年前從一個女孩那裡收到的信。明信片上寫著10年後的11月24日要在回憶之地見面，如果沒見到面，之後每隔10年都會在那個地方等著。而今天，竟然正好就是40年後約定的日子。

為了尋找阿笠博士的初戀情人，大家開始挑戰明信片上的暗號。正當眾人幾乎要放棄他們重逢的希望時，阿笠博士想起了40年前的一件事。柯南問他那位女孩是否養過動物。阿笠博士解釋說自己小時候養過狗，但被咬過之後就再也沒養過任何東西了。聽到這些話後，柯南成功解開了暗號，並確定了回憶之地的位置。

柯南等人聽說有警車聚集，便趕往現場。案發時經過現場的一位計程車司機，因為注意力被一位在疑似犯人的男子面前跌倒的少年分散，所以沒記住犯人的長相。據說那位少年戴著一頂白色棒球帽。步美等人告知了隔壁班三井圭一的情報，但圭一卻全盤否認，堅稱自己沒看見犯人。

小五郎帶著柯南去服裝出租店時，恰巧遇到模特兒中村洋子等人變裝走出來。就在此時，洋子收到了派對主辦人、編輯梅田香傳來的郵件。然而，梅田的房間裡卻發生了案件。之後，持有梅田寶石的白川被警方控制。但是，白川否認行兇。而柯南則注意到了廚房裡一處不合常理的地方…。

小五郎等人經人介紹認識了主播水無怜奈。怜奈向小五郎求助，說自己正為被人惡作劇按門鈴後逃跑所困擾。一行人前往怜奈的公寓住處。柯南為了錄下門鈴聲，在玄關安裝了竊聽器。在柯南前去回收竊聽器的路上，卻從集音器聽到了黑暗組織首領使用的手機按鍵音，也就是「七隻烏鴉」的旋律。

放學後，小蘭和園子遇到了正要回家的柯南。之後，柯南一行人答應為遠野百合子的煩惱提供諮詢。據說她不在家的時候，家裡有被人侵入過的跡象。百合子也坦承自己高中時曾收到過情書。看了畢業紀念冊後，小蘭和園子驚訝地發現送情書的人，竟然就是她們在體育館入口處目擊到的那個男人。

聽說光彥小時候的玩伴，四年級的雨宮祥子人間蒸發了。小林老師告訴他們，祥子原本就預定請假，而且從前天起班級換了一位名叫平山的新導師。知道備用鑰匙藏在哪裡的光彥，便與柯南等人一起進入祥子家，但家中空無一人。就在這時，玄關的門鈴響了，來者竟然是平山老師。

光彥認識的四年級學生雨宮祥子在上學途中失蹤了。柯南聲稱已經知道祥子的下落，並請宮本由美帶他們前往一間舊倉庫。然而，祥子卻不在那裡。柯南等人在路邊電線桿附近，發現了散落的汽車方向燈碎片。接著，他們又發現從電線桿一路延伸至倉庫的地面上，有著點點血跡…。

三角篤委託小五郎，希望他能幫忙尋找失蹤的戀人安美。柯南等人前往兩人相遇的地點。一行人發現了被白雪覆蓋的三角的車，而安美就在駕駛座上。然而，車窗被膠帶封死，副駕駛座下方還放著一個炭爐。三角連忙打開車門救出安美，但她早已氣絕身亡…。

三角的戀人安美，在密閉的車內因一氧化碳中毒而死。山村警官認為安美的死是自殺。車內的包包裡，有車用的點菸器和一本當天發售的小說。據說，安美為了不讓三角抽菸，時常會把點菸器藏起來。聽到「香菸」這個關鍵字後，柯南靈光一閃，立刻去查看三角車上的菸灰缸。

小五郎、柯南、小蘭去餐廳時，偶然遇到了千葉刑警和高木刑警。千葉和高木似乎要去參加聯誼，並與主辦人江本將史會合。之後，參加聯誼的江本的姊姊彩，因為擔心在家裡等待的5歲表弟浩太，而說要先回家。彩會這麼擔心是有原因的。柯nan一行人急忙趕往彩和將史的住處，但是…。

浩太遭到綁架，犯人要求100萬日圓。柯南推斷犯人是缺席聯誼的六田卓兒、引屋門成、佐塚良兼其中一人。警方作為綁架案展開調查。之後，浩太回來了。將史因為浩太平安歸來，想將這次的綁架案當作惡作劇了事。高木注意到回家後的浩太襪子是濕的…。

為了得到簽名，小五郎和柯南拜訪小說家梅津修的公寓，正巧遇到修的兒子隆前來要錢而發生爭執。在回家的路上，秘書三上透從另一頭快步走來，說因為擔心隆要返回公寓。於是，小五郎等人用管理員的備用鑰匙進入房間後，發現仰躺著的隆，手上拿著上下顛倒的笏板，已經死亡…。

柯南和小蘭聽說米花公園蓋了寵物狗活動區便前去查看。在那裡，他們和武藏的飼主堤英輔、美里夫妻，以及Cool的飼主八木澤浩、愛美夫妻成為了朋友。柯南等人回家後，中谷賴子正向小五郎求助，說鄰居家的狗很可怕。幾天後，堤和美里回到家時，從庭院傳來武藏瘋狂的吠叫聲和賴子的尖叫聲。

小林老師收到自由撰稿人杉森政人想要採訪少年偵探團的請求，卻誤將柯南等人帶到了杉森的公寓。元太擅自打開門後，發現杉森已在房內被殺害。對於正在推理犯人的目暮警官等人，柯南表示有四名嫌疑人。電話答錄機裡留下了四則留言。

柯南等人為了接受採訪而拜訪杉森政人的住處，卻在他的房間裡發現了其遺體。目暮警官等人確認了答錄機裡錄下的四則留言。接著，高木聯絡了留下訊息的三個人。高木等人雖然認為那三人都有不在場證明，但為了保險起見，還是決定叫來三人問話。但是，柯南卻認為只有兩個人有不在場證明。

柯南、小蘭和園子在打掃工藤家的書庫時，園子注意到一張有優作、有希子、新一、小蘭以及上戶彩的照片。之後，一位年輕女性來到工藤家。那位戴著太陽眼鏡、頭戴帽子的女性，竟然就是上戶彩本人。彩為了追尋一位名叫幸田文江的老婆婆而來到米花鎮。那時，她想起了新一的事情，所以前來拜訪。

小五郎、柯南、小蘭在「波羅」咖啡廳裡，聽店內的女服務生榎本梓訴說煩惱。梓的煩惱是來自一位名叫長部滿的五歲男孩的電子郵件。柯南推斷小滿出門釣魚去了。他的父親離開了現場，導致小滿長時間在車裡等待。這時，又收到了小滿寄來的新郵件。柯南看到那封郵件後，察覺到了什麼…。

一個巨大的水泥塊掉落在笹本安太郎面前。看到碎裂水泥塊上寫的字後，笹本與神尾俊之會合，一同前往小五郎的偵探事務所。兩人向小五郎求助，說自己差點被殺，並說明犯人是大學時代懸疑推理研究會的夥伴日影呈一。據說半個月前，神尾收到了來自日影的殺人預告小說，內容是要將過去的夥伴們一個個殺害。

柯南和少年偵探團前去參觀「假面超人」的外景拍攝。特技演員力石健吾和導演深町真二開始發生口角。突然，力石坐上車子並猛然發動。接著，車子墜落。被壓扁的車內，當場死亡的力石還在駕駛座上。透過監視器畫面確認影像的柯南注意到了某件事，並告知眾人這不是意外，而是殺人事件。

小五郎、柯南在鈴木由美與新田秀子的帶領下，來到某棟公寓的一個房間。裡面山本信男已經氣絕身亡。兩人目擊到中西三郎從山本的房間走出來。目暮警部確認了屍體旁的遺書。小五郎懷疑是中西偽裝成自殺的犯行。之後，柯南等人前往由美的房間。在那裡柯南產生了微小的疑問…。

發生了從施工現場掉落鋼筋的意外。正下方的男子瞬間躲開了鋼筋，但頭撞到地面而昏倒。在附近的柯南等少年偵探團安排了救護車。高木刑警調查其身分時，從男子的包包裡發現了繩索、工作手套和遺書。該男子是真中大二郎。之後，決定向真中詢問情況，但是真中卻失去了記憶。

柯南、少年偵探團們前來拾貝。牛込嗣夫一臉悶悶不樂，將右手食指放進嘴裡思考著事情。元太等人向牛込搭話。這時，社團夥伴三瀨隆、八島光枝、久津梢子來到牛込身邊。突然，八島提議回去。元太等人追在4人身後，卻發現牛込死在車子的座位上…。

牛込的死因是氰化鉀中毒身亡。參悟的弟弟、神奈川縣警的橫溝警部斷定是自殺。但是，柯南對搜查結果抱持疑問。3人當中的其中1人說的一句話讓他耿耿於懷。柯南前往4人待過的沙灘，步美用耙子發現了綠茶的瓶蓋。看到那個之後，柯南察覺到是誰殺了牛込…。

柯南和小蘭正在照顧妃英理一隻叫做五郎的貓。小蘭拜託小五郎照顧五郎後，一位名叫桐下的男性來到事務所。桐下的委託是解讀女兒不小心寄到他手機的郵件。但是，小五郎遲遲無法解開暗號。之後，小五郎從五郎的惡作劇中得到提示，逐漸解讀出郵件的內容，但是…。

柯南與小蘭、園子、本堂瑛祐爬上山路前往園子的別墅，但別墅前的吊橋已經崩塌了。他們決定到附近的別墅借電話叫人來接。柯南等人被帶去看一扇打不開的窗戶，窗戶上釘了無數根釘子。當柯南窺看後院的鳥巢箱時，瑛祐發出了驚訝的叫聲。他說有人從窗戶往外偷看。

樂團「Dorcus」的成員保波倫子在密室中身亡。山村刑警將其視為偽裝成自殺的密室殺人案展開搜查，並開始偵訊。柯南前往後院，爬上梯子頂端看著宅邸，但樹枝擋住了視線，只能看到二樓的窗戶。接著柯南調查了鳥巢箱，並察覺到殺害倫子的兇手是誰…。

小五郎要參加業餘才藝大會，和柯南、目暮警部一同前往會場。途中，上島長郎從防盜用品店走了出來。接著在定食屋「目黑」前，看到了大會的來賓，落語家滿樂亭市松的身影。大會閉幕後，目暮接到手機通知說市松被刺傷了。市松留下了「MEGURO NO」的死亡訊息…。

小五郎、柯南、小蘭在參加完於東都迎賓館舉行的婚禮後，在會場的走廊上巧遇了身穿新郎禮服的高木刑警。高木身後還站著身穿新娘禮服的女警由美。小蘭等人搞不清楚狀況。原來，有某對新郎新娘向警方通報，說自己的性命被強盜犯威脅，而高木和由美是代替真正那對新人的替身。

小五郎等人接到魔術師冬城幻陽的聯絡，前往米花音樂廳。冬城坦白說劇團成員中有人想殺了他。劇團成員有上原美佐、中川千明、石田一馬、庄司真吾、長谷川實5人。魔術表演開始，柯南等人在觀眾席上觀看。然後冬城挑戰「水中逃脫」。然而，頭部被放入水槽中的冬城卻…。

挑戰水中逃脫魔術的冬城幻陽，在水槽中倒立著一動也不動。小五郎、柯南與目暮警官等人一同確認案發當時的錄影帶。但影片中關鍵的部分卻沒有拍到。柯南獨自一人回到會場，回想案發當時的狀況。鎖定犯人的柯南再次確認影像，並找出了證據…。

小五郎、柯南、小蘭、園子為了觀賞伊東玉之助劇團的戲劇而前往金丸座。劇團上演的是名為「金比羅戲院的怪人」的時代劇。玉之助飾演怪人，女演員輕部露美則飾演女主角歌姬。排練重新開始後，露美頭上的大燈籠隨即落下。玉之助坦白，真實存在的怪人要求他更換女主角。

柯南等少年偵探團前往參加科幻電影「星際之刃VI」的試映會。開場前，一位名叫建井文吾的自由攝影師前來搭話。他透露昨晚，「星際之刃」的同好鴨川一直打電話煩他，要他交出試映會的門票。在那之後，被鴨川叫出去的建井放下背包前往會面地點，但是…。

小說家萬田年久為了寫稿，和他的貓「諾貝爾」一起被關在房間裡閉門不出。萬田溜出飯店，趕往弟子原本高平的家。原本交出了裝有稿件的磁碟片。萬田將稿件交給編輯島木後回到自己家時，聽到了玻璃碎裂的聲音。原來是柯南他們打的棒球飛進了原本的家中。

柯南等人發現原本高平在自家中遇害。灰原哀告訴目暮警官等人另一個房間有可疑之處，並移動到那個房間。房内，迷你車等收藏品都被上下顛倒放置。萬田對管家市村的話感到動搖，並轉移了話題。柯南察覺到誰是犯人，也解開了物品被顛倒的謎團。

小五郎和柯南搭上目暮警官的警車，一同前往殺人現場。公寓的一個房間裡，躺著小說家齊川村子的屍體。第一發現者是迷宮出版社的責任編輯遠野舜一和公寓管理員村田啟三。在尋找線索的過程中，柯南在水槽的瀝水籃裡發現了壽司薑片。遠野透露昨晚叫了壽司外送，但柯南卻感到有些不對勁。

柯南和小蘭應園子之邀，到森林裡去欣賞楓葉。這座森林是電視劇的外景地，一位自稱是助理導演的穗積先生出現了。聊了一會兒後，穗積拜託園子他們幫忙傳話。柯南等人照著他的話，在旅館的留言簿上寫下留言，然後吃了飯。當他們再次進入森林時，發現了胸口插著刀子，已經斷氣的穗積…。

在森林中發現了穗積的屍體，山村警官展開了調查。山村注意到穗積那本沾有血跡的記事本。此時，另一位刑警在森林中發現了一個無人的帳篷。柯南看了電視劇製作公司的名冊後察覺到了什麼，便回到了森林。他找到一棵樹，挖開樹根的土壤後，從中出現了一具白骨化的頭骨，柯南於是…。

少年偵探團聽同學千春說，公寓裡住著一位對垃圾分類要求極其嚴格、名叫岩田巖的人，於是決定去「參觀」他。元太擔心岩田會不會因此招致周遭的人怨恨。結果，三天後就發生了殺人事件。聽了岩田以前住的公寓管理員的話後，柯南推斷這並非偶發事件…。

班導師小林澄子拜託學生們午休時空出教室，因為她要和人見面。柯南等人推測小林老師正在策劃著什麼。回到教室後，發現黑板上貼了一張紙條。柯南判斷這是小林老師設計給學生的推理遊戲，正當他要向大家解釋暗號之謎時，卻被叫去了辦公室。留下來的元太等人試圖解開暗號，但是…。

少年偵探團為了寫讀書心得，在圖書室裡挑選書籍。步美選的書最後一頁被撕掉了。他們確認借書卡，決定去詢問最後一位借書人內藤司。柯南和步美前往司的家中。在那裡，柯南他們發現了司母親的遺照。遺照旁邊的相框裡放著司和母親的照片。柯南看著這張照片，解開了所有的謎團……

從柯南正在閱讀的漫畫雜誌中，提到了音樂家板垣祿的話題。這時，柱谷和他的兒子巧出現在事務所。巧作證說他目擊了板垣祿從橋上被推下，而推板垣祿的男人手臂上畫著釘子圖案。小五郎對巧的說法抱持懷疑。就在此時，傳來了板垣祿的遺體在堤無津川被發現的報導……

音樂家板垣祿的遺體從堤無津川被發現。推板垣祿入河的男人手臂上所畫的釘子圖案，原來是板垣祿獨立樂團時期的標誌刺青。柯南他們前往刺青店。巧看了店裡的標誌後，作證說這不是他所看到的圖案。於是，柯南推理出那個標誌已經被替換了。

來玩耍的本堂瑛祐報告說，他在網際網路上發現了一個有趣的事件。他說那個事件很像福爾摩斯小說《紅髮聯盟》。發現事件的地方是一個網頁的日記專欄。日記中寫到關於高額報酬的打工。《紅髮聯盟》與此相似之處在於報酬很高。然而，那個打工也有可疑之處……

在垃圾場附近發生了一起槍殺事件，目暮警部和高木刑警正在進行搜查。被害者是船本兼世。貴重金屬被盜，被判斷為搶劫殺人。然而，兒子透司卻聲稱母親是因為告訴了他交通事故的事情而被滅口。透司是水無怜奈事故的目擊者。但是，柯南為了不讓事故的事情曝光，轉移了話題。

柯南他們跟著阿笠博士來到了群馬的滑雪場。柯南享受著單板滑雪的樂趣，步美他們則專心堆著雪人。滑雪結束後，灰原哀和阿笠博士向柯南詢問有關黑衣組織與水無怜奈相關的一連串事件。柯南告訴他們，與目擊怜奈交通事故的透司重逢並非偶然，而是本堂瑛祐所為。

柯南他們在崖下的一個池塘裡發現了溺斃的小倉朔子。遺體的腳上穿著單板滑雪靴，池塘裡則浮著單板滑雪板。群馬縣警的山村刑警在探究事件與事故兩種可能性中展開搜查。隨後，他注意到了小木屋前的雪人。板橋一八雖然在懸崖附近堆雪人，卻說沒有聽到朔子的尖叫聲。

柯南他們來到公園，米花分局的警員們正在奮力捕捉潛伏在池塘裡的鱷龜。元太提議要找出那個不負責任丟棄烏龜的飼主。就在此時，他們在圍觀民眾中發現了一個可疑人物，木俣泉。當他們搭話時，泉坦承因為烏龜造成困擾，所以昨天早上將牠丟棄了。然而，此時出現了主張自己才是飼主的二本松二郎。

畫家及川武賴的別墅收到了怪盜基德的犯案預告信。被鎖定的是及川的最新作品《青嵐》，預告的犯案時間是明天晚上8點。及川的岳父神原晴仁雖然擔心《青嵐》，但及川已向警方報案，也委託了小五郎，做好了萬全的準備。隔天，許多媒體記者聚集在及川的別墅。

畫家及川武賴的最新作品《青嵐》被盜，同時及川的岳父神原晴仁被刀刺殺。負責搜查的目暮警部判斷怪盜基德犯案的可能性很高。及川表示他將永遠不會再畫《青嵐》。柯南察覺到怪盜基德假扮成目暮、佐藤刑警、高木刑警、千葉刑警其中一人，於是向媒體記者進行詢問。

柯南一行人開著租來的車前往溫泉。途中接到了目暮警官打來的手機電話。目暮透露車上被安裝了炸彈。據說炸彈的裝置設定為車速一旦低於時速20公里就會引爆。車窗和車門也都被動了手腳，無法打開。柯南一邊讓車子保持在時速20公里以上，一邊思考著如何讓車子停下來的方法…。

柯南和步美等人在圖書室裡看書。元太爬上堆在椅子上的書，結果失去平衡摔了下來。在將散落的書本放回原位時，他發現了一個舊的皮夾。柯南對這個皮夾有印象，在看到紙上寫的文字之前就猜中了內容。柯南開始對光彥、步美等人講述十年前圍繞著這個皮夾發生的奇妙回憶…。

柯南繼續講述圖書館皮夾的回憶。10年前，接受了神祕男子挑戰的新一，在小蘭和阿笠博士的協助下解開了第一、第二個暗號，並拿到了第三個暗號。新一請開車的阿笠博士前往郵局。因為下一個暗號藏在紅色的東西裡，所以新一推斷紅色的郵筒上一定有什麼線索。

妃英理正在律師事務所工作時，小蘭和柯南捧著花束出現了。小蘭想要慶祝紀念日，但英理卻忘了是什麼紀念日。事務所的電話響起，英理急忙地出門了。正當小蘭在意是誰把她叫出去時，貓咪五郎打翻了書架旁的花瓶，從裡面掉出一張英理和一名男子的合照。

傍晚，在米花公園後方，立松新三郎和小此木清隆被車撞倒，剛好在附近的小五郎和柯南幫忙叫了救護車。柯南對立松有印象。半個月前，有個節目介紹立松是全日本運氣最差的人。小五郎認為立松他們只是運氣不好遇上事故，但目擊者卻證稱，車子是鎖定兩人衝撞過去的。

元太踢的足球掉到了一輛停放中汽車的車頂上，結果被車主兒島罵了一頓。之後，出現了一名叫魯道加的人，聲稱車子因為球而刮傷和沾上泥巴。元太鬧彆扭地留在停車場踢球練習。結果元太發現頭部流血倒地的魯道加。這時，魯道加說著「兇手」，並指向元太…。

在地下停車場，魯道加被人毆打。元太以為是自己踢的球害他受傷而驚呆了。魯道加指著元太喃喃說著「犯人」，並在昏倒前留下了「L」這個字，因此推斷兇手是和元太有某種共通點且與「L」這個字有關的人物。柯南以此為線索，開始講述自己如何用變聲器進行推理…。

一個30分鐘的現場直播節目開始了，內容是在時間內抓住5個人就能獲得獎金。柯南和小蘭經過正播放著這個節目的電器行電視機前，來到商店街一個可以計時30分鐘的沙漏前。小五郎告知大家8點在沙漏前集合。距離8點還有30分鐘，所以大家決定各自打發時間。就在柯南開始爬樓梯時，從二樓傳來了女性的尖叫聲。

柯南和小五郎開著租來的車，與小蘭、服部平次、遠山和葉一起來到賞櫻名勝。當柯南正在向平次說明關於本堂瑛祐在調查水無怜奈的事情時，一位名叫傳久的年輕修行僧前來搭話。傳久委託小五郎幫他解開謎團。小五郎一行人便前往附近的寺廟，向住持詢問詳情。

公寓的一個房間裡發生了強盜殺人案，小五郎和柯南神色慌張地趕到。被害者是井上弘子。在遺體前，與她同居的戀人高岡明正低頭垂淚。小五郎是弘子經營的酒吧「向日葵」的常客。這起事件發生在一直相信高岡的才華並支持他生活的弘子，其辛苦即將得到回報之時。小五郎對犯人顯露出無比的憤怒。

柯南一行人搭乘阿笠博士的車前往露營區，但在途中的森林裡輪胎爆胎了。幸運的是，他們在附近發現了一間茅草屋頂的農家。柯南等人決定在此借宿一晚。深夜，光彥去了一樓的廁所後，注意到有奇怪的聲響便走向廚房。他在那裡目睹了驚人的景象，連忙跑回二樓房間，想告訴柯南他在廚房看到的一切。

金融公司社長的千金茜小姐被人殺害，山村警官等人展開了調查。接著，山村詢問柯南等人房間裡為何會留下泥濘的腳印。柯南回答說那是將茜小姐搬進房間時留下的。然而，柯南總覺得有什麼地方不對勁，開始回想當時的情況。然後，柯南想起發現茜小姐時，有一個人是穿著鞋子的。

元太發現有警察登場的電視劇是在米花公園拍攝的，便帶著柯南等人前往現場。在回家的路上，他們偶然遇見了秋本靖代。靖代說她正要去送點心給一位警察先生。兩人只是會在深夜的路上打招呼的關係。柯南等人陪同靖代前往派出所，卻被告知並沒有這位巡警。也就是說，那位警察是冒牌貨。

服部平次向柯南報告，說他找到了認識小時候的本堂瑛祐的人。那個人是一家大阪燒店的店長。據說本堂小時候常由父親帶著光顧這家店。和本堂父親關係很好的前任店長已經過世了。但是，據說前店長很疼愛的孫子或許會知道其他情報。阿笠博士、柯南和灰原哀於是前往拜訪他孫子的公寓。

有人侵入了孫子西郡宗兵的房間，一張被認為是本堂父親的男性照片消失了。嫌疑最高的是他的前女友早織，以及模型同好多湖和古庄。這三個人都擁有房間的備用鑰匙。西郡作證說沒有看到可疑人物。柯南向西郡確認了三人的體型。聽完描述後，柯南斷言犯人就在這三個人當中…

柯南和灰原哀正在尋找他們從樹上救下的小貓的飼主。這時，咖啡廳「ChaCha」的石上保出現，並自稱是飼主。石上說他一直在尋找小貓，為了表示感謝，便邀請兩人進到店裡。就在那時，對面大樓的今岡文枝神色慌張地跑來找石上。柯南等人趕到辦公室時，發現一名男子頭部流血倒在地上。

高木警官被白鳥警部問及佐藤警官戴的戒指。高木看向正在講電話的佐藤，才第一次注意到她左手無名指上戴著戒指。高木因為那只戴在左手無名指的戒指而動搖不已。佐藤的通話對象是小蘭。小蘭打電話來是通知她有人死了。佐藤叫上高木一同前往現場。但是，高木對戒指的事在意得不得了。

柯南等人和阿笠博士一起來到日賣電視台。他們受沖野洋子邀請，前來參觀假面超人的拍攝。但是，因為拍攝延遲，參觀行程被迫中止，柯南等人便決定改為在電視台內四處逛逛。正當大家在聊天時，一位裝扮和化妝都十分奇特的撒旦鬼塚經過，元太便大喊他是假面超人的怪人，引起一陣騷動。

在東京拘留所的接見室裡，妃英理與竹内浩明會面。竹內在酒後駕車撞傷被害人並肇事逃逸。負責此案的九条檢察官將竹內拘留了長達10天。妃律師請求釋放他，但九条檢察官拒絕了。小五郎、柯南和小蘭為了幫助妃英理，前往警察局調查事故車輛。沒想到在竹內獲得保釋後，卻傳來他已經死亡這個令人難以置信的消息。

柯南以工藤新一的身分，正用手機和服部平次對話。兩人互相報告這個月解決的案件數量，解決件數較多的柯南得意地宣稱自己是第一名。沒想到，平次卻說自己是第二名，並透露曾出現過比新一更聰明的偵探。平次開始回想起三年前在山形縣滑雪場發生的一起案件。就這樣，平次與新一的推理競賽開始了…

柯南打電話向平次報告，說他弄到了本堂瑛祐小時候和父親的合照。他還轉述了從西郡宗兵朋友那裡聽來的本堂父親等人的對話內容，並推測本堂的父親與黑暗組織有某種關聯。平次擔心柯南過於深入。掛掉電話後，柯南與說要去探病的小蘭和園子一同前往西米花醫院。

柯南、小蘭、園子和本堂將本堂姐姐的照片拿給庵野看。結果庵野斷言，這看起來就是年輕時的怜奈。他們決定一併確認庵野收藏的舊錄影帶。錄影帶內容是怜奈報導工廠爆炸意外的新聞節目。畫面中，怜奈向為了輸血而尋找AB血型者的護士表明自己是AB型。

委託小五郎的案子，是重新調查正好一年前其子鍛吾死亡的事件。父親奥平角藏認為家中某人是兇手。事發當天，角藏與妻子詠子、幫傭田端菊代、管家瀨川旗郎從晚上7點到12點在客廳觀看錄影帶。鍛吾就在這段期間於家中游泳池溺斃。聽完案情後，小五郎認為家中成員不可能犯案。

角藏上吊的屍體被發現，目暮警部、高木刑警負責展開調查。他的腳邊放著一本名為《來自黃泉的殺人者》的書。封面上「黃泉」二字沾了大量的血，下面還用血跡寫下了一個類似平假名「こ」的字。警方判斷這是死亡訊息，並推測兇手就是家中的某個人。

柯南向灰原報告，本堂瑛祐的姐姐和水無怜奈是不同的人，但他仍無法確定本堂和怜奈不是姐弟。回家後，小蘭告訴柯南，自從放寒假後就聯絡不上本堂了。聽說在寒假前，本堂曾說在杯戶中央醫院找到了線索，柯南因此認為怜奈住院的醫院已經被本堂發現了。

從杯戶中央醫院護士塩田正江那裡得知，黑暗組織的成員偽裝成病患潛伏在醫院裡。此外，正江還想起曾為本堂瑛祐在別的醫院動過手術，並將此事告訴柯南。據說本堂得了白血病，在搬到大阪前動了手術。聽到這些話，柯南想起了本堂胸口的圓形傷疤。

楠田潛入護理站，為了調查怜奈的事情而進行拍照。就在那時，持槍的茱蒂和搜查官現身。茱蒂等人試圖逮捕楠田。但是，楠田取出一枚小型塑膠炸彈，威脅要引爆並趁機逃走。楠田坐上停車場的車逃離，但被察覺此事的赤井開車追趕。

赤井過去曾為了調查而潛入組織，並且曾與灰原的姐姐宮野明美是戀人一事曝光。在醫院附近，幾乎同一時間發生了家庭餐廳的集體食物中毒、車站的惡臭騷動、以及電影院的火災這三起事件。此時，一封寄給詹姆士的包裹送到了醫院。裡頭是名為「哥倫拜恩」的花。黑暗組織對FBI下達了宣戰布告。

偽裝成探病禮物的炸彈被送到杯戶中央醫院的病患們手中。距離爆炸時間只剩四小時。只要拔掉插在炸藥本體上的引信，就能解除爆炸。黑暗組織讓醫院人滿為患，目的就是為了趁亂讓多家快遞公司送來大量包裹。詹姆士等人動員所有搜查官進行炸彈回收作業。

FBI執行了赤井想出的作戰計畫，讓組織成功奪回怜奈也是作戰的一環。赤井和柯南商量後，想出了一個讓組織誤以為自己比FBI更勝一籌的作戰。赤井坦白自己和怜奈訂下了某個契約。昨晚，柯南和赤井將躲在醫院的本堂引誘到怜奈的病房。當本堂呼喚她時，怜奈便睜開了眼睛…。

柯南等人前往新米花飯店的自助餐。他們到達飯店後，高木刑警開著警車趕到。被害人是外國藝人經紀公司的社長，須內廉治。社長似乎和一位明日之星有約，但秘書說她不知道對方的長相和姓名。柯南推斷犯人還在飯店裡。

在新米花飯店，外國藝人經紀公司的社長須內遭到殺害。嫌犯鎖定為模特兒托比·凱因斯、英文老師哈爾·巴克納，以及走下樓梯的FBI探員卡邁隆等三人。之後，接到柯南聯絡的茱蒂趕到現場。茱蒂因為不能透露任務內容，只好說謊敷衍過去。

基爾被琴酒威脅，聯絡赤井要與他單獨見面。赤井下定決心要與基爾見面。此時，關於須內命案，柯南注意到了犯人拿走便條的理由，並藉口說是從新一那裡聽來的咒語，向目暮警官說明識破犯人的方法。他說只要準備和嫌犯人數相同的椅子，並念出某個咒語，就能找出犯人。

和柯南、少年偵探團等人分開後，茱蒂抱持著不祥的預感。回到醫院的茱蒂，從詹姆士那裡得知赤井去見基爾了。之後，電視上播出來葉山道有車輛起火燃燒，並發現一具遺體的新聞。無法接受事實的茱蒂，為了確認遺體是否為赤井而前往警視廳，但是…

小蘭提議小五郎一起去接媽媽。小蘭和小五郎和妃英理約好晚上10點要一起吃飯。據說英理在美容院。當小五郎他們走上美容院附近的坡道時，聽到了「砰」、「咚」的聲響。跑到外面的柯南越過護欄朝懸崖下窺探，發現一名男子倒在垃圾堆放處。

格鬥家永作司朗的遺體在垃圾堆放處被發現，嫌疑指向他的前女友，美容師葉坂皆代。但是，妃英理為皆代的不在場證明作證。即使如此柯南還是懷疑皆代是犯人，他回想起緊急煞車時的情況並察覺到了什麼。於是柯南調查了護欄，識破了移動永作遺體的詭計…。

繞道去書店的少年偵探團，偶然遇見大病初癒的本堂瑛祐，以及來看參考書的小蘭和園子。一個神秘男子跟蹤離開書店的柯南等人。柯南推測男子的真實身份是監視本堂的FBI搜查官。之後，大家決定在卡拉OK包廂為本堂舉辦康復慶祝會。進入卡拉OK包廂3號房後，那名神秘男子也跟著進了同一家店。

在卡拉OK包廂的5號房發現了斷氣的茂庭。由於被害者進店後沒有任何人離開，目暮警官和高木刑警便逐一到各個包廂進行偵訊，同時尋找凶器。1號房的玉井說他的釣竿被沖走了，保溫箱裡的魚是在超市買的。因為太早回家會被家人懷疑，所以才在卡拉OK消磨時間。

柯南和少年偵探團、灰原哀在學校的鞋櫃處時，接到了茱蒂用手機打來的電話。茱蒂向柯南報告，說她接到了水無怜奈的聯絡。據說組織裡有個代號叫波本的高手，正在尋找雪莉（灰原哀）。之後，光彥注意到一個小男孩將委託信放進了元太的鞋櫃。

杉浦開人的父親當房東的木馬莊被全部燒毀，縱火嫌犯鎖定為住戶細井龍平、沖矢昴、真壁吟也三人。在這種情況下，柯南解讀了開人的日記。他將用軟管給公寓植物澆水的人聯想到消防車，取綽號為「紅色的人」；將經常受傷、隨身攜帶OK繃的人聯想到救護車，取綽號為「白色的人」。

新一與沖矢的推理對決開始了，兩人都解讀出紙飛機代表著 SOS 的意思。原來紙飛機上用摩斯密碼的符號寫著 SOS。柯南以新一的身份回信給小蘭，說他想要其他紙飛機的照片。小蘭被拜託不要提到自己的事，於是向沖矢謊稱寄件人是名叫金一的同班同學。

小五郎因為雜誌的企劃，與人氣占卜師紫條麗華進行對談。地點在麗華的宅邸，編輯田村雅生、星空出版社的社長葛城健輔也一同參與。柯南與小蘭也在一旁觀摩。途中，身兼管家與弟子的白石優華前來轉告電視台打來的電話，但麗華以工作為由不願接聽。

節目製作公司的社長染井彰吾和員工久住舞子，前來委託小五郎上節目。日後，他們決定在東都電視台製作人中目賴策的家中開會。染井按了門鈴卻無人回應。桌上倒著咖啡杯和沒動過的蛋糕，地板上則有灑落的咖啡漬。中目已經氣絕身亡。

東都電視台的製作人中目，在自家的密室中毒身亡。目暮警部懷疑染井是兇手，為了訊問而聯絡了染井的製作公司。根據員工所說，染井這兩三天身體不適請假沒來上班，而且該員工還在今天傍晚六點半時，在公司附近的藥局目擊到染井。而那正是中目被殺害的時刻。

園子的叔叔，同時也是鈴木財閥顧問的次郎吉，打算用傳說中的高跟鞋「紫紅之爪（Purple Nail）」作為誘餌來捕捉基德。上空有兩架直升機盤旋，十字路口正中央則放著高跟鞋的展示台與四名警衛。周圍被大批觀眾包圍著。這天，次郎吉在早報上刊登了給基德的挑戰書…。

小五郎一行人造訪了位於長野縣的虎田家宅邸，並從當家虎田直信口中聽聞關於失足墜死的繼承人義郎的事。遺體照片中有一隻死掉的蜈蚣。蜈蚣似乎是在血跡乾掉前被放上去的，這表示有人對瀕死的義郎見死不救。當被問及是否有可疑的兇手時，直信的妻子達榮堅稱兇手就在與虎田家長年不合的龍尾家之中。

隨著象徵「火」的繁次觸電身亡，模仿「風林火山」的連續殺人事件就此完成。之後，在鐵軌旁發現了一本記載著尋找寶藏經過的手冊。裡面記載著六年前誤殺了甲斐的內容。敢助推斷，繁次為了將六年前的事件埋葬在黑暗中，殺害了三名共犯，最後再自殺，因此繁次就是兇手，然而…。

小早川公子前來委託小五郎，表示祖父留下的日記本正被人盯上，希望小五郎能查出原因。柯南在日記本中發現了「11月30日，僅於黃昏之時，寶藏的真相才會被揭曉。解開狐狸之謎」這段暗號。碰巧的是，11月30日就是明天。柯南一行人為了破解暗號，前往公子位於島根縣津和野的老家…。

柯南一行人破解了公子祖父留下的日記本暗號，開始尋找寶藏。公子、光彥和灰原哀被蒙面男子們綁架，並被施壓盡快找出寶藏。柯南找到了可能裝有寶藏的木箱。就在此時，挾持著光彥等人的蒙面男子們現身，要求交出木箱。柯南發射了麻醉槍，推理秀就此開始…。

柯南與小五郎等人為了慶祝日本葡萄酒協會會長廣瀨的七十大壽，前往公司社長本城的山莊。柯南在外面看見本城與翻譯家赤丸正在爭吵。接著，柯南從開往山頂的纜車上，目擊了本城用石塊砸向赤丸頭部的瞬間。之後，柯南調查了山莊及周邊地區，卻沒能發現屍體…。

服部平次收到一個名叫屋田誠人的人寄來的信。信中希望能見面談論一年前工藤新一偵破的殺人事件中出現的推理錯誤。一心想揭開真相的平次，搭上小五郎的車前往事件發生的東奧穗村。大家都很擔心感冒咳嗽的柯南，但柯南告訴他們自己已經吃了阿笠博士給的感冒藥，所以不用擔心。

為了失去記憶的新一而進入森林的小蘭，在找到死羅神後不慎滑落懸崖並失去意識。平次等人在一間山中小屋裡發現了失蹤的小蘭。他們發現了假髮用的白髮，並推斷小屋的主人就是死羅神。平次更發現了被撕得粉碎的新一的照片和散落的鏡子碎片，從而推導出真相，並要大家聚集到屋子裡。

在高速公路上駕駛的古城郡平被人勒死。嫌疑人是溝端理子、忠田篤男、下鳥太志三人。理子是古城的女友，忠田是與古城所率領的飆車族團隊對抗的另一個團隊的領隊。下鳥則是古城團隊中因交通事故死亡的成員——彰的父親。新一和平次一同識破了犯人和犯案手法，但卻被身體變回去的前兆——陣陣發作所襲擊…

柯南與步美、光彥、元太、灰原一同搭乘阿笠博士開的車前往露營地，但車子在途中沒油了。這時，一輛古董車經過，他們便攔下該車。說明情況後，他們請求對方載他們到加油站，但駕駛的男子卻惡毒地說了句「一輩子都在這裡等吧，死老頭」，然後就開走了。

弓長警部對別墅裡的惠奈等人進行訊問，確認豪貴來到別墅時他們在做什麼。大家異口同聲地說在玩國王遊戲，並作證說當時所有人都聚集在房間裡。聽完陳述後，弓長警部認為即使有起火裝置，也沒有人能操作。接著，弓長警部質問裝有汽油的塑膠桶為何會碰巧倒下。

小蘭注意到高木警官變裝出現在白羅咖啡廳。原來是證券業務員鳥平貴文在附近的家中被殺害，而高木警官透露，服務生榎本梓的哥哥杉人被列為嫌疑人。由於杉人失蹤了，梓才會受到監視。鳥平是杉人的上司，據說在凶器獵槍上檢測到了杉人的指紋。

柯南與小五郎、小蘭一同觀看假面劇的總彩排（最後的排演）。劇團經理志水絹子透露，她借了真的西洋劍（單手劍）來練習。舞台上，王子被大臣刺殺，大臣也因落雷而從陽台墜入深淵。國王為兩個眼中釘的死去而舉杯慶祝，但卻因為大臣已在酒中下毒而被毒死。

英理向小蘭和柯南透露，她正在為前日本柔道冠軍有澤悠子提供諮詢。悠子的丈夫嗣郎因擔心被跟蹤狂盯上而感到害怕。但是，嗣郎誤解的可能性很高，於是英理決定去他們家檢查是否有竊聽器或針孔攝影機。英理與悠子、柯南、小蘭在飯店用餐後，前往悠子的住處。抵達後不久，柯南就在儲藏室裡發現了已經斷氣的嗣郎…。

前日本柔道冠軍有澤悠子的丈夫嗣郎被人勒死。英理對悠子打給嗣郎的那通電話感到耿耿於懷，並推斷悠子就是兇手。但是，在推定的死亡時間晚上9點前後，她們正一起在飯店用餐。悠子唯一離開座位的時間只有去洗手間的10分鐘。英理以及柯南開始絞盡腦汁，思考她究竟是用什麼方法殺害嗣郎的。

米花公園發生了女性被鐵鎚襲擊的事件。據說身高超過180公分的犯人被稱為「鐵鎚男」，受害者已有4名，全都是長髮女性。當小蘭和園子在談論鐵鎚男的話題時，一旁的柯南發現了高木刑警和佐藤刑警。原來兩人正在監視據信身處公寓三樓某個房間裡的鐵鎚男。

為了掌握證據，柯南等人決定調查鎚子男的房間。小蘭聽說鎚子男身高超過180公分的傳聞，但對他實際身高很矮感到驚訝，高木警官解釋說這是謠言以訛傳訛變成的都市傳說。柯南對「都市傳說」這個詞感到在意，並回想起房間的狀況。柯南對園子發射麻醉槍，借用園子聲音的推理劇即將上演…。

小蘭聊起電視新聞中一位名門千金中了1億元樂透的事。那位千金表示，想將樂透彩券送給小時候在旅途中為了保護她而受重傷的少年作為謝禮，而那位少年身上似乎有傷痕。這時，傳聞中的千金本人出現了。由於有兩名男子自稱是當年的那位少年，因此她想委託小五郎幫忙辨別誰才是真的。

柯南整理著有關那位少年的資訊。少年對海洋和魚類很了解，個性非常正直。喜歡的東西是薑汁汽水、壽司和炒麵。綽號是「ガリ(Gari)」。此外，楠本小時候很瘦，伴場則是個書呆子。整理完資訊後，柯南察覺到誰才是回憶中的那位少年。接著，柯南向庄堂提出某個商量。

距離連續殺人犯的追訴期時效只剩下3天。在電視直播節目中登場的犯罪心理學家平棟堂次，對著潛伏到時效結束的犯人挑釁說「有種就來找我」。平棟是和步美住在同一棟公寓的住戶，步美與灰原哀在公寓入口目擊到一名吹著口哨的男子。柯南用電話將這件事告訴高木警官後，前往拜訪平棟的房間，卻發現平棟已經氣絕身亡。

柯南聽取了3名被害者家屬的說法後，發現他們的共通點是麻將術語以及都在週六晚上外出。由於平棟上電視時的評論也使用了麻將術語，柯南因此推斷4個人在週六晚上會一起在某個麻將館打麻將。柯南與高木警官、少年偵探團及灰原哀一同前往尋找4人可能會去的麻將館。

元太向柯南、光彥、步美報告說，有個奇怪的大叔開始住在一棟荒廢的洋房裡。他們決定前去偵查。柯南一行人正好撞見住戶和田六郎和房仲獅子倉安夫一邊爭吵一邊從宅邸走出來。隔天，元太告訴柯南等人和田先生已經過世。柯南他們對和田搬進這棟宅邸的理由感到好奇，於是前往拜訪。

怪盜基德向鈴木次郎吉發出了預告信。基德的目標是人稱「鐵狸」，由機關師三水吉右衛門所打造的大金庫。但是，因為預告信上的圖案與以往不同，次郎吉認為是基德的冒牌貨，所以沒有強力要求中森警官協助。園子對次郎吉的鎮定感到不對勁。柯南也確信這起事件背後另有隱情…。

柯南回顧次郎吉一連串令人費解的行動，並從預告信每行最後寫下的7個字中察覺到了什麼。這時，瑞紀前來報告說，次郎吉被綁在房間的衣櫃裡睡著了。中森警官帶著部下追趕著被認為是變裝成次郎吉的基德到外面去。然後，在空無一人的金庫室前，基德現身了…。

來到鎌倉旅行的柯南、小蘭和小五郎，在尋找寺廟而走上坡道時，發現那裡有座宅邸。正在看地圖時，突然響起一陣槍聲，一名男子從宅邸後方逃走。柯南在宅邸的書房裡發現一名已氣絕身亡的老人。被害者是資產家矢口久衛門，他被獵槍近距離射中胸部，而房間裡的保險箱轉盤上則留下了無數的刮痕。

古董商衣笠榮被殺害的事件中，地下錢莊老闆蒲生良造被警方懷疑是兇手。蒲生委託小五郎幫忙尋找在曙町的不在場證明證人。但是搜查陷入困境，小五郎每晚都接到催促的電話。小五郎向蒲生報告說沒有任何進展。蒲生失望地說了聲「絕望了」便掛斷電話。隔天早上，在郊外發現了蒲生上吊的屍體。

小五郎因在衣笠命案中懷疑無辜的新井是兇手，並將其逼上絕路而引咎辭職，決定結束偵探工作。蒲生自殺當天，鄰居在晚上8點左右聽到了新井的聲音。柯南主張，如果時間是在8點半以後，新井就有可能犯案。柯南認為只要自己能破案，就能讓小五郎重新振作，於是他重新審視案情，並察覺到了某個關鍵。

少年偵探團在神奈川島的防波堤和江尻太志享受海釣之樂。沖矢昴搭上漁夫井田的漁船來接柯南等人。在船上欣賞夕陽時，步美注意到了一角岩。井田於是開始講述關於一角岩的傳說。柯南等人決定下船，順道去一角岩看看。結果在那裡發現了一位穿著潛水衣、脫水而死的女性。

潛水時失蹤的赤峰光里，被發現陳屍於一角岩，死因是脫水。光里在岩壁上留下了死亡訊息。和她一起潛水的有大戶、青里、開田三人。根據大戶的說法，光里任性地表示想獨自一人待在海裡，半年前也曾因此發生過被海流沖走的意外。

小五郎、柯南、小蘭來到百貨公司頂樓的露天啤酒花園，這裡的特別舞台正有樂團在表演。演唱會結束後，鼓手 中村悠介到地下一樓的警衛室借了鑰匙，先進休息室後，發現了被毛毯裹住的不明物體。悠介從毛毯露出的手上戴的戒指，認出是主唱 渡邊友紀子，於是拜託小蘭去請小五郎過來。

小五郎、柯南、小蘭開車行經冬名山時，遇到了群馬縣警方的山村警部等人正在進行盤查。山村透露，大約四年前，在飆車族聖地冬名山道上，有一位被稱為「銀白魔女」的傳說女車手，她駕駛著一輛白色的FD。據說最近，「銀白魔女」再次出現在山道上，接連有飆車族向她挑戰後發生事故。

曾與宮本由美討論過銀白魔女一事的小蘭接到她的聯絡，報告了在盤查點被攔下的三輛白色FD的情況。她告訴由美，坐在副駕駛座的間船、半藤、遠田的手臂都和魔女的手臂相去甚遠，所以三組人都被放行了。由美把魔女的話題轉向同車的佐藤警官。幾年前，佐藤也曾有一段時間常去冬名山道。

和小蘭、園子一起來到購物中心的柯南，遭遇了一起事件。一名持槍的犯人綁架了五歲的結城佳代子。柯南雖然救出了佳代子，但犯人大嶺卻轉而將柯南擄上車逃逸。柯南從廣播新聞中得知大嶺是殺人犯。被帶到大樓機房的柯南，趁隙逃了出來。

柯南與大嶺為了躲藏，來到了阿笠博士家。柯南認為大嶺並不是兇手。當柯南詢問手槍的來源時，大嶺坦承是從網路上買來的改造模型槍和三發空包彈。但是，開槍後發現子彈是真的，而手槍已經被他扔在大樓的腹地內。柯南提議去尋找大嶺丟棄的手槍。

柯南、少年偵探團、灰原哀和阿笠博士一起來到迴轉壽司店。元太他們在撿掉落的盤子時，被一位名叫我妻留造的客人找碴。店長並木段兒發現騷動後委婉地提醒，我妻卻威脅要讓店家倒閉。就在柯南等人準備離開時，我妻突然痛苦地倒下身亡。柯南推斷他是被氰化物類的毒藥所殺害。

當大家正在推理兇手是如何讓我妻拿到有毒的盤子時，元太喊著肚子餓了。元太看著壽司，說把不新鮮的壽司丟掉太浪費了。之後，柯南從入口處可以自由取用的濕紙巾，識破了犯人使用的手法。接著柯南便用變聲器，借用阿笠博士的聲音展開破案推理。

元太向柯南等人報告，他的父親將要參加全國小島先生錦標賽。據說冠軍可以獲得一千萬獎金和一幅野豬掛軸。錦標賽會進行伏地挺身、歌喉比賽、漢字書寫，勝出的五人將在攝影棚爭奪冠軍。之後，柯南等人遇到了被淘汰的參賽者。這時元太接到父親的聯絡，得知他已經進入最後的三強。

策劃全國小島先生錦標賽的小島集團會長——小島權作被人殺害了。警方對當時各自待在休息室的三名嫌疑人——文太、元次和岩吉進行訊問，但三人的證詞中都找不到可疑之處。此時，高木警官確認了錦標賽的成績，從三人成績平平這點來看，發現錦標賽並不是在選拔成績優秀者。

富樫文孝和袴田恒夫從監獄出獄。小五郎前去迎接自己刑警時代逮捕的殺人犯富樫，但他卻馬上消失無蹤。當天晚上，假釋官櫻庭武彥被人殺害，富樫作為嫌疑人被逮捕。小五郎不相信身為模範囚的富樫會在假釋當天殺人，決定在下午四點移送檢方前，親自對富樫進行偵訊。

柯南為了療養，和小五郎等人一起來到兵庫縣的城崎溫泉。小蘭在前往溫泉的途中和步美、小哀走散，隨後撿到了步美的偵探徽章。之後，小蘭為了追趕步美與小哀，和一位從巷子裡衝出來的少女相撞。小蘭聯絡柯南說要送少女回家，之後卻就此行蹤不明。

在柯南於飯店進行推理的同時，平次等人根據夏穗寄給陽菜的信，前往搜尋三年前他們家庭旅行時到訪過的城崎溫泉車站。此時，來到纜車山頂站的小蘭和陽菜，被一個戴著口罩和太陽眼鏡的不明人士襲擊。陽菜雖然設法逃脫，但對方卻擄走了小蘭。平次等人在山頂站發現了昏迷的陽菜。

柯南和小蘭搭著小五郎開的租賃車前往溫泉。下午兩點多，前方的十字路口發生了車禍。柯南發現那正是剛才在便利商店看到的兩輛車，並對紅色進口車的雨刷正在擺動感到可疑。小蘭從綠色的車中救出汽車維修員車谷整司。隨後，打工族速水隼的屍體從紅色進口車裡被運了出來。

柯南獨自看家時，接到了阿笠博士的聯絡。博士在參加完發明品新作發表會的回程路上車子拋錨了。業者將車拖走後，阿笠博士才發現自己不知把錢包掉在哪了。博士本來想請小五郎來接他，但柯南告訴他小五郎正在外面進行外遇調查。就在那時，一位女性開著車，出現在阿笠博士和小哀的面前。

受到長野縣警的大和敢助警部與上原由衣刑警請求協助辦案，小五郎與柯南、小蘭一同前往長野森林中的「希望之館」。據說最初有六名年輕人住在館內，但從五、六年前開始，就只剩下一對在館內相識而結婚的夫婦居住。敢助警部帶領小五郎等人前往發現屍體的房間，並說當時在裡面的人是活活餓死的。

房間內側門把和紅色噴漆罐上的指紋，經查驗後發現屬於高明的部下。高明坦承，他是和一位新進刑警為了到倉庫獻花而造訪此館，進而發現了明石周作的屍體。他提到，人若被關在房內，理應會去轉動門把，但上面卻沒有明石的指紋；此外，用來粉刷牆壁的紅色噴漆罐上也找不到明石的指紋。

柯南注意到敢助等人正在監視高明。敢助於是坦言高明也是嫌疑人之一。警方確認了眾人在直木司郎的推斷死亡時間，即昨晚10點到11點之間的不在場證明。根據三名關係人的證詞，釐清了司郎曾向明石勒索金錢，以及司郎曾說過要去義大利兩件事。此時，高明正前往死亡之館的紅色房間。

柯南和敢助解開了死亡訊息之謎。然而卻沒有任何證據，無法逮捕犯人。這時柯南提到直木司郎曾說要去義大利的萊切，察覺到司郎隱藏證據的地點。敢助等人若無其事地將司郎藏匿證據的地點告知三位嫌疑犯。結果到了晚上，犯人現身在司郎的公寓裡……。

委託小五郎調查的仁地村正平遭到綁架。犯人的信上寫著要沙希帶著裝有贖金的包包，並在指定車站下車。新的指示發出，依照指示將贖金的包包丟到河川上游。柯南等人立刻調查下游，但贖金已被犯人取走。隔天，被殺害的正平也被發現……。

喬蒂在看見一個酷似已故赤井的男子後，前往銀行提款。銀行內響起槍聲。原來是銀行搶匪鳴槍示警。在廁所裡的柯南等人也聽到了槍聲。搶匪命令行員關閉鐵門，顧客們被集中到一處。喬蒂看到旁邊的客人，驚訝不已。那正是她剛才看到的，酷似赤井的男子……。

柯南假扮成搶匪，打電話給其中一名搶匪的手機。然後與光彥等人合作，制服了引誘出來的搶匪。接著柯南為了推理，整理了從喬蒂那裡聽到的搶匪們的行動。柯南從被制服的搶匪脫下頭套這件事，察覺到搶匪們的目標，並指示光彥等人，試圖阻止搶匪們的計畫……。

小五郎坐在理髮椅上。旁邊的先客臉上蓋著毛巾。店主將肥皂塗在小五郎臉上並蓋上毛巾後，隨即傳來一聲巨響。先客向倒在地上的店主海老原喊話，但他已氣絕身亡。胸口插著飛鏢。小五郎推理飛鏢是從窗外射入的，但柯南看到現場卻感到異樣……。

柯南和小五郎目擊到石川茂子被人從背後推倒，小五郎自願擔任她的保鏢，柯南則負責照看茂子的孩子聖誕。之後，茂子遭到綁架，犯案使用的贓車也被發現。小五郎推理是傾慕茂子的人所為，但柯南認為犯人有其他目的……。

小五郎、柯南、小蘭路過溫泉公園。從懸崖下的露天浴池傳來什麼東西掉入水中的聲音。在那裡，房地產公司社長梅津已經氣絕身亡。據說梅津曾強迫收購溫泉公園。浴池裡有塊大石頭，從小五郎發現懸崖上方有人移動石頭的痕跡來看，他推理這是一起偽裝成意外的殺人事件。對於這個推理，柯南會怎麼說呢……？

白鳥警部誤買了票，結果與柯南、少年偵探團、灰原哀一同觀賞特攝電影。白鳥撞到笠倉那海，果汁灑了出來。那海的座位就在白鳥的左邊。電影結束後，那海得知白鳥是刑警，便向他告發自己遭受跟蹤騷擾。白鳥與柯南等人來到那海的公寓。在那裡，她的男朋友染井芳郎已經氣絕身亡……。

白鳥警部請高木刑警調查纏繞著紙櫻花的紙杯指紋和飲料成分。之後，白鳥正要發出其他指示時，卻欲言又止。柯南說辦案時不應摻雜私情，白鳥便承認錯誤，請高木調查全新的吸管包裝紙和自己紙杯上包裝紙櫻花的長度……。

在高畑家中，妹妹栞的丈夫副島逸郎已氣絕身亡。逸郎是千葉刑警大學時期的朋友。據推測，喝了酒的逸郎拿出了獵槍，結果走火釀成意外。栞病逝後，逸郎的酒癮變得尤其嚴重，半年內因飲酒而引起的事故、案件竟然發生了九次。柯南的腦海中閃過「未必的故意」這個詞……。

柯南、少年偵探團和灰原哀，正在聊著同班同學琢馬的話題。據說琢馬去親戚家時，從倉庫的窗戶看到了大量的骨董、美術品和人影。但倉庫裡卻是空的。那個倉庫被稱為「妖怪倉庫」，只要把重要的東西放進去就會消失。雖然調查了倉庫但沒有找到寶物，不過當柯南爬上樹從窗戶窺看倉庫時…。

柯南一行人正在尋找讓寶物消失的倉庫機關。灰原哀推斷牆上的算盤是某種開關，一旦弄錯就會重置。再次爬上樹從窗戶望向倉庫的柯南，感覺地板似乎變遠了一些。之後，柯南察覺到了什麼，向屋主確認這座倉庫是否為機關師傅三水吉右衛門所建。屋主承認後，柯南便…。

為了尋找國末，服部平次與和葉來到東京。國末曾拜託和葉製作護身符並前來領取，但平次卻錯把和葉的護身符交給了國末。國末從幾天前就下落不明，後來查出他會和朋友在一家運動咖啡廳碰面。柯南等人前往咖啡廳，但國末卻在洗手手間裡被不明人士襲擊，陷入意識不清的重傷狀態…。

國末和犯人很可能是在觀看體育比賽時發生了糾紛，服部平次等人思考著國末究竟觀看了哪場比賽。就在此時，店裡的電視播放出高爾夫球賽決定冠軍時的畫面，讓柯南與平次恍然大悟。究竟能否識破真相呢？然後，藏有和葉絕不想被人看見的害羞秘密的護身符，是否能順利取回呢！？

購物前，柯南、小五郎、小蘭和園子順道去了新宿的咖啡廳。那時，與一位穿著哥德蘿莉塔服裝的女性擦身而過。途中，小蘭和園子弄髒了衣服，決定去公園的洗手間換上剛買的衣服。園子聽說有人在女廁的隔間裡待了30分鐘以上都沒出來，進去確認後，發現竟是在咖啡廳遇到的那位哥德蘿莉塔小姐已經氣絕身亡…。

目暮警部為了確認來到咖啡廳的哥德蘿莉塔小姐是否真的是未紘，便調查了未紘杯子上的指紋。店員作證說，昨天未紘獨自一人前來買衣服。未紘的衣服是店家原創款式，當時人在福岡的唯佳不可能買到同樣的衣服。之後，雖然從杯子上驗出了未紘的指紋，出現了證明唯佳無罪的證據，但柯南卻…。

柯南、少年偵探團、灰原哀和阿笠博士正在河邊等待螢火蟲季開始時，中嶺和垂水駕駛的卡車抵達了。一打開貨車帆布，成群的螢火蟲便飛了出來。道武向垂水詢問中嶺的去向。垂水聯絡中嶺的手機後，據說中嶺在電話中說：「在烏帽子岩，快來救我」。當柯南等人趕到烏帽子岩時…。

柯南、少年偵探團和灰原哀，偶然遇到了一位對未來充滿希望的中年男子代田。之後，柯南搶回了代田被搶匪奪走的包包，並受邀吃了甜點作為答謝。此時，柯南對代田的言行舉止感到一絲不對勁。柯南感覺代田其實對明天毫無關心…。

福西的身上被綁了炸彈。據說他在洗手間裡被打昏，醒來時就被蒙面男子裝上了炸彈。炸彈客的要求是找出寄送他包包裡13件紅襯衫的寄件人。寄件人似乎就在這個樓層，並威脅只要有任何一位客人逃跑，就會引爆炸彈。柯南和小五郎試圖尋找線索，但是…。

小五郎向店員詢問那位每週日12點29分都會來買同款襯衫的客人，但店員卻說不記得有這位客人。柯南注意到襯衫上的摺痕，察覺到那可能是某種暗號。之後，柯南向店員詢問了銷售流程，並前往收銀員瀨田所在的內部房間。柯南雖然察覺了寄件人的目的，但是…。

柯南推測福西本人就是炸彈客。福西企圖用事先纏在身上的炸彈和放在樓層的炸彈，將寄件人引出來。接著柯南推斷在襯衫賣場的收銀員瀨田就是寄件人。於是瀨田坦白自己是13年前被福西殺害的丸岡的女兒，麻衣。瀨田主張自己沒有殺人是無辜的，但柯南卻…。

小五郎受邀參加生日餐會，前往委託人的公寓。委託人是搞笑團體「草莓」的藤森朝子。朝子坦承她刺傷了一名從陽台闖入的男子。戴著殭屍面具且已斷氣的男子手上握著一把手槍。目暮警官等人趕到現場，面具下的人竟然是她的搭檔今岡次郎。

柯南一行人丟下小林老師，逕自前往煙火大會。小林慌忙地追了上去，走進了後巷。這時，從巷子的暗處傳來男女爭吵的聲音。小林發現一名流血倒地的男性。之後，小林感覺到有人而轉身，藉著煙火的光芒目擊了犯人。對被害者懷有恨意的三名嫌疑人浮上檯面，但…。

經查明，小林老師作證為男性的被害者其實是女性。目暮警官對嫌疑人進行偵訊。三人均作證案發時各自在家。小林確認了錄下的嫌疑人聲音，並告訴白鳥警官她對鍵谷和瀧本的聲音沒有印象。但是，柯南推斷小林聽到的可能不是犯人的聲音，而是被害者的聲音…。

犯人從背後襲擊小林老師。但小林將犯人摔了出去，事件順利解決。事實上，小林老師在事發前已被白鳥警官保護，並由佐藤警官喬裝頂替。日後，收到了怪盜基德的預告信。目標是鈴木次郎吉所擁有、名為「麒麟之角」的大寶石。次郎吉與柯南一同向少年偵探團請求支援。然後在預告日的滿月之夜…。

必須同時轉動四個底座的鑰匙，「麒麟之角」才會出現。在預告犯案時間前，次郎吉為了不讓基德得手，將四把鑰匙用釘子釘在柱子上。緊接著堂內就停電了。柯南被某人用電擊槍襲擊。燈亮後，次郎吉確認了鑰匙。四把鑰匙還釘在牆上，但麒麟之角卻被偷走了…。

在柯南昏迷的狀態下，眾人確認了停電時的影像和聲音，但沒有發現可疑的聲音或光線。一會兒後，柯南恢復了意識。為了不讓大家發現他已經醒來，他請少年偵探團圍住自己。柯南向光彥等人確認了基德貼在底座上的卡片位置後，也識破了基德變裝成誰…。

柯南、小五郎、小蘭應目白之邀，參觀位於住商混合大樓的頂樓農場。這時，中村和田口在裡面的田裡發生了爭執。中村是個被稱為「麻煩老頭」的難搞人物。田口說他的防蟲網被弄壞了。接著，有機蔬菜被灑上農藥的井上對中村大發雷霆。週末，柯南一行人再次造訪農場，發現了已經斷氣的中村…。

10月10日生日當天，委託人國分秋穗出現在妃英理下榻的房間。她說和丈夫健彥吵架了。秋穗遭到跟蹤騷擾，預計明天要和對方的父母進行和解談判。英理聯絡健彥希望他來接秋穗後，便和小五郎等人在餐廳吃晚餐。當英理回到房間時，秋穗已經不見蹤影。

聽完丈夫健彥、跟蹤狂成治及其母親綠這三名嫌疑人的說法後，柯南一行人回到房間就寢。柯南聽到小五郎的夢話，察覺到犯人獨自移動床鋪的方法。隔天早上，柯南看到小五郎認真推理的樣子，決定讓他大顯身手。由小五郎本人演出的破案秀即將開始…。

柯南和少年偵探團在阿笠博士的帶領下，拜訪了水族設計師西田的家，但按了門鈴卻沒有反應。西田的助手井村用備用鑰匙打開大門，步美等人看到客廳裡鑲嵌著水槽的圓柱後都非常高興。之後，去浴室洗手的光彥和元太看到浴缸後發出了尖叫。

柯南、小五郎、小蘭和園子來到二之酉祭。這時，園子的包被搶走了。這個搶匪被稱為「酉男」，據說在一之酉祭時也犯案了。到了三之酉祭，酉男再次出現。酉男刺傷了重考生益子後，逃進公園的廁所，隨即被包圍。然而，從廁所裡出來的嫌疑犯卻有三人…

益子被「酉男」刺傷的事件發生。嫌疑犯火野、猿川、水江都有不在場證明，證明他們在一之酉、二之酉、三之酉時都沒有犯案的可能。由於三起事件被認為是同一人所為，目暮警官允許三人離開。之後，柯南推理還有其他的「酉男」。柯南從與小蘭、小五郎的對話中解開了事件的謎團…

小五郎、柯南、小蘭來到廣島。在拍攝的空檔，工作人員八川、濱田、三宅接連遭到不明人士的惡作劇。柯南發現一系列的惡作劇與當地彌山七大不可思議的傳說有關。就在拍攝結束後，工作人員越路傳來尖叫聲。柯南等人趕到現場時…

小五郎等人懷疑紳六襲擊了越路，並放火燒了彌山屋。柯南察覺越路留下的「卡吉…」並非指火災。之後，小五郎推理犯人以彌山七大不可思議的最後一個傳說「龍燈杉」為藍本犯案。此時，上諏訪遭到不明人士持刀刺傷背部。柯南看到上諏訪的手機後…

小五郎帶著柯南和小蘭拜訪了獵戶座企劃。在與東山通話中，小五郎目擊到窗外有人影墜落。墜落的高幡已經死亡。高幡的西裝上掛著一塊淚滴形的橡膠板。這是怪人玩偶的鱗片，機關是當紅外線照射時會漏氣。小五郎推理是有人利用這個機關讓高幡墜落的。

柯南和少年偵探團來到湯本溫泉。柯南等人入住的旅館裡還住著深汐、純作、嚴治和雲平。隔天早上4點50分，柯南等人前往湖上露天溫泉。就在進入女湯浴池後，灰原哀和步美發出了巨大的尖叫聲。女湯裡倒臥著已經斷氣的嚴治。這是一起偽裝成意外死亡的密室殺人案…

劇作家鐵山嚴治被殺害，發生了密室殺人事件。嫌疑犯是女演員名取深汐、她的經紀人丹澤純作，以及演員寺堂雲平三人。深汐坦承她與嚴治通電話時，謊稱如果他早上第一時間來女湯，她就會陪他一起泡。三人都懷有殺害嚴治的動機。柯南以某句話為線索，最終揭露了事件的真相…

柯南和小蘭乘坐的電車上發生了扒竊事件。協助逮捕的德馬卻離開了。在詢問之後，巢龜站發生了另一起事件。詐騙集團的一員兼村在高架橋下被殺害。據說德馬目擊了事件並報警。之後，詐騙集團的首腦桐谷被發現，成為嫌疑犯。但柯南卻懷疑德馬才是兇手…

小五郎收到一封信，要求他證明11年前殺人罪的清白，於是與柯南、小蘭一同前往群馬縣朽橋村的光羅旅館。雖然11年前並沒有發生殺人事件，但卻發生了沼山辰彥這個孩子在河裡溺死的事故。據說還有河童是兇手的傳言。隔天早上，辰彥的父親伴藏的遺體在旅館閣樓被發現…

犯人讓沼山溺斃的水與蓄水池的水一致。小蘭向山村警官報告昨晚看到了河童，並根據目擊證詞畫出河童的樣子。柯南對於找不到犯人搬運蓄水池水的容器而傷透腦筋。之後，河童的畫完成了。柯南因一個偶然的契機，識破了誰是犯人，並發射了麻醉槍。以山村的身分開始了破案過程…。

柯南、小蘭、園子到了北輕井澤。在社團教園子網球的後藤，要代替受傷的社長吾妻參加大賽。休息時，土田、大竹、園子分別送了蜂蜜檸檬水、毛巾和球拍握把帶給後藤。休息後，後藤倒地痛苦掙扎。後藤是因毒物中毒，送慰勞品的三人受到了懷疑…。

小五郎一行人在山路迷了路，向比良坂零輝的宅邸尋求幫助。比良坂等人正要舉行降靈會，以喚回一年前意外身亡的雅原煌。降靈會開始後，發生了怪異現象，並聽到了煌的聲音說：「殺害我的人就在你們之中。今晚，我將復活！為了親手復仇雪恨」。之後，參加者之一的歌倉晶子被殺害了…。

繼晶子之後，比良坂的屍體也被發現。兩個人分別在不同的密室中死亡。從比良坂的房間找到了冥想室掛鎖的鑰匙，以及殺害晶子用的繩索等物品，小五郎推斷是比良坂殺害了晶子後，在自己的房間自殺。但是，柯南看到澤南留下的文字後，察覺到犯人另有其人…。

柯南看到澤南在被殺前寫下的「KIRA」文字後，識破了犯人。但是，為了證明小五郎的推理是錯的，必須揭開兩個密室的詭計。之後，柯南調查了比良坂的房間和冥想室，解開了兩個密室之謎。然後，他對小五郎發射了麻醉槍。以沉睡的小五郎身分開始了破案過程…。

柯南的班導師小林澄子被選為殺人事件的陪審員。被害者是房地產公司社長石垣，為被告岩松辯護的則是妃英理。柯南和小蘭、小五郎在旁聽席上觀看審判。看到發現屍體的書房照片後，小林老師發現牆上的畫是顛倒的。柯南認為這幅畫掌握著解開事件真相的關鍵…。

被告岩松說書房裡有花瓶，妃英理認為是有人把花瓶拿走了。之後，兇刀在公園游泳池的池底被發現。柯南試探了原，並確信他知道花瓶的去向。審判第二天，對被告不利的證據一一備齊，但妃英理向審判長要求再次傳喚原。於是，審判從這裡開始有了急遽的轉變…。

小五郎和柯南、小蘭一起出席了浦井製菓的派對。社長浦井垂人以每次都會表演節目而聞名。小五郎被點名上台致詞。致詞期間，垂人的妻子兼副社長星江正與小蘭搭話並幫她看手相時，垂人突然痛苦地倒下。原以為是推理短劇，沒想到垂人已經斷氣了…。

在派對中身亡的浦井製菓社長浦井垂人。柯南確信其妻子星江就是犯人，並思考著星江那些令人費解的話。接著，識破星江為何會倒在飲料桌旁的理由後，柯南對小五郎發射了麻醉槍。柯南以沉睡的小五郎身分開始了破案過程，並揭露了星江所使用詭計的全貌…。

五年前犬伏恒弟去世後，出現了八個自稱是他親生孩子的人，據說他的妻子裟臣將他們全部收為養子。當裟臣病倒後，發生了圍繞遺產繼承的事件，其中兩名養子離奇死亡。據說其中一名養子因害怕是詛咒而離開了犬伏家。柯南和服部平次前去向那個人打聽情況，但是…。

柯南等人造訪了犬伏家。由於放棄遺產繼承權的伸壱遭到殺害，小五郎懷疑是懷恨犬伏家的犯人所為。柯南等人與犬伏家的養子幸姬、考子、知晃、禪也見面，並聽聞了犬伏家流傳的魔犬傳說。柯南等人前去查看那隻狗的墓地。就在此時，另一位養子佐記從懸崖上墜落下來…。

柯南與服部平次聽聞了養子們名字的秘密，並懷疑名字與本次事件有關。之後，他們看到了電視節目佈景，識破了魔犬的詭計，也察覺到了誰是犯人。小五郎以小說《南總里見八犬傳》為線索，推斷幸姬是犯人。然而，幸姬留下承認罪行的紙條後便消失了…。

阿笠博士的車在挖竹筍回家的路上故障了，柯南與少年偵探團只好在山中等待。一棟別墅傳來鋼琴聲，但按門鈴卻沒有回應。之後，柯南等人進入屋內，發現了一本寫有日記的筆記本。從日記內容判斷，一名被綁架的男孩曾被囚禁在這棟別墅，並遭到殺害…。

柯南與阿笠博士在倫敦四處奔波，尋找暗號文所指示的地點。小蘭打電話給新一的電話，向他詢問暗號的事，新一（柯南）解釋說他已經從柯南那裡聽說了。此時，大笨鐘的鐘聲響起，新一（柯南）意識到暗號文指的是大笨鐘。然而，小蘭也同時發現他在倫敦…。

小蘭與小五郎前往倫敦市區解讀暗號。此時，透過檢測到的指紋，嫌疑犯的身份曝光。嫌疑犯是名為黑帝斯·薩巴拉的逃亡連續殺人犯。小蘭參考新一（柯南）最初解讀的暗號，接連解開了其他暗號。小蘭發現暗號所在之處隱藏著文字。將發現的文字連接起來後…。

柯南使用變聲器，以新一的身份在電話中協助小蘭。小蘭也解開了剩餘的兩個暗號文，所有文字都湊齊了。將文字重新排列後，導出了「SATURN」（土星）這個關鍵詞，新一推斷犯人將在週六犯案。接著就是隔天的週六。柯南試圖從暗號文中鎖定犯人黑帝斯所鎖定的地點，但…。

柯南發現米涅瓦發球落地點顯示著點字，並解讀出「HELP」的訊息。進一步解讀點字後，得知黑帝斯打算在比賽結束的同時殺害米涅瓦的母親。之後，柯南識破了在觀眾席上的母親抱著的玩偶裡被裝置了炸彈，但是…。

柯南發現了找到觀眾席上的黑帝斯的方法，並向米涅瓦傳達「撐下去，一定要贏！」的訊息。這是一個一旦輸掉這一盤，母親就會被殺害的絕境。她拼命地持續對打爭取時間，但還是被對方奪走了局點。裁判宣告比賽結束，黑帝斯將手伸向炸彈的開關，但…。

柯南與灰原哀被綁架有錢老人的兩人組抓住，並被綁在房間的牆邊。柯南推斷光彥等人躲在同一個房間的置物櫃裡。柯南用偵探團徽章敲擊地板，向光彥等人發送訊息。那是東京消防廳的通話代碼。柯南試圖使用通話代碼指揮光彥，來打破這個僵局，但…。

柯南與少年偵探團在視聽教室遇到了也是帝丹小學畢業生的千葉刑警。千葉表示13年前，他曾給三池苗子情書。回信上寫著她的心意被保管在視聽教室的倉庫裡。據千葉所說，苗子留下的是一封錄影帶情書，柯南等人開始尋找當時沒有找到的錄影帶情書，但…。

小五郎在大學的學園祭上進行演講。藝術系的辻榮帶領小蘭、園子和柯南參觀鬼屋，並請他們評價殭屍的製作成果。進入鬼屋後，飾演躺在手術台上殭屍的安菜，在身體劇烈搖晃後斷了氣。目暮警官判斷她是服毒自殺，但柯南卻推斷這是一起偽裝成自殺的殺人事件…。

柯南注意到安菜的臉頰上有抵抗的傷痕，推斷她是被人將毒膠囊強行塞入口中，並被摀住嘴直到吞下為止。目暮將能夠偽裝安菜還活著的睦、蜂谷、辻榮三人列為嫌疑人。柯南從床單和床下的狀況，識破了犯人的手法…。

鈴木次郎吉的博物館舉辦了龍馬展，次郎吉收到了來自怪盜基德的預告信。基德的目的是要歸還 20 年前在樽見舉辦的龍馬展中被盜的物品。柯南注意到預告信上寫的龍馬名言「是時候該好好洗滌一番了」。柯南推斷基德是在等待下雨天才決定預告的時間，但是…。

柯南在洗手間的隔間裡，被手持龍馬手槍的基德搭話。基德對柯南撂話說他只是來歸還被盜的物品，叫他不要妨礙，隨後便消失了蹤影。之後，小蘭注意到園子的右邊袖子上寫著字。聽到這件事的柯南，識破了基德是真的打算要讓天「下雨」…。

柯南一行人利用假期來到南海的孤島。島上正在拍攝帥哥演員宮坂的宣傳影片。人氣下滑的宮坂已經從電視上銷聲匿跡。柯南他們親眼目睹宮坂對拍攝人員的惡劣行徑。然後在拍攝結束後，宮坂被發現陳屍在民宿的一個房間裡…。

柯南在意看到屍體時的違和感，再次檢查了宮坂的房間。但是，最初看到時的違和感卻不知為何消失了。之後，美紀目擊到鷹山在暴風雨中奔跑的身影。大家推測鷹山就是兇手，並在警察到來前逃跑了。鷹山逃跑的方向有懸崖，結果在那發現了墜崖身亡的鷹山…。

清晨，步美在公園的花鐘前練習指揮棒。聽說有跟蹤狂出沒，柯南他們決定去看看情況。結果發現那名男子手持酒瓶，死在花鐘鐘面上數字 6 的白石附近。小五郎推測男子是喝醉失足，從觀景台墜落。但柯南卻推斷這並非意外，而是遭到某人殺害…。

從兩年前開始，每當保科瑠華子的生日將近時，就會收到威脅信。管家青梅委託小五郎找出署名為「時間守護者」的寄信人。小五郎與柯南、小蘭一同造訪宅邸。在賓客的注視下，瑠華子吹熄了生日蛋糕上的蠟燭。就在那一瞬間，傳來瑠華子的尖叫聲。急忙開燈後，發現瑠華子已經身亡…。

保科瑠華子在黑暗中被刺殺，輕邊作證說兇手可能穿著洋裝。柯南注意到陽台扶手和窗框上附著的血跡。就在這時，午夜零點的鐘聲響起。柯南看著大鐘，靈光一閃，識破了自稱「時間守護者」的兇手所設下的圈套…。

在黃金小巷的小料理店「皋月」。坐在最裡面的客人扇說要去店外的洗手間，小五郎、篠原和中村為了讓他通過而走出店外。中村去了香菸店，篠原說要去提款後便走入人群。小五郎則是決定抽根菸再回店裡。三分鐘後，當小五郎他們回到店裡時，發現老闆娘三島皋月已遭人殺害…。

柯南、小蘭、園子在合宿所努力進行瑜珈減肥。參加者出川敦子不斷抱怨，對老闆兼教練的里山月子、廚師飯盛薫以及朋友猪俣保子態度惡劣。晚餐前的瑜珈課，敦子回到了房間。之後，人們發現留下了遺書氣絕身亡的敦子…。

小五郎受邀出演人氣節目「世界第一等名師授課」，和柯南、小蘭一起來到日賣電視台。演出者們聚集在攝影棚進行彩排。第二堂課的講師山崎哲史，現場示範了爆米花機。就在那之後，身為演出者之一的演歌界泰斗君島伸郎，他所擁有市價高達數億日圓的清朝花瓶被人偷走了…。

在「世界第一等名師授課」的彩排過程中，清朝的花瓶被盜，小五郎推斷是山崎所為。山崎雖然承認偷了洋子的手帕，但他並不是偷走花瓶的犯人。之後，本間提著一個大包包試圖離開攝影棚。小五郎判斷是本間把清朝花瓶放進包包裡想帶走，但是…。

柯南、小五郎、小蘭因為一個偶然的機會，認識了中北楓和她的司機須坂衛子，並被帶到人稱「紅葉御殿」的片寄王三郎宅邸。據說楓因交通事故失去雙親，最近才被王三郎收養。與人約好下午三點見面的王三郎，卻在房間裡被人毒殺。柯南根據現場狀況，推斷犯人就在附近，但是…。

王三郎在自己的房間裡離奇死亡。這是在柯南位於庭院、小蘭位於走廊的情況下發生的一樁密室殺人案。小五郎著手解讀王三郎留下的暗號。柯南解讀出了一部分暗號。就在那之後，傳來了野笛的尖叫聲。接著柯南他們發現了後背中箭身亡的野笛。更有甚者，被小五郎懷疑是犯人的荻人也從懸崖上摔了下去…。

柯南和小蘭，以及鄉鎮雜誌的記者梨田正在岡山觀光時，認識了一位喪失記憶的女性。柯南一行人決定以她畫的八張素描畫為線索，追尋她的記憶。途中，一位自稱是她朋友的香苗出現，因而得知該名女性是吉瀬万由子。万由子是一起事件的目擊者，香苗希望她能為成為嫌疑犯的哥哥圭吾的清白作證…。

万由子險些被不明人士綁架，但被柯南設法擊退了。柯南一行人再次確認剩下的五張素描，發現其中一張畫的是吉備津神社的鳴釜神事。去了神社之後，他們根據目擊證詞前往倉敷。万由子的記憶也一點一點地恢復。就在此時，万由子再次險些被不明人士擄走…。

新年一早，約好要和感冒的柯南玩歌牌的光彥、步美、元太、灰原打了視訊電話過來。這時，一個年紀相仿的男孩浦船正男來訪。正男求救說有不認識的傢伙到他家裡，但話才說完，他的父親和母親就出現並把他帶走了。目睹了整個過程的柯南，察覺到那兩個人並不是正男的父母…。

正男中斷了歌牌遊戲，和母親一起去廁所。灰原判斷正男去廁所是為了給他們解開暗號的時間。她著手破解正男拿到的「る」、「こ」、「に」、「て」這四張歌牌所組成的暗號。同時，她也用電子郵件將暗號等資訊傳送給柯南。之後，灰原解開了暗號，並意識到正男說的是實話，但是…。

小五郎和柯南來到一家以「好吃到死」為宣傳口號的拉麵店。店長小倉和工讀生彩代試圖趕走上門的房地產公司社長西津。之後，西津剛才去過的隔壁理髮店老闆谷中也來到店裡。西津在惡言相向一番後，吃了拉麵便開始痛苦掙扎，最後真的氣絕身亡了…。

土地開發商西津在吃下拉麵後立刻痛苦地斷氣身亡。嫌疑人是店長小倉、工讀生彩代，以及隔壁理髮店的店長谷中。毒物是從西津左手的拇指和食指、他用過的筷子，以及他座位上方的桌子檢測出來的。柯南注意到三名嫌疑人身上的物品，但他們似乎都沒有攜帶可以裝毒藥的容器…。

柯南、小蘭和園子來到杯戶飯店。就在他們找到想去的咖啡廳時，從停車場傳來了巨大的聲響。柯南趕到停車場，發現電話詐騙案的主謀上住倒在地上，頭部流著血。在來程的巴士上和柯南他們同車的世良現身，並指出這是一起殺人案。原來世良和柯南一樣是個偵探…。

電話詐騙案的主謀上住從飯店跳樓自殺了。但是，柯南和偵探世良推斷他是被某人所殺害。柯南注意到上住所使用的輪椅上的刮痕。接著，他從現場的狀況識破了兇手殺害上住的詭計。幾乎在同一時間察覺到兇手的世良，在大家面前披露了自己的推理。聽了她的推理後，柯南…。

女作家光井、湯地和二瓶來到偵探事務所。緊接著，澤栗勳拿著手槍現身。澤栗的妹妹未紅是他們三人的社群網站好友。上個月，未紅在溫泉旅館割腕自殺。澤栗認為是這三人中的某一個殺害了她。當時在阿笠博士家的柯南透過電話得知了事務所的狀況，並打算解決這起事件。

澤栗發現小蘭的手機正在通話中，但柯南使用變聲器扮演工藤新一，並向澤栗承諾會解決案件。柯南從證詞和資料中逐漸接近事件的真相，也注意到了未紅取綽號的規律，從而識破了兇手。事務所外有特殊搜查班SIT待命，特殊急襲部隊SAT也正伺機狙擊兇手…。

澤栗試圖殺害光井。柯南（新一）從電話中阻止澤栗，並告訴他光井並非兇手。未紅的出道作結局是看到死神幻覺的連續殺人犯最終自殺，澤栗因此察覺到未紅也是看到了死神的幻覺後自殺，因而動搖。警方趁隙將澤栗逮捕，但這其實是為了阻止澤栗犯案而編造的假推理…。

服部平次與和葉來到東京。和葉順道去了家庭餐廳，平次則先前往偵探事務所。之後，和葉打電話來說，廁所裡有一名男性死亡，引起了巨大的騷動。世良提議藉由這個案件來一場對決，看看工藤和平次誰才是更厲害的名偵探。平次比柯南更早察覺到死者是中毒身亡，暫時領先一步…。

為了查明在輕井澤別墅被殺害的設計公司社長——若松耕平一案的真相，平次與和葉來到東京。柯南和平次他們一同拜訪了耕平的本家，並從其妻子芹香口中問到了案發當天的情况。覬覦下任社長位置的育郎，在吃下椎名和藤波帶來的年輪蛋糕後，立刻痛苦地斷氣身亡…。

米原出面作證，表示耕平的死亡訊息是一個「S」。之後，柯南與平次發現本家的浴室磁磚和別墅、大阪家裡的磁磚是同一款，看著磁磚識破了兇手的詭計。與此同時，正在別墅進行調查的大和警部等人也注意到了同樣的事情，並找到了耕平留下的死亡訊息，但那卻是出乎意料的文字…。

柯南與平次從佐竹等人的對話中得到提示，識破了兇手毒殺育郎的詭計。正如柯南他們所預料的，從育郎房間的門把上檢測出了疑似兇手塗抹的粉末狀毒物。柯南推斷毒物沾在了兇手的拖鞋上。正當柯南等人認為芹香很可疑時，卻發現芹香已在書房服毒身亡…。

柯南與平次發現育郎在吃年輪蛋糕前洗過手，因此察覺到他手上沾有毒物的推理是錯的。育郎房間門把上附著的毒物只是偽裝。柯南一行人雖然識破了犯人及殺害芹那的手法，卻遲遲找不到證據…。

柯南和元太等人在阿笠博士家做咖哩。這時，話題聊到了阿笠博士幾年前買的一個壺。阿笠博士很在意壺的價值，便將請求鑑定的影片上傳到影片網站。然後，柯南等人外出購物時，獨自在家裡的阿笠博士遭到不明人士襲擊，還發生了步美被綁架的事件。步美的手機收到了來自犯人的郵件…。

柯南認為犯人就在看了壺的影片後，來到阿笠博士家的年輕姊妹、中年夫婦、無禮的親子這三組人之中。之後，柯南發現犯人正在尋找的貓，和影片網站上妃英理的貓長得驚人地相似。接著，聽完步美被擄走時的狀況後，柯南識破了犯人真正的目的…。

柯南、小蘭和園子受邀參加在世界大賽中獲勝的巧克力師傅——辻元，其店裡的開幕典禮。典禮進行中，桌布突然起火燃燒，辻元全身被火焰吞噬而喪命。弓長警部認為這是一場不幸的意外，但柯南卻識破了犯人偽裝成意外來殺害辻元的巧妙科學手法。

柯南一行人在看完電影的回家路上，發現一輛遭人闖入偷竊的汽車。車內天花板上被人用紅色噴漆寫著「去死」，而受害的竟是千葉警官的車。根據交通課的由美所說，同樣手法的闖空車竊案已經發生了3起，千葉是第4位受害者。嫌疑人鎖定為當時在停車場的名和、德子、福地這3人…。

闖空車竊案的嫌疑人鎖定在名和、德子、福地這3人身上。柯南確認了從各種角度拍攝的受害車輛照片。果不其然，如柯南所推理，上個月有一位高中老師的旅行車發生了事故。從由美那裡聽取了事故的詳細情況後，柯南察覺到竊賊下手的車輛有其共通點，並識破了3名嫌疑人中誰是犯人，設下了陷阱…。

柯南和小蘭偶然遇見了一位名叫桐谷的公寓房東，他說他認識小五郎。聽說稍後小五郎會過來，柯南一行人便造訪了桐谷的住處。然而，出現在那裡的卻是模仿小五郎的大學生恩田。之後，隔壁公寓發現了住戶傳川的屍體。柯南認為犯人就在住戶坂内、石龜、兵頭之中…。

柯南確信犯人就在坂内、石龜、兵頭之中。柯南從桐谷那裡聽說了電視頻道被亂轉時的情況，識破了殺害傳川的犯人所用的手法。坂内等人逼迫恩田展現他的推理。柯南向恩田解釋說，他已經從真正的小五郎那裡聽到了案件的真相。恩田聽從柯南的指示，開始結結巴巴地進行推理。

柯南一行人來到山梨縣，拜訪阿笠博士的老友龍太郎。與龍太郎會合後，柯南一行人在休息站稍作停留，並遇到了與龍太郎發生爭執的池田，以及過去曾欠債的慶。晚上，當柯南他們在採集昆蟲時，龍太郎遭到不明人士襲擊，一座鎌倉時代的佛像被盜。池田和慶被列為嫌疑人，但柯南卻…。

柯南一行人前往圖書館的途中，光彥撿到了一張手繪地圖。地圖上畫著四戶人家，每戶都標註了藤木、香月、大賀、江口等姓氏。柯南等人拜訪了香月家，得知香月榮太郎昨晚在地下人行道身亡。之後，地圖遭不明人士偷走，柯南懷疑犯人就在他們拜訪過的三戶人家之中。

柯南、小五郎、小蘭偶然遇到了正在和附近居民閒聊的立野壽巳男巡查。就在那時，國分貴和子從附近的房子裡走出來，柯南注意到她的手上有血。在貴和子走出來的房子裡，大岡善吉被人殺害，現場留下了用血寫下的「K」字死亡訊息…

千葉刑警收到了常在咖啡廳遇到的美緒的求助，她說自己正被人盯上性命。千葉便與柯南一行人一起前往美緒的住處查看。之後，柯南等人聽到警笛聲趕到美緒的房間。在那裡，一名持刀男子仰面倒地身亡。美緒成了這起事件的加害者。目暮警官認為很可能是正當防衛，但柯南卻…

伴場和初音的婚禮前夜派對正在舉行，小五郎帶著柯南、小蘭一同前去祝福。途中，初音前往美甲沙龍。當伴場打電話給初音時，她說了句「再見了」並暗示要自殺。緊接著，停車場的一輛車起火燃燒，並在車內發現了初音的遺體。根據初音假指甲上附著的皮膚進行DNA鑑定，伴場成了嫌疑人。

初音在爆炸的車輛中被發現時已成焦屍，她的未婚夫伴場成為嫌疑人。調查過程中發現，過去初音在聽說自己與伴場的身世後，曾面露愁容。原來，他們倆在嬰兒時期於同一起飯店火災中獲救，在身分不明的情況下被同一間教會撫養長大。柯南在聽完這段故事後，察覺了事件背後悲傷的真相…

柯南等人因緣際會下，開始尋找據說藏在小蘭空手道社學姊——鏡堂奈奈美家宅邸中的寶藏。在鏡堂家的庭院裡，矗立著一座黑暗之塔。這座塔沒有入口也沒有窗戶，傳說中裡面藏有寶藏，已成為都市傳說。柯南等人向奈奈美的哥哥阿透打聽消息。隨後，他們發現了已斷氣的美佐子。美佐子倒下的樣子像是從塔上墜落的。

柯南等人找到了通往黑暗之塔的入口，並進入一個如同鏡子世界的隧道。在外面，目暮警官等人正在對阿透和阿望進行偵訊。長瀨則不知不覺間消失了蹤影。柯南獨自進入塔的內部，發現了一個排列著紅、藍、綠色按鈕的操作盤。柯南看到藍色按鈕上黏著美佐子的假指甲，從而識破了事件的真相…

樫塚圭從前幾天去世的哥哥的遺物中找到一把置物櫃鑰匙，並委託小五郎幫忙找出那個置物櫃。在約定的日子，小五郎收到一封自稱是圭的男子發來的郵件而出門。在此期間，該男子以偵探事務所人員的名義與圭見面，並將她捆綁起來，不斷追問鑰匙的事。柯南聽了圭的證詞後識破了謊言，但是…

為了借廁所，柯南等人進到了圭的房間。這時，安室發現房間裡被裝了竊聽器，並著手找出安裝位置。之後，小五郎在一個房間裡發現了一具男性屍體，安室推斷圭是害怕事跡敗露而逃跑了。與此同時，柯南喝了圭給的果汁後陷入了沉睡…

圭的真實姓名是浦川芹奈。她並不是被銀行搶匪殺害的賢也的妹妹，而是和賢也同在一家銀行工作的女友。芹奈計畫向三名搶匪復仇。在偵探事務所廁所裡發現的真正的圭，其實是搶匪之一。芹奈將搶匪鎖定為倫子、榮繪、隆代這三名女性。柯南和芹奈一同拜訪了這三人的住處，但是…

拜訪了倫子、榮繪、隆代的住處後，柯南雖然知道了誰是那個瘦削的搶匪，但他告訴芹奈自己不能說。柯南認為芹奈在殺掉搶匪後會自殺。之後，柯南在芹奈答應會自首後，才告訴了她誰是搶匪。然而，有個人正在偷聽柯南的對話。那人正是手持手槍的瘦削搶匪…

柯南一行人受在露營地認識的紺野宅司與純夏夫婦之邀，前往他們家中作客。宅司和純夏發現手機不見了，便出門尋找。在中庭找到手機的步美往客廳裡一看，竟發現純夏正要拿刀刺向宅司。柯南等人趕到客廳時，卻看到胸口中刀的純夏倒在地上…。

灰原哀偶然拍到了步美去送手機時的影片。柯南在確認影片時，發現手機裡有語音留言。柯南聽到留言最後純夏開玩笑般地說了一句「停住了嗎？」，從而找到了這次意外的真相。之後，純夏的手術順利結束，預計幾週後就能出院，但宅司卻消失了…。

小五郎、柯南、小蘭來到大濱海岸，由教練今岡汀教他們衝浪。從海裡上來後，柯南等人和汀的丈夫今岡海四郎聊了天。之後，因為低氣壓的影響，海上風浪變大，衝浪也因此中止。隔天早上，柯南等人到沙灘散步時，發現了汀的屍體。小五郎判斷這是在洶湧的海上發生的不幸意外，但是…。

小五郎、柯南、小蘭來到長崎旅行。在那裡，正在拍攝一齣偵探坂本龍馬挑戰殺人事件的電視劇。但是劇本尚未完成，據說在還不知道犯人是誰的情況下就開始拍攝了。編劇巽耕作從飯店失蹤，但隔天卻寄來了後續的劇本。之後，發生了一名工作人員被打的事件，讓拍攝現場氣氛變得緊張…。

柯南得知蝴蝶夫人曾由歌劇家三浦環與喜波貞子扮演過，確信這與小蘭的角色「みうら屋のお貞」有某種關聯。警察懷疑在附近被目擊到的巽耕作就是犯人。在這種情況下，又發生了漣兆次郎在觀景台附近被巽毆打的事件。隔天，柯南以拍攝場景為線索，逐漸接近事件的真相…。

柯南和小蘭拜訪了園子的朋友砂田善三的西式洋房，參觀了溫室裡的​​金鯱仙人掌。長子康之和次子尚樹也出現在那裡。善三重寫了遺囑，表示不會把遺產留給兒子們。之後，柯南等人前往溫室前，看到手裡拿著遺囑的康之。而在溫室裡，善三已經氣絕身亡…。

光彥等人受笛本隆策所託，將一個據說是高木刑警送的包裹轉交給佐藤警官。包裹裡放著一台平板電腦，畫面上是嘴巴被貼上膠帶、脖子被套上繩索的高木刑警。高木被綁在離地數公尺高的木板上睡著了，情況非常危險，只要一翻身掉下去就會被吊死…。

光彥想起笛本奇怪的用詞，並向佐藤報告。柯南發現那是北海道的方言，判斷是其中一名自殺者，來自北海道的英文老師娜塔莉‧來間的相關人士綁架了高木。接著，松本管理官將嫌犯鎖定為領取娜塔莉遺體的英語會話教室上司，笛本隆策。佐藤等人前往笛本潛伏的公寓，但是…。

高木腳下木板的背面被設置了定時炸彈。柯南等人根據影像判斷高木在北海道，目暮和佐藤便搭乘直升機前往北海道。但是，光靠影像線索卻找不到高木。隔天，柯南識破了犯人為了不讓地點曝光所設下的詭計。距離爆炸的時間一分一秒地逼近…。

柯南、灰原哀、沖矢和高木刑警偶然撞見出版社社長兼總編輯的勝本從公寓墜落的現場。勝本曾同時發送一封郵件給荻野、香、袖崎，內容是「有本事就來殺我啊，我會開著房門等著，看我怎麼反將你們一軍」。三人都對勝本懷恨在心，因此他們其中一人將勝本推下樓的可能性很高。

在柯南的催促下，目暮警部進行了泡沫、蒸氣與煙的實驗。實驗證明，三個人不可能在十分鐘以上完成犯行。但是，柯南在聽完三人離開房間時的說詞後，察覺到了某件事。接著，柯南想起小五郎在窮學生時代做過的事，識破了誰是犯人。柯南再次進行實驗，將犯人逼入絕境，然而…。

連續發生兩起爆裂物被送到府、造成人員受傷的案件。警方逮捕了犯人，也鎖定了正在運送最後一顆炸彈的貨車，但卻發生了意想不到的麻煩。剛從融資公司搶走錢財的搶匪，在毫不知情的狀況下偷走了裝有炸彈的貨車。柯南與少年偵探團一同追蹤貨車，但…爆炸的時間正一分一秒地逼近。

柯南一行人與阿笠博士一起參觀正在籌備中的冰雕節會場。在冰雕家鹽田正在作業的主廣場上，村長山口和秘書小木現身。對祭典持反對意見的山口，正計畫在此地建設休閒設施。隔天早上，下榻在冰製旅館的山口被發現已成為一具遺體。

清晨，高木警官在超越晨跑中的秀子時，撿到了一個波士頓包。裡面裝有三千萬日圓。不久後，一位自稱平沼的失主現身。但是，柯南察覺到平沼在說謊，調查現場後識破了平沼是故意遺落提包，想讓秀子撿到。原來兩人與15年前發生的某起案件有關…。

委託小五郎調查男友外遇後，從石階上摔落身亡的笹森薰。她的哥哥隆司懷疑薰的男友柘植就是兇手。三個月後，小五郎接到柘植的聯絡，說要告訴他犯人是誰，於是便與柯南、小蘭一同前往山中的柘植畫室。抵達後，柯南一行人在畫室裡發現了頭部流血、已無生命跡象的柘植。

小蘭、園子和世良在巷弄裡發現了氣絕身亡的高市勳。雖然高市極有可能是因肝硬化導致靜脈瘤破裂而死，但世良看到地上的血字「死」，推斷這是一起獵奇殺人案。這個現場與優作唯一放棄的十年前案件現場極為相似。優作曾斷言，會留下「死」字的殺人犯今後將不再出現，然而…。

世良提議打電話給新一，聽聽他的推理。小蘭在電話最後，將昴先生拜託她轉達的一句話告訴了新一。新一以此為線索，找出了案件的真相，並要小蘭前往今天早上的案發現場後便掛斷了電話。之後，柯南以「這是從新一那裡聽來的」為開場白，開始闡述這次與十年前案件的真相…

專門經銷美國車的公司職員接連遭到襲擊。小五郎遵從犯人的指示，帶著裝有現金的公事箱搭上賞花遊船。柯南則追蹤著船的去向。犯人指示小五郎將箱子放到船頂上。之後，就在柯南跟丟船的短時間內，船頂上的箱子便消失無蹤…。

柯南與小蘭造訪西澤的公寓，在浴缸中發現了溺斃的西澤。由於從電腦中發現了遺書，目暮警部判斷其自殺的可能性很高。但是，小五郎認為在找到被搶走的現金之前，案件就不算解決，因而繼續搜查。柯南在漁夫的協助下，推斷出犯人的逃亡路線，並一步步接近案件的真相…。

柯南、小五郎一行人來到了京都。當天開始販售的梅原名產「京之鳥」巧克力口味，共200個，從五間伴手禮店全數消失。這天是前任社長的忌日，其中一位師傅認為是前任社長在作祟。原本，「京之鳥」只有紅豆口味。據說前任社長並不喜歡現任社長推出的抹茶口味。

柯南、小五郎、小蘭來到由百合香的丈夫健吾和友人水町共同經營的諏訪山釀酒廠。經營餐廳的山口也為了簽約而前來。健吾反對這項合約，認為會降低葡萄酒的品質。之後，柯南等人發現健吾的遺體在儲酒室裡。警方懷疑水町是兇手，但是…。

地區中心的花壇遭到破壞的事件發生。步美等人正與職員岡村、山崎修復花壇時，經營花店的奧田前來送貨。懷恨在心的奧田與岡村和山崎發生爭執。晚上10點，柯南等人夜巡時發現頭部流血的山崎遺體。柯南察覺到現場可疑之處，於是…。

小五郎受矢內美咲之託，希望重新調查姐姐渚的自殺事件。在設有高中、大學的矢內清美學園，演劇社顧問兒玉春惠和美咲本人目擊了曾是大學生的渚上吊現場。儘管如此，美咲仍堅信姐姐並非自殺。柯南認為只要查看現場就能發現什麼，於是重現了事件當時的情況，但是…。

柯南等人在郊外的河灘遭遇了UFO墜落事件。隨後發現岩淵的遺體被壓在UFO下而身亡。這架UFO是物理學博士小沼正在開發中的東西。柯南等人調查了小沼的研究所，震驚的事實逐漸明朗。這場UFO騷動是一起牽扯到大藏這個放貸者的隱藏資產的複雜事件，但是…。

柯南、元太、光彥、步美、灰原哀搭乘阿笠博士的車來到群馬的露營場。元太、光彥、步美和灰原哀去撿柴火。這時，元太等人目擊一名男子正在埋葬女性遺體的現場。元太等人被兇手發現後，慌忙逃進附近的木屋。警方發現了女性遺體，柯南得知元太等人被捲入事件中。

山村警部向宇佐木、米住、岩隈詢問情況，但無法查明誰是兇手。之後，柯南和世良以阿笠博士的話為線索，察覺到遺體女性用手指所指的含義，並識破了兇手。此時，一名戴著兜帽、手持斧頭的神秘女性出現在木屋的門口。神秘女性手持斧頭，逼近元太等人。

柯南等人搭乘目的地不明的貝爾崔快車。據說這列火車上準備了推理問答。火車從東京車站發車後，柯南發現一張寫著自己被選為偵探的卡片。卡片上寫著要調查在7號車B室發生的事件。柯南等人往7號車B室一看，一名戴著兜帽的男子向乘客室橋開槍。之後，才發現推理問答尚未公布。柯南判斷這是真實的事件，於是返回7號車B室，但是…。

室橋在8號車B室斷氣。柯南思考著兇手為何用假的指示卡將室橋轉移到8號車，並推理兇手使用了只有在8號車才能使用的詭計。8號車是次郎吉的朋友、一位資產家為了讓家人能舒適乘坐而特別訂製的車廂。但在首次運行的一個月前，資產家的一場派對發生火災，一家人幾乎都喪生。倖存者只有小蓑、住友和四位客人。小五郎推理這次事件是一場與火災相關的復仇劇，但是…。

小五郎推理這起殺人事件是一場與火災相關的復仇劇。正如小五郎的推理，8號車A室的能登、C室的安東、D室的小蓑、住友以及E室的出波都是火災的倖存者。柯南在拜訪E室時察覺到什麼，進而接近事件的真相。此時，在6號車，燒傷的男子與世良相遇。世良誤以為燒傷的男子是赤井，但是…。之後，柯南將所有人召集到8號車的通道，並對小五郎發射麻醉針。「沉睡的小五郎」的推理秀就此拉開序幕。

當柯南正追查兇手時，6號車E室裡工藤有希子與雪莉（苦艾酒）正在對峙。雪莉為了引出灰原哀，在8號車B室準備了煙霧彈。不久後，8號車B室冒出濃煙，柯南等人誤以為發生火災，便往前方車廂疏散。接著，變回雪莉樣子的灰原哀出現在空無一人的8號車。雪莉料定灰原哀會反其道而行，前往8號車。此時，波本出現在灰原哀面前。

來到園子別墅的柯南、小五郎、小蘭，因緣際會下前往剛認識的大學生桃園琴音的別墅。之後，石栗回到自己的房間，柯南也在石栗的房間休息。過了一會兒，石栗的房間傳來巨大的聲響。被聲音驚醒的柯南，發現了已經喪命的石栗。門和窗戶都被鎖上了，柯南判斷這是一起密室殺人案，但是…

橫溝警部進行偵訊，確認了大家的行動。桃園、梅島、高梨在午餐前後都去過石栗的房間。高梨坦承和石栗吵過架。小五郎判斷這三個人都有殺害石栗的動機，而安室則認為大家都有犯案的機會。柯南根據新發現的現場狀況和小蘭的證詞，識破了犯人的詭計…

在刑警時期被小五郎逮捕的前銀行搶匪冰室，打電話向小五郎預告：「現在開始，將會因為你而死人」。同一時間，曾是冰室手下的沼尾從廢棄大樓墜落當場死亡。冰室因為沼尾的背叛而被捕，小五郎推斷是冰室懷恨在心而殺害了沼尾。之後，小五郎因為冰室的陷阱而陷入困境…

柯南、阿笠博士、元太、步美、光彥、灰原哀搭上了公車。元太注意到大樓屋頂上有兩名男子在互相拉扯。元太還目擊到其中一人將對方從屋頂推落的瞬間。元太看到那一瞬間是兩點，緒方墜落後，薰立刻在兩點十分左右撥打119報案，但不可思議的是，緒方竟然花了十分鐘才墜落到地面…

在施工現場的鐵管堆下，發現了已經喪命的豬俣。用來固定管子的束帶有人為切斷的痕跡，小五郎認為是殺人事件。高木警官向相關人士金田、村瀨、野島進行訊問。之後，現場發現了一把小刀，小五郎懷疑刀子的主人金田就是兇手。但是，柯南再次調查了現場的狀況…

柯南、平次等人重新調查了一起可能是自殺的密室殺人案。然後柯南他們解決了案件。住在同一棟公寓的股票經紀人布浦也牽涉其中。之後，柯南他們在電梯內目擊了布浦用手槍射穿自己太陽穴的場面。高木警官判斷是自殺，但平次卻斷定是他殺。

柯南與平次拜訪了嫌疑人陸奧、余田、井筒的房間，並識破了誰是兇手。然後，柯南與平次以小五郎的話為提示，注意到了詭計的謎團。之後，柯南與平次請高木協助，重現了布浦在電梯內用手槍射穿自己太陽穴的瞬間。平次在大家面前揭穿了詭計，並將犯人逼入絕境…

大瀧警官受平藏所託，前往一棟家族因遺產繼承而爭執不休的洋館。柯南與平次，和小五郎、小蘭、和葉一起追隨大瀧而去。因遺產繼承而爭執的家人聚集在洋館的一個房間裡，小蘭與和葉去叫在自己房間裡睡覺的迫彌。接著小蘭她們打開棺材蓋後發出尖叫。裡面躺著胸口被木樁刺穿、渾身是血的迫彌。

迫彌的行蹤依然不明。這時，實那、岸治、瑠莉、条平的手機都收到了來自迫彌的群組郵件，內容是「到餐廳集合」。柯南與平次調查了迫彌的房間，發現了地板下的秘密通道，也識破了靈異照片的詭計。然後，柯南與平次從古賀那裡聽到了意想不到的事實，某個人物作為嫌疑人浮上檯面。

柯南與平次召集了岸治、瑠莉、實那、条平、古賀，進行詭計的解謎。柯南他們認為迫彌是犯人之一，並推斷好幾個小時不見人影的守與是共犯。這時，接到守衛的聯絡，說森林裡有人死了。在森林裡被綑綁、勒死的是守與。之後，柯南他們雖然鎖定了犯人，但是…

平次聯絡群馬縣警，報告發生了新的殺人案件。通話中，柯南注意到自己的膝蓋上附著了什麼東西。那是調查森林中的屍體時沾到的泥巴，但不知為何泥巴裡混有鹽分。柯南與平次從通話中察覺到了原因，識破了犯人的手法，但是…犯人卻襲擊了下一個目標…。

收到一封匿名信，稱能面美術館館長的性命正受到威脅，小五郎、柯南、小蘭為此造訪美術館。果真如信中所說，モヨノ、清閑寺、誠之助試圖偽裝成意外來殺害館長，但被柯南等人阻止。接著卻發生了赤座遭毒殺的事件。柯南懷疑モヨノ是犯人，卻在不知清閑寺是共犯的情況下，將此事告訴了他…。

在古井附近確認下一個要殺害治三郎的機關時，誠之助被一位戴著鬼女面具的人物所殺害。在誠之助墜落井裡的同時，機關的滑輪轉動，使得地爐房間的能劇人偶倒向炭火。柯南、小蘭、小五郎試圖從被火焰吞噬的地爐房間逃脫，但出入口卻被堵住了…。

小五郎、柯南、小蘭來到位於靜岡的別墅，受到別墅主人——懸疑小說家海堂千賀、其丈夫海堂悠一，以及徒弟志村幸子的迎接。隔天早上，住在別館的柯南一行人前往大家所在的主屋，卻發現幸子、悠一、千賀分別在不同的房間裡斷氣身亡。三人的死因皆為服毒。所使用的毒藥全都不同，聽到這點的柯南…。

在咖啡廳裡，遥所持有的白金門票被偷，當時在場的園子和小蘭遭到懷疑。隔天，洗刷冤屈的小蘭和園子與柯南一同前往店裡時，遥也出現在那裡。遥懷疑這家店的員工是犯人。柯南一行人前往請假的雅子的公寓，發現雅子頭部流血，已經氣絕身亡…。

兩天前，熊紋食品發生竊案，一個熊本熊布偶和存有機密資料的USB隨身碟被偷。犯人指定交易地點，要用裝有USB隨身碟的布偶交換一千萬日圓。交易中止了，而那時，因為一個意想不到的插曲，犯人和混血少年高森ジャスティン的布偶被調包了。

犯人將ジャスティン連同裝有USB隨身碟的布偶一起擄走，並要求一千萬日圓，說交易地點會再聯絡。之後，查明了潔西卡的丈夫，高森直人的公司。直人是與熊紋食品同業界的大廠「ヒゴフーズ」的員工。柯南與少年偵探團、井上一起尋找ジャスティン，並逐漸將犯人逼入絕境，但是…。

流浪貓「大尉」跳進了冷凍宅配車的貨櫃裡。柯南與光彥、元太、步美、灰原哀為了救牠也跟著進入貨櫃。宅配業者A和B沒有注意到柯南等人，便開動了車子。柯南在貨櫃內發現了一具男性屍體。犯人極有可能是A和B，柯南想辦法對外聯絡求救，但是…。

因為流浪貓「大尉」會去白羅咖啡廳討食物，所以柯南心想，只要把寫有暗號的收據夾在牠的項圈上，梓小姐應該就會注意到。大尉在貨櫃門打開時逃到了馬路上。柯NAN調查剩下的宅配貨物，發現一個要送到阿笠博士家的蛋糕。柯南也想在這個蛋糕上動手腳留下訊息，但是…。

收到了怪盜基德的預告信，他將盜取寶石「臉紅的人魚」。博物館的展示室裡有個大水槽，「臉紅的人魚」被黏在水中游動的烏龜背上。到了預告時間，地板的地毯突然被魚線捲起，將水槽完全覆蓋。接著魚線斷裂，地毯落下。水槽裡的烏龜和寶石都消失了。

基德預告的犯案時間一到，寶石「赤面人魚」便消失無蹤。柯南從聽小蘭說地毯被捲起前，手機螢幕瞬間變黑這件事中，察覺到了什麼。變裝成某個人物留在現場的基德，犯下了一個天大的誤會。柯南為了揭開事件的全貌，朝著小五郎發射了麻醉槍，但是…。

柯南、小五郎、小蘭在公園發現了斷氣的廣瀨奈奈。地面上留下了「ナ」的死亡訊息。與奈奈約好見面的未婚夫左門治作證，案發前收到了奈奈說要跟前男友右田利彥見面的簡訊。奈奈的訊息極有可能是寫漢字「右」或「左」的途中，因此右田與左門成為了嫌疑人。

柯南一行人前去觀看「點心對決秀」的錄影。節目內容是以指定水果製作點心來一較高下。水果被裝在寶箱裡，直到錄影前都處於保密狀態。評審武木懷疑有人事先將題目洩漏給冠軍栗村。當主持人劍崎打開寶箱的鎖時，裡面竟是武木的屍體…。

柯南一行人確認了倉庫前的監視器影像。前一天晚上來到倉庫的有製作人樽岡、助理導播降谷、以及美食總監春日三人。目暮警官將嫌疑人鎖定在這三人身上。之後，柯南與世良從小五郎不經意間的對話中得到提示，識破了打開鎖的詭計，也察覺到了犯人是誰…。

小五郎、柯南、小蘭受邀前往往年的大明星白川美鈴的宅邸。買東西回來的女僕中西優香在家門前發生了意外，美鈴對優香大發雷霆。之後，柯南注意到二樓發生了火災。柯南等人前去搭救，但美鈴已因濃煙窒息而死。雖然大家都認為是意外，但柯南卻懷疑是殺人事件…。

柯南和阿笠博士等人來到模型嘉年華。天才模型師北島和他的戀人麗香也出現在會場。旁邊則是模型師森下的展覽。之後，在會場的休息室裡發現了斷氣的北島。當時在休息室的模型雜誌記者廣戶作證說，他來採訪時北島就已經死了。麗香、森下、廣戶浮上檯面成為嫌疑人，但是…。

交通課的苗子接到櫻子的電話，說她當幫傭的家裡有人死了。柯南一行人前往伊丹永信的住處。寢室裡，他的妻子上吊身亡，並留有遺書。伊丹在與妻子吵架後外出，回家後才發現屍體。交通課的由美認為是自殺，但柯南卻察覺到可疑之處。而且，案發現場的鄰居竟然是由美的前男友。

警方查明，在永信和櫻子外出後，有個蒙面的可疑人物出現在公寓。之後，遺書的筆跡鑑定結果出爐。寫下遺書的確定是知代子本人。目暮判斷為自殺。柯南反駁說這不是自殺，知代子是被人殺害的。要解決這起事件，關鍵就在於那封字跡潦亂的遺書…。

柯南、小蘭、園子出席了畠山財閥家主畠山優與伊藤美帆的婚禮。美帆的弟弟伊藤善文看著幸福的美帆，感動不已。疲憊的美帆先行回到下榻的小木屋後，人們在別墅的停車場發現了胸部中彈、氣絕身亡的優。就在此時，河的對岸也傳來了槍聲…。在那裡，美帆也同樣胸部中彈身亡。

柯南和少年偵探團、阿笠博士來到了一間擠滿賞花客的神社。茱蒂老師也來到了神社賞花。柯南一行人因緣際會下認識了坂卷重守、弁崎桐平、段野賴子。弁崎說兩、三天前曾見過赤井。之後，柯南的手機接到了阿笠博士打來的電話。阿笠博士向柯南求助，說他目擊了一起殺人事件。

上南大學推理研究社的畢業學姊香織來到了偵探事務所。這天，為了慶祝同樣是推理研究社的畢業學長姐結婚，將要舉辦一場派對，但她卻因為無法解開邀請函上所畫的地圖謎題，而不知道派對會場在哪裡。柯南對於香織一個令人不解的舉動感到在意。隨後，柯南也注意到了香織前往婚禮派對的真正目的…。

小五郎、柯南、小蘭受邀到熱愛偵探的英介家中。英介非常喜歡小五郎，甚至為他製作了一座銅像。英介打扮成怪盜K，挑釁小五郎說「來抓我啊」，一場鬼抓人就此展開。然而，在鬼抓人途中，英介被發現時已經氣絕身亡，目暮警官判斷是意外死亡。但是，柯南卻懷疑這是一起偽裝成意外的殺人案…。

柯南一行人與淺川信平在一起時，認識了信平的祖母香奈惠。當時香奈惠正在遛狗。幾天後，柯南他們拜訪香奈惠的家，卻發現她已經遭到殺害。曾向香奈惠借錢的信平因而成為了嫌疑人。注意到現場可疑之處的柯南，在香奈惠與狗的散步路線上進行打聽，逐漸接近事件的真相…。

調酒師柚嬉委託小五郎，希望他能解開一個奇妙的謎團：工作時會聽到「砰」的一聲，緊接著就會飄來柚子的香氣。隨後，發生了客人薄田被人刺傷頸部窒息而死的案件。懷疑的目光轉向了他在公司的三位下屬——實夏、初村和小暮。柯南注意到三人作為薄田的生日禮物帶來的物品…。

實夏、初村、小暮身上並未持有凶器或毒物，目暮警官等人為了找出凶器和毒物，決定再次搜查店內。柯南無意間抬頭看了天花板，並發現了某件事。接著，他發現小五郎的鞋底黏著一個像是口香糖的證物。柯南以此證物為線索，識破了犯人殺害薄田的手法…。

世良接受了大學生留海的委託，調查她的男友攝津是否外遇。留海懷疑攝津和前女友和香藕斷絲連。小蘭受世良之託進行臥底調查，與留海等人共進午餐。但是，和香沒有出現在約好的地點，於是大家便前往和香的房間查看情況。結果，小蘭在浴室發現了倒下的和香。和香已經被某人殺害…。

柯南以照片為線索，逐漸接近事件的真相。世良主張和自己在一起的留海不可能犯案，但又補充說，如果小蘭發現的屍體不是和香的話就另當別論了。世良假設是留海偽裝成和香的屍體，並逐步揭露留海是如何殺害和香的手法…。聽了這番推理的柯南卻…。

柯南和步美、元太、光彥、灰原哀一同觀看足球比賽。柯南對於大阪BIG隊前鋒真田總是只用左腳射門感到奇怪。比賽時，真田向國小四年級的幸舉起了右手。坐在幸身旁的深澤看到兩人的互動，表情變得僵硬。柯南察覺這三人間發生了什麼事，並認為這影響了真田的表現…。

發生了美月被專門襲擊女性並搶奪包包的連續搶劫犯「帽T男」襲擊的事件。正好在附近的柯南、小五郎、小蘭抓住了帽T男，救了美月…。事後，在案發現場附近，發現了美月的室友陽子的屍體。柯南對於其他受害者都是整個錢包被搶走，唯獨陽子只有錢包裡的現金被拿走這點，感到了不對勁…。

柯南、小五郎、小蘭、園子、世良在輕井澤的保齡球館與京極真會合後不久，數學老師道子出現了。道子為同行的體育老師丹波酒後向京極找碴一事道歉。隨後，丹波的屍體在停車場的流動廁所裡被發現。山村警官因為京極曾被丹波找過麻煩，又沒有不在場證明，便認定他就是兇手並將他上銬…。

道子坦白她的妹妹和丹波曾有婚約。然而，丹波的父母反對這門婚事，道子的妹妹投海自盡。砂見是道子妹妹的同班同學兼摯友。柯南在垃圾桶發現某樣東西後，調查了廁所。看到燒焦天花板的柯南，識破了丹波命案的精巧機關和兇手…。

次郎吉收到了基德寄來的預告函，預告要奪取寶石「綠色皇帝」。次郎吉將警備任務交給了四百戰全勝的空手道高手京極真。預告當天，博物館的展示室裡，京極真將「綠色皇帝」掛在脖子上獨自一人警備。基德寄來了給京極真的信，柯南思考著這封信的意圖…。

博物館收到了基德寄來的大量熱顯影信件，柯南推理其目的。京極真讓大家撤離展示室，並警告說進入者將被視為敵人並加以制伏。來到走廊的柯南調查信件，發現了什麼。預告時間一到，館內燈光熄滅。走廊上麻醉瓦斯瀰漫。機動隊員們一個接一個倒下，柯南伸手去拿防毒面具，但…。

柯南一行人認識了隔壁班的則也，並決定去則也借住的研究生敏成的公寓玩。到達公寓後，從停車場回來的敏成的尖叫聲從走廊傳來。趕到現場，隔壁的4號房裡，打工族安富被刺中心臟和腹部，已經斷氣。柯南根據3、4號房的狀況懷疑敏成是兇手，但…。

高木前往便利商店打聽消息，發現半年前發生交通事故時，安富從現場逃離。肇事司機撿回一命，而遭撞身亡的正是敏成的姊姊美伽。柯南再次確信敏成是兇手。柯南以則也腳上像被捏過的痕跡為突破口，識破了敏成的不在場證明詭計…。

來到海邊的柯南、元太、光彥、步美、灰原哀認識了瀧口幸太郎和奈央夫妻，並受邀在停泊的遊艇上用餐。幸太郎說他透過在家裡的游泳池特訓而學會了游泳。幸太郎向海邊的柯南一行人揮手後，跳入海中卻溺水身亡。柯南對幸太郎是否真的學會游泳抱持疑問…。

波羅咖啡廳接受了雜誌採訪，店員梓和三花貓大尉登上了雜誌。於是看了雜誌後，自稱是大尉飼主的人出現了。柯南察覺到會出現三位飼主，是因為大尉是隻特別的三花貓。接著，雖然順利找到了真正的飼主…。但幾天後，那位飼主卻捲入了事件…。

柯南一行人去見大尉，在臥室發現頭部流血倒地的公司社長益子。房間呈現密室狀態。佐藤警官和高木警官根據現場情況判斷為意外。之後，證實小吃店老闆娘露口、前員工麻生、小說家漆屋都曾造訪過房間。柯南聽了三人的話識破兇手後，也識破了密室詭計…。

小蘭去空手道社的學姊彌生所住的合租屋玩。彌生和靖子、鈴木、克子一起合租。之後，小五郎和柯南來接小蘭時，發現克子在二樓自己的房間裡，頸部流血身亡。目暮警官懷疑是第一發現者、且對克子懷恨在心的鈴木是兇手，但柯南卻…。

世良帶著柯南、小蘭、園子前往委託人所在的出租別墅。別墅裡聚集著高中時期戶外活動社的朋友們。15年前，附近別墅發生了妻子刺殺丈夫的事件。妻子沾滿返濺的血，被稱為「赤女」，至今仍在逃。委託是尋找與「赤女」相關惡作劇的犯人。然而，當柯南和世良調查森林時，事件卻發生了…。

發現薄谷的遺體後，長野縣警的上原刑警推斷犯案時間是在小蘭她們注意到浴室的蒸氣之後，到進入浴室之前的這段時間。任田堅稱殺害薄谷的兇手只有紅衣女…。在搜查進行中，柯南和世良利用番茄和鹽進行實驗，從而推斷出犯人。之後，本不應存在於世上的紅衣女出現在出租別墅裡…。

柯南一行人確認了奇妙事件的照片，上原注意到 12 年前聰子失蹤那天的照片。大和警部從當時在紅衣女事件現場的前警官那裡問出了新的事實。柯南和世良從大和那裡聽到了新的事實後，確信自己的推理是正確的，並揭穿了殺害薄谷的犯人及手法…。這時，紅衣女再次從窗外現身…。

搞笑藝人Dodonpa六助到派出所自首，稱自己殺害了所屬的天藤演藝經紀公司社長——天藤英樹。然而，隨著搜查的進行，供述內容的矛盾之處接連浮現。並且在真正的犯案時刻，Dodonpa的不在場證明也成立了，證明他不可能犯案。Dodonpa坦白了自己想成為犯人的理由，但柯南卻對某件事感到在意…。

柯南對過於完美的不在場證明感到不對勁，加深了對Dodonpa的懷疑。就在這時，警視廳接到一通自稱是犯人的女性打來的電話。柯南從便利商店店長、畫家小泉那裡聽取了證詞，識破了巧妙的不在場證明詭計。柯南召集了相關人員，對小五郎發射了麻醉槍。沉睡的小五郎推理秀即將拉開序幕…。

柯南、小蘭、園子三人前去參觀住在飯店的世良的房間。在世良房間所在的30樓走廊上，編輯A、B、C正在等待被關在飯店裡專心寫作的小說家火浦京伍的原稿。之後，發生了住在火浦房間正下方的助手水無月千秋被殺害的事件。火浦的不在場證明堪稱完美，但柯南和世良卻…。

水無月千秋在飯店裡被勒死。從水無月的行李箱中發現了一張蓋有20年前郵戳的明信片。寄件人是火浦，但收件人並非水無月，而是一個叫做大田純的人。那正是火浦連載的小說《電話與海與我》中女主角的名字。之後，柯南和世良從高木不經意的一句話中，識破了火浦的不在場證明詭計…。

為了協助地方振興活動，小五郎、柯南、小蘭來到了金澤。柯南一行人與觀光聯盟的谷本、宮澤，以及活動公司的田所、倉西、秋山一起，如同正式導覽般一邊解著暗號，一邊巡遊各個打卡景點…。就在導覽即將進入尾聲時，發生了秋山被不明人士襲擊的事件…。

抵達金澤21世紀美術館後，柯南確認了從秋山包包裡掉出的四張暗號卡。接著，柯南推測出秋山重新寫下另一組暗號的理由。柯南解讀出秋山在卡片中隱藏的真正訊息。之後，為了將襲擊秋山的犯人逼入絕境，柯南設下了一個「反整人計畫」…。

柯南和元太、步美、光彥、灰原哀正前往公園。這時，他們撞上了一名被刑警們追趕的可疑男子。男子掉落的手冊上寫著「E2」和「麻」的字樣。柯南推斷這是毒品交易的時間和地點。但是，暗號並沒有被完全解開。光彥打電話給服部平次，希望他能協助解讀暗號，並一起思考交易地點和標記…。

撿到毒販手冊的柯南一行人，與在大阪的服部平次通電話，合作解讀暗號。雖然碰頭的信物是白玫瑰，但在那裡卻有著面露凶光的男子、戴著髮飾的女子，以及金髮戴鼻環的輕浮男三人。輕浮男開心地和遠山和葉聊天，讓服部平次很不開心。接著，距離交易時間已經過了一分鐘…。

柯南和元太、步美、光彥、灰原哀、阿笠博士一起參加堤無津川風箏大會。輪到少年偵探團隊和廉野咖啡廳隊放風箏時，拿著風箏後退的廉野卻不慎滑倒，背對著掉進了堤無津川。不會游泳的廉野溺水了，雖然被救起但仍意識不清、情況危急。柯南懷疑這不是意外，而是一起案件。

柯南識破了犯人和手法，卻沒有證據可以證實。就在此時，灰原哀和步美前來搭話。灰原哀說她聽到了有人試圖竊聽的事，而步美則坦承自己弄丟了手機。柯南期待手機裡留有犯人的證據。他故意用嫌疑人能聽到的音量說，弄丟的手機當時正在錄音，所以應該錄下了撿到手機的人的聲音…。

柯南和阿笠博士、元太、步美、光彥、灰原哀一同前往一間民宿，受到經營民宿的三姊妹迎接。用餐完畢後，三女兒樹里發現自己的藥沒了，她的戀人雅彥便前往鎮上的醫院幫她拿藥，但醫院卻聯絡說雅彥並沒有來。柯南一行人決定出發尋找失蹤的雅彥。最後在懸崖下發現了已斷氣的雅彦。

買完東西回家的路上，灰原哀突然消失了。原來，灰原哀去拜訪了與她關係很好的滿，卻在家中被強盜監禁。灰原哀被塞住了嘴巴。滿的嘴巴則被膠帶封住。一直開著的電視正在報導新聞，說滿的前夫檜垣直志被人殺害了。柯南聽了灰原哀的描述後，識破了不在場證明的詭計…。

正在放學途中的柯南、步美、元太、光彥、灰原哀面前，突然出現一名被警察追趕的男子。男子抱起步美當作盾牌，對她小聲說了些什麼後，便失去意識昏倒了。調查男子的錢包後，發現裡面有關於政商界醜聞的報導。千葉警官等人判斷，該名男子可能因為這起事件而被人盯上性命。柯南等少年偵探團也決定著手調查此案…。

英理住院了，柯南、小蘭和小五郎前去探病。安室也來到了醫院。在安室前來探望楠田陸道的同一家醫院裡，高坂樹里也正在一間單人病房住院，而她的高中同學們前來探病。不久後，走廊傳來樹里等人的尖叫聲，病房裡的伶菜已經身亡。柯南鎖定了犯人，並開始進行推理…。

在杯戶中央醫院發生了探病訪客須東伶菜被殺害的事件。死因是氰化物類毒物造成的窒息死亡。目暮警部等人懷疑犯人就在一起喝紅茶的四位同學之中。柯南聽了小蘭不經意的一句話後，解開了犯人設下的詭計之謎。伶菜漂浮在花草茶上的檸檬片，正是詭計的關鍵。

柯南、小蘭、步美、光彥、元太、灰原哀和阿笠博士來到了米花水族館。這裡是對小蘭來說充滿回憶的水族館，讓她回想起了新一的身影…。新一注意到某種氣味而環顧四周時，發現在加油站打工的朱本已經死亡。新一曾用朱本的手機打電話和發送郵件，他向當時無視這些聯繫的三個人進行詢問…。

新一和目暮警部決定向被害者朱本曾聯絡過的尾城那穗、中桐鹿子、仁部浩大進行訊問。三人出示了可做為不在場證明的影片，但目暮判斷那是別人拍攝的影像。新一對於犯人為何在明亮的海底隧道犯案感到好奇。之後，新一從與小蘭不經意的對話中察覺了原因，並逐漸將犯人逼入絕境…。

鈴木美術館正在舉辦孟克展。學藝員沼尻表示《吶喊》已經確認完畢，正在運送途中。不久後，沼尻報告說載著《吶喊》的車子突然消失了。館長擔心這會演變成國際問題而憂心忡忡。就在那時，載著《吶喊》的車子延遲抵達，《吶喊》安然無恙。新一透過電話解開了事件的謎團…。

小五郎應目暮警官的要求，對強盜集團進行臥底調查。小五郎偽裝成開金庫的專家，與首腦 Mr. Head 對話。Head 已經識破了小五郎的真實身份。據說殺害他兒子的兇手就在他的部下之中，Head 要求小五郎找出那個兇手。如果在時限內未能找出兇手，殺手就會殺害小蘭。

柯南與身份曝光的小五郎和 Eyes、Nose、Mouth、Lip 一同前往強盜集團首腦 Head 等待的倉庫。Head 告訴小五郎要讓他揭穿殺害自己兒子的兇手。一年前，他的兒子 Pimple 潛入一間賭場，並在那裡遭到殺害。柯南看了監視器影像後發現了可疑之處，便給了小五郎一些提示…。

柯南一行人遇到找到了失竊腳踏車的銀髮偵探團的四位老人。隔天，發生了一名叫黑田的年輕人被殺害的事件。第一發現者就是銀髮偵探團。光彥等人對於他們接連立功感到奇怪，於是開始調查銀髮偵探團。他們發現偵探團是一個月前成立的，而在招募成員的時候，一位名叫城戶的老太太意外身亡。

小五郎受畫家青木悟的妻子小碧委託，尋找失蹤的丈夫。柯南看到最後收到的一幅畫，畫著昏暗的海、海灘上拍打著泛著青白光芒的波浪，充滿奇幻色彩，由此推斷青木在富山灣。結果發現了一具水屍。根據民宿老闆阿林的證詞，判斷兇手是知道青木民宿房間的人。於是，有三個人成為了嫌疑人…。

柯南與茱蒂見面，請她不要對外洩露關於楠田陸道的事。這時，茱蒂接到高木警官的聯絡，得知自己的朋友、杯戶國小老師夏子被人從樓梯推下，身受重傷、意識不清。柯南推斷夏子是在學校遇襲。於是決定向她的同事菅本、家長植野和神立打聽情況…。

茱蒂的朋友、杯戶國小老師夏子被人從樓梯推下，身受重傷、意識不清。柯南等人再次向她的同事菅本、家長植野和神立詢問情況。安室和柯南確認了夏子批改的考卷照片後，已經察覺到誰是兇手。之後，柯南和安室一邊出示照片，一邊揭穿了兇手的罪行…。

茱蒂和柯南聽說夏子的病情惡化後趕往醫院。這時，安室正在向卡邁爾詢問楠田的事。就在卡邁爾回答說不知道之後，茱蒂出現了。卡邁爾回答說他沒有說過楠田自殺的事，但眼前的茱蒂卻是苦艾酒變裝的。與苦艾酒會合後，安室推斷赤井還活著…。

安室確信赤井還活著，於是前往工藤家拜訪沖矢。在來葉山道，一名男子頭部被手槍擊中，連人帶車被燒毀。安室懷疑來葉山道的屍體就是楠田。這時，茱蒂也坐在卡邁爾開的車裡，和安室想著同樣的事。安室認定沖矢就是赤井，要求沖矢摘下口罩…。

在來葉山道，茱蒂搭乘卡邁爾駕駛的車輛，躲避公安的追捕。就在那時，赤井秀一出現，向公安的車輛開槍。茱蒂等人成功甩掉了公安，但赤井指示他們立刻回去。這時，待在工藤家的安室接到部下的聯絡，報告說輪胎被擊中了。赤井從公安那裡拿過手機，開始與安室對話…。

柯南一行人為了見園子的朋友近田詠美，來到了她的高中。詠美與同學開設的戀愛諮詢窗口「織女俱樂部」所設置的箱子裡，據說被放入了一封犯罪預告信。詠美坦白信上寫著「本日日落之時，TB 將迎來死亡！」，柯南等人於是分頭尋找可能是目標的學生…。

羽田秀吉與勝又力的名人戰即將舉行。第二天對戰前夕，秀吉從女性工作人員手中，收到一個信封，據說是一個奇怪的男人拜託她轉交的。信的內容竟是，他的戀人宮本由美已遭綁架的威脅信。秀吉解開第一局的暗號後，在明治神宮與柯南一行人會合。柯南解開了第二局的暗號…。

正在進行名人戰的羽田秀吉，收到了一封威脅信，內容是他的戀人宮本由美已遭綁架。柯南解開第二局的暗號後，來到位於幽靈坡的墓地。暗號指向的是福島正則的供養塔，塔後的將棋盤上，棋子被膠水黏住了。柯南從灰原哀等人的對話中解開了這個暗號，並確信由美就在杯戶町…。

柯南和小蘭、園子一起到飯店的泳池玩。飯店老闆的千金永美，懷疑自己的未婚夫左卷與同父異母的妹妹濱香有染。之後，濱香發現永美戴在脖子上的項鍊不見了。永美說要自己一個人尋找，命令大家離開泳池後，飯店服務生發現了溺斃的永美…。

在飯店泳池中，發現了大磯金融公司社長千金永美的屍體。目暮決定調查其未婚夫左卷、同父異母的妹妹濱香，以及飯店經理豐島的行動。泳池的櫃檯人員透露，最先回來的是豐島，接著是左卷，最後是濱香。柯南和世良看著泳池的排水口和牆壁，察覺到了誰是兇手。

小五郎與氣象預報員關根康美進行對談。當柯南一行人正要回家時，突然響起了「砰」的一聲，接著是「咻—」的聲音。隨後，傳來康美的尖叫聲和墜落聲。趕到現場後，發現康美已經身亡。小五郎推斷是意外，但柯南識破了兇手是利用助導浩子的惡作劇來殺害康美…。

米花堂超市的店員神崎，接到了兩次電話死亡威脅。小五郎判斷應該沒有人怨恨神崎，但在星期天，一名戴著頭套的男子，用菜刀刺向米花堂的吉祥物「米花PONG」的布偶裝後逃逸。被刺中的是代替神崎穿著布偶裝的下村。柯南聽了關於死亡威脅的詳情後，逐漸接近了真相…。

當小五郎一行人在家庭餐廳用餐時，服務生染谷和同事梨元發生了激烈爭執。坐在附近的小中千繪害怕地低著頭。三天後，高木警官將染谷押送回警視廳，但染谷在車內大鬧，導致警車嚴重損毀。柯南一行人從新聞上得知高木和染谷的消息後，決定去向梨元詢問情況。

在踢完足球的回家路上，步美注意到一個少年從巷子裡凝視著一棟公寓。上前搭話後，少年哭著說「阿姨被殺了」。房間內，編劇駒井保江上吊身亡。柯南因為死者腳下沒有墊腳物，推斷這是一起偽裝成自殺的謀殺案。目暮開始向來過房間的柴苅、阪場、幅中三人訊問…。

編劇駒井保江在自家公寓身亡。保江曾拜託一位少年，說會有三個男人依序來訪，如果他們離開後自己沒有出來，就代表自己被殺了，請他報警。來過房間的三人分別作證，說自己抵達時保江就已經死了。柯南聽完證詞後，調查了某個案件，並找到了事件的真相。

小五郎接受了一位女演員羽根木りょう的委託，她多次被人盯上，感覺有生命危險。任務是保護りょう，並找出兇手。在りょう和後輩レイナ參與的節目外景拍攝第二天，兩人正在湖邊拍攝散步的場景。小五郎和民間保全隊長土橋持續進行護衛，但這一連串的事件，卻浮現出可能是自導自演的可能性…。

放學途中，步美看到真壁家時，發現居民真壁純正搬運著用毛毯包裹的東西。真壁的臉上和衣服上都沾有血跡，而毛毯裡包著的正是他了無生氣的妻子百合。步美懷疑真壁殺害了百合，便和元太等人一同前往真壁家。柯南雖然指出不一定是殺人案，但在聽到真壁和一名年輕女性的對話後，也重新認為有案件的可能性…。

推理小說家上林長作在住商混合大樓A和B之間的小巷墜樓身亡。目暮警部認為他是從A棟窗戶敞開的走廊墜落的。此時小五郎和柯南正好路過。目暮判斷這是在作業時不慎失足的意外死亡，但柯南從窗戶往外看，注意到對面B棟的相同位置也有扇窗戶…。

小五郎接受女大學生中居芙奈子的委託，請他尋找打工族彥根一真。但是，芙奈子並不認識彥根，小五郎因此以不能協助跟蹤狂為由拒絕了她。柯南覺得很在意便跟蹤她，發現芙奈子去了彥根的公寓。之後，柯南確認了一本彥根留下的、名為犯罪計畫書的筆記本…。

柯南目擊了公司職員袋小路從大樓屋頂墜落的現場。正下方站著公司職員小松，如果被直接砸中將會非常危險。柯南朝袋小路踢出一球，讓他掉到垃圾堆上而獲救。隔天早上，目暮警部等人正在進行調查。目暮認為這是一起有人將袋小路運到屋頂再推下樓的殺人未遂案件。

放學後，柯南等人為了練習足球，前往阿笠博士朋友的宅邸舊址，卻發現警察正在進行調查。據說在舊址的游泳池裡發現了一具男性屍體。要進入舊址必須通過大門，而大門最後一次被打開是三天前。但是，推定的死亡時間是昨晚午夜之前。案件發生在一個沒有屋頂的密室裡。

地下錢莊公司社長佐伯建造與其妻弘子的五歲女兒禮奈遭到綁架。犯人警告說如果報警就會撕票，並要求將一億元贖金帶到米花中央公園。被指名負責運送贖金的是女管家鈴子。目暮雖然在裝有贖金的袋子、車底下以及鈴子的胸針上都裝了發信器，但綁匪早已料到這一點…。

小五郎帶著柯南和小蘭來到鳥取。參觀完砂之美術館後，他們移動到倉吉，並決定和鳥取縣警方的山根一起去當地的名門熊堂家看看。在家中的客廳裡，長子的妻子修子被綁住了手腳。隔天早上，柯南等人調查了家主熊堂巖、長女萬龜江、長子惣一以及次子淳二的不在場證明…。

鳥取的名門熊堂家的傳家寶香爐被盜。小五郎推斷犯人就是熊堂家的某個人：巖、萬龜江、惣一或淳二。柯南對直美刻意做作的不在場證明感到懷疑，於是前往直美的伯父足立工作的梨子館拜訪。柯南從足立那裡得知修子被人抓住了把柄，並察覺到修子被捆綁的原因。

四天前、兩天前，每隔兩天就在不同的兒童公園發生縱火案。柯南等人和為了抓到縱火犯而在去年同樣的現場埋伏的打工族釜石一同展開調查。為了重新調查案件而前往案發現場的公園時，發現看板和廣告上的文字被紅筆圈了起來。柯nan察覺到這一連串的記號代表著什麼…。

柯南阻止了一輛因煞車失靈而失控的車子所引發的事故。有人在煞車油管上鑽了洞，警方正朝著殺人未遂的方向進行調查。當時正在開車的細尾，正要去把持有的「二表之面」交給市川海老藏。據說海老藏將在下個月上演的「七面」中使用這個面具。銀行行長松原將保管的面具鎖在置物櫃裡，但是…。

在去見金子的途中被綁架的柯南醒來後，發現自己身處一棟正在進行拆除作業的大樓裡。柯南發現手機不見了，雖然打開了偵探臂章的開關卻沒有反應。他試圖靠自己的力量逃脫。小蘭等人因為聯絡不上柯南，便利用GPS確認柯南手機的位置，結果在巷子裡發現了掉落的手機。

小五郎、柯南、小蘭前來觀賞人氣腹語師天願理一的現場表演。原來是天願委託了小五郎一件工作。表演的劇目內容，是描述一位腹語師被夥伴的人偶奪走靈魂後殺害了妻子。表演結束後，小五郎等人前往後台休息室時，聽到了天願的弟子登川春臣與天願的妻子天願和子之間的對話。

人氣腹語師天願的妻子和子，被人用獎盃毆打致死。天願陷入多重人格狀態，出現了命令他殺害和子的人偶人格。天願坦承自己可能是在沒有意識的時候犯下了罪行。但是，目暮警部根據現場狀況，懷疑與和子有染的天願弟子登川才是嫌疑犯。

柯南和小蘭、小五郎、平次、和葉一同拜訪了長野的一家旅館。平次喝了當地的名產葛粉湯後，拿了一張照片給小五郎看。照片上是一個背著鐮刀的人，正跑過露天溫泉的熱水之上。平次指出，這很像會用鐮刀砍傷人的妖怪「鐮鼬」。此時，將這張照片刊登在雜誌上的作家中間，以及敵對雜誌的作家小柳出現了。

柯南、小蘭、小五郎、平次、和葉拜訪了拍攝到妖怪「鐮鼬」照片的旅館。作家中間和小柳也來到旅館進行採訪。接著，在昏暗的倉庫中，平次、小五郎和小柳的皮膚被劃傷，大家腦中都閃過了鐮鼬的念頭。在這之後，老闆娘高美的公公盆藏，在別館被人殺害。盆藏的胸口上插著一把鐮刀。

前來長野觀光的小五郎、柯南、小蘭正在參觀川中島古戰場遺跡。正在那裡為案件進行偵訊的大和警部、上原刑警、諸伏警部現身了，緊接著三枝警部、鹿野警部補、秋山巡查部長也趕到了。三枝、鹿野、秋山表示他們正要去搶劫犯的藏匿處。約好會合的班長竹田警部似乎還沒來，於是3人決定先行攻堅。

前來長野觀光的小五郎、柯南、小蘭，遭遇了長野縣警的竹田警部被殺害的事件。接著，又發現鹿野警部補在自家上吊身亡。大和警部的手機收到了來自鹿野的郵件，內容是「吾乃毘沙門天，是消滅啄木鳥的軍神」。大和將鹿野從繩上放下來，但他早已氣絕身亡。鹿野的額頭上也被畫上了X的印記。

發生了長野縣警的竹田警部、鹿野警部補、秋山巡查部長相繼遇害的事件。黑田搜查一課課長根據現場狀況，以殺害三人的嫌疑對大和警部發布通緝令。如果按照預告，犯人接下來還打算奪取另外兩人的性命。柯南為了尋找線索，向由衣刑警詢問半年前發生的銀行搶劫挾持人質案的詳情。

早上，柯南和小五郎、小蘭一起到白羅咖啡廳吃早餐套餐。安室透做完三明治後，店員榎本梓將三明治端給一位男客。男客吃完火腿三明治後，立刻看向吧台裡的安室。柯南對於這位舉止可疑的男客感到很在意。

柯南、元太、光彥、步美、灰原和阿笠博士一起來到米花威斯特飯店的蛋糕自助餐。當柯南他們正在吃蛋糕時，一架迷你獵鷹（小型的玩具直升機）飛了過來。掉在元太蛋糕上的迷你獵鷹，是女演員北見沙彌的東西。

柯南一行人在飯店認識了爭奪部落格人氣排行榜的女星北見沙彌與庄野杏奈。接著，將沙彌的秘密刊登在部落格上的杏奈在密室中被殺害了。柯南從現場狀況與眾人行動，懷疑沙彌就是兇手。柯南在504號房聽取沙彌的說詞後，推斷出進入杏奈房間的方法及兇器為何。

晚上，OL中島亞里紗和特林佩爾曼・蘇珊走在通往米妙寺的石階上時，一個全身散發青白光芒的奇異生物出現了。該生物自稱是宇宙人，亞里紗笑著拍下宇宙人與蘇珊並排的影片。就在這時，石階上方傳來一個男人驚訝的聲音說著「是宇宙人啊」。

小五郎接受鳥海財團少東鳥海的委託，尋找他失蹤的未婚妻元子。小五郎與柯南展開調查，發現元子在三天前的晚上，曾打電話告知房東要搬家，並向上司表示要辭職。查訪順利進行，柯南一行人見到了被認為是最後接觸者的茂美婆婆，並向她詢問詳情。

小五郎受託擔任人氣偶像歌手麗莎的保鑣，柯南和小蘭則去觀賞演唱會。演唱會才剛開始，就發生了戴著假面的兩人組企圖綁架麗莎的事件。混亂中，穿著同樣角色扮演服裝的小蘭被誤認成麗莎而遭到綁架。小五郎和柯南雖然追了上去，卻在途中跟丟了犯人…。

小蘭被誤認為人氣偶像歌手麗莎而遭到綁架。在犯人竹山與伊原的藏身處，留有他們和麗莎串通、策劃這起綁架案的社群網路對話紀錄。但是，柯南懷疑有另一名共犯假冒成麗莎。竹山將關著小蘭的冰箱非法棄置在山區。如果冰箱是密閉的，氧氣將會耗盡，情況十分危險…。

小五郎、柯南、小蘭在泡完溫泉回家的路上遇到颱風，只好和業務員穗刈、工廠老闆武上、背包客卡爾、議員秘書紀子、住在附近的老婆婆小舟、站長稻垣、站務員雅子等七人一同在車站過夜。小五郎從車站的溫泉出來後，發現上衣口袋裡多了一張紙條。

從米花金融搶走三千萬圓的宍戶在兩小時後意外身亡。宍戶在意外發生前，將三千萬圓藏在了某個地方。小五郎受到曇柄寺住持了全的委託，希望他找出打來威脅中止改建工程的犯人。小五郎認為威脅電話與消失的三千萬圓有關，並展開了各式各樣的推理，然而…。

從米花金融搶走三千萬圓的宍戶在兩小時後意外身亡。宍戶在意外發生前，將三千萬圓藏在了某個地方。小五郎受到曇柄寺住持了全的委託，希望他找出打來威脅中止改建工程的犯人。小五郎認為威脅電話與消失的三千萬圓有關，並展開了各式各樣的推理，然而…。

餐廳倉庫裡發現了老闆飛鳥的屍體，柯南懷疑兇手就在侍酒師山田、服務生鴻江、女服務生嶺子之中。目暮警部則加深了對第一發現者比護和洋子的懷疑。柯南注意到飛鳥睡覺時蓋的毛毯有可疑之處，並回想起嶺子等人的證詞，進而逼近事件的真相…。

在豪雨中，柯南等少年偵探團成員為了借廁所而拜訪了一間森林裡的洋房。柯南和屋裡的大哥與高個子交談後，察覺他們並非居民而是強盜。偵探團一邊躲避持刀的兩名強盜，一邊救出了被綁住的屋主雨宮真樹。柯南一行人與真樹一起在屋內四處逃竄。而真樹的丈夫雨宮翔則不知去向。

小五郎、柯南、小蘭來到一座公園，這裡的海與池塘相連，景色會隨著潮汐漲退而改變。柯南在退潮後出現的沉下橋上發現一名倒下的男子。遺體的脖子有被勒過的痕跡，小五郎從事件和意外兩方面來探尋可能性。公園管理員丹波作證說，早上退潮時並沒有看到屍體…。

小五郎、柯南、小蘭遇到了一起意外現場。一名叫八木沼的男子從立體停車場的緊急逃生梯上墜落身亡。當時在樓梯上方的美咲作證說八木沼襲擊了她。一週前，八木沼侵入美咲的家中，殺害了她的丈夫滝沢彰，並從保險箱搶走了價值一億日圓的寶石。小五郎推斷八木沼是為了封口而襲擊美咲，但是…。

柯南、小蘭、園子被世良帶到她常去的一家拉麵店。那家店就是在搬遷前曾發生過毒殺案的「小倉拉麵」。店裡有常客莊野由奈、水科宗輔、仲西修正在用餐。柯南對於這三個人使用大量調味料的行為感到很奇怪。三人離開後，店員彩代透露前幾天附近發生了搶劫殺人案。

一週前，犯人在殺害頓田後，逃進了「小倉拉麵」。嫌疑犯鎖定為當時在店裡的常客莊野、水科和仲西。案發後，與犯人擦身而過的由美前男友羽田作證說，犯人跑步時會發出奇怪的聲音。柯南聽了羽田的話後，靈光一閃。然後，柯南和世良調查了店裡廁所的馬桶水箱…。

由於米戶橋附近的河邊有目擊UFO的情報，柯南一行人便前往河邊觀測UFO。這時，「長井玩具店」的老闆長井正帶著討債的大城前往米戶橋。之後，在河邊的柯南等人發現了一個迴力鏢形狀的玩具和大城的屍體。柯南察覺到了UFO騷動的真相…。

小五郎、柯南、小蘭去看殭屍電影外景地的出租別墅時，服部平次與和葉也出現在那裡。似乎有一對情侶在這棟別墅附近撞倒了脖子骨折的殭屍，平次是為確認真相而來的。之後，為了拍攝殭屍電影續集的預告，電影工作人員們也來到了這裡。拍攝途中，製作人原脇不見了…。

柯南一行人在殭屍電影外景地的出租別墅裡，發現了身亡的製作人原脇。手機裡留下了原脇喝下氰化鉀的影片。會開車的只有已故的原脇。因為手機也沒有訊號，柯南一行人無法報警。晚上，因肚子痛而躺下休息的小五郎告訴小蘭與和葉，別墅周圍有殭屍。

在殭屍電影外景地的別墅中，繼原脇的屍體之後，又發現了身亡的恭子。手機裡留下了恭子被狀似殭屍的原脇咬住脖子的影片，而原脇的屍體已從房間消失。柯南與平次認為這次的案件和八年前的案件有關。然後，他們從衣櫥的機關識破了詭計和犯人…。

小五郎追著持有手槍的搶匪來到建築物屋頂。結果雖然警察逮捕了搶匪，但查明搶匪在逃跑途中已經把手槍丟掉了。有懼高症的小五郎，加上被開槍的恐懼，陷入了輕微的休克狀態。兩天後，因詐欺嫌疑被逮捕的期貨交易集團代表榊，在保釋後立刻被射中肩膀和腿部。這把手槍就是搶匪丟掉的那把。

小五郎和柯南目擊到秘書深海正拿菜刀刺向金融業者寶田的現場。但是，屍體其實在兩小時前就已經被勒死了。小五郎認為深海是在沒察覺對方已死的情況下刺下去的。原來是寶田收到了殺人預告，才找來小五郎。目暮警部推斷是金融詐騙的被害者向寶田復仇…。

小五郎、柯南目擊了深海將菜刀刺向寶田的現場，但屍體其實在兩小時前就已被勒斃。深海是在沒察覺對方已斷氣的情況下刺下手的。妻子美香沒有不在場證明，加上物證的發現，讓她因涉嫌勒斃而浮上檯面。如此一來，寶田的遺產將由鮫二繼承。柯南懷疑是鮫二陷害美香，便設下圈套試探鮫二。

小蘭、園子、世良為了組成女高中生樂團，和柯南、安室一起到練團室練習。在這裡，柯南他們遇見了女子樂團的吉他手染花、貝斯手兼主唱唯子、鍵盤手留海，以及鼓手萩江。之後，發生了在練團室小睡的萩江遭人勒斃的案件。其他三名成員被懷疑是嫌疑犯…。

在練團室發生了女子樂團成員萩江遭人勒斃的案件。樂團成員染花、唯子、留海被懷疑是兇手。目暮得知萩江經常與其他樂團發生爭執，認為也有可能是外部人士犯案。柯南向三人問話後，確認了她在們練團室練習的影片。柯南、世良、安室看了影片後，逐漸接近了案件的真相。

柯南、小蘭、園子來到國內最大的熱氣球大會。比賽中，冠軍水口慎吾的熱氣球被奧田晃宏的熱氣球猛烈撞擊，導致水口的熱氣球不斷下墜。就在那時，他的妻子水口有紗從熱氣球上墜落身亡。由於比賽前水口和奧田曾發生爭吵，警方懷疑奧田是故意撞上水口的熱氣球。

小五郎、柯南、小蘭在山中健行時，聽到了像是呻吟聲般的天狗叫聲。柯南一行人下榻於山腳的民宿，隔天早上決定去參觀鎮上指定的古蹟——天狗洞窟。這時，柯南發現一具戴著天狗面具、在天狗祠堂下上吊的屍體。那是鎮長真山。小五郎根據洞窟內無人的情況判斷是自殺，但是…。

上班族純子因涉嫌頓比町的殺人案而被逮捕。據說純子因不堪忍受被害者勝井的勒索，才犯下此案。但是，小五郎在犯案時刻於米花町目擊到純子。頓比町和米花町相距一小時車程，小五郎告訴目暮警官純子不可能犯案。不在場證明成立，純子雖然被釋放了…。

雨中，後巷傳來一陣沉悶的聲響。小五郎和柯南趕到時，發現菊池在停靠於十字路口附近的車子駕駛座上昏倒了。而在車子前方，流著血的堤已經氣絕身亡。醒來的菊池看到堤的屍體後大為驚愕。菊池和堤是公司的前同事。之後，從堤的外套裡發現了遺書，小五郎判斷這並非衝出馬路的意外，而是自殺，但是…。

小五郎開車載著柯南和小惠，行駛在沿海的國道上。半年前，禮美在自家的公寓裡上吊自殺。住在隔壁的小惠因未能阻止禮美自殺而自責不已。禮美一直使用假名躲避討債集團。柯南對於她最後卻用本名租屋一事感到懷疑。柯南還注意到了其他可疑之處…。

柯南、步美、光彥、元太、灰原哀和阿笠博士一起去米花百貨公司。此時，發生了位在頂樓高級餐廳的料理長細越，在樓梯間被奧客刺傷腹部的案件。柯南聯絡了分別在不同樓層的元太、光彥、步美，告訴他們犯人正利用樓梯逃跑。元太、光彥、步美雖然都看到了逃跑的犯人，但目擊證詞卻各不相同…。

在米花百貨公司發生了餐廳料理長細越被奧客刺傷的案件。嫌疑犯鎖定在自由工作者鎌屋、主婦充子、廚師宮台三人身上。雖然元太、光彥、步美都看到了犯人，但證詞卻兜不攏。柯南再次與元太等人交談，詳細詢問他們目擊當時的情況。然後識破了證詞之所以會出現分歧的理由，以及犯人究竟是誰。

在黑暗中，柯南突然醒來。與步美他們去購物的途中，柯南目擊到有人在某棟大樓的房間裡撬開金庫。那時，柯南被犯人襲擊，被關在一個長方形的箱子裡。與此同時，小五郎接受委託，正在尋找偷走唐橋集團會長唐橋剛太郎遺囑的犯人。

柯南遭到搶劫金庫的犯人襲擊，被關在棺木裡。小五郎正在尋找偷走剛太郎遺囑的犯人，並將嫌疑人鎖定在剛太郎的三個孩子身上。光彥從小蘭那裡聽說了小五郎受委託的案件，並推斷這與柯南目擊到的竊盜案有關。灰原哀他們察覺到柯南就在剛太郎的棺木中，但此時靈車已經前往火葬場了…

千葉刑警正在調查三個月前發生的一起不可思議的案件。在米花高中校園內，雜誌編輯中津的臉被壓入水泥中窒息而死。與屍體一同倒在水泥上的UFO狂熱者朽木被指控為嫌疑人。朽木否認指控，並聲稱是從UFO上下來的外星人漂浮著殺害了中津。

臉被壓入水泥中窒息而死的中津。一同倒在地上的朽木否認指控，並聲稱是從UFO上下來的外星人殺害了中津。監視攝影機也拍到了類似UFO的影子。柯南與千葉刑警等人拜訪了朽木的家，並向朽木詢問情況。此時，柯南在房間裡發現某樣東西，並察覺到朽木不可思議行為的理由。

由美看到將棋王將戰的新聞，才第一次知道羽田是一名棋士。幾年前，羽田交給由美一個信封，並告訴她在他集滿七個之前不要打開。一旁的佐藤刑警推測信封裡是結婚證書。今天早上，由美把夾著信封的雜誌丟到了垃圾場。由美她們立刻趕往垃圾場，但雜誌已經不見了。

管理員八塚藏起了信封裡的結婚證書，並在電腦上設定了8位數字的密碼。只要解開房間裡的暗號，輸入8位數字，就能得知信封的所在地。柯南認為這可能不是單憑一張就能成立的暗號，於是與大家一起尋找另一張暗號。途中，由美發現暗號紙不是手寫原稿而是影本。

小五郎帶著柯南、小蘭來到大分縣的別府溫泉。小五郎真正的目的不是旅行，而是要找出失蹤的仲代電器社長千金，仲代麻奈美。麻奈美很有可能是來別府見她的前男友早見裕之。同時，佐藤刑警他們正在大分追捕槍擊搶劫犯…。

仲代電器社長千金麻奈美被綁架，裝有一億日圓贖金的包包被綁架犯荻久保龍次用無人機取走。佐藤刑警他們也將荻久保視為槍擊搶劫犯追捕。荻久保打算與共犯裕之會合，分贓贖金。佐藤他們在荻久保與裕之會合前逮捕了他，但包包裡的一億日圓卻不知去向。

小蘭看著櫻花，回想起與工藤新一相遇的時候。13年前，小蘭在幼稚園被同班的男生欺負。那時，剛入園的新一向小蘭搭話。在唱歌時間，新一注意到幼稚園老師江舟一直盯著小蘭，感到疑惑。此後，新一也覺得江舟偏袒小蘭的行為很可疑。

13年前，在新一與小蘭相遇的幼稚園。新一將江舟老師偏袒小蘭的可疑行為告訴了優作和有希子。優作思考著江舟不可思議行為的理由。隔天，變裝後的優作前去觀察園裡孩子們的情況，並目擊到停在路邊的廂型車裡，司機拍著孩子們的照片，並露出了詭異的笑容。

柯南和園子來到京極在大阪修行的道場。道場館長高見是京極的恩人。柯南他們參觀少年部的練習時，梶芳前來要求簽署合約。之後，道場展示區裡重要的黑帶被偷走了。被懷疑是犯人的京極向高見提出比賽申請…。

小五郎和柯南應住在公寓四樓的早紀的朋友舞子、管理員吉江以及快遞員松田的求助，調查了房間。他們發現住戶前原及其妻子早紀的遺體。目暮警部根據現場狀況和所有人的證詞，推斷是早紀偽裝成搶劫犯殺害前原後，在假裝成受害者時不慎窒息身亡。

在高級住宅區的公園裡，發現了惹人厭的男子天城的遺體。遺體旁邊掉落著沾有血跡的町內會長番藤的診察卡，目暮等人於是前往番藤家中問話…。番藤喝下摻了農藥的酒，服毒身亡。高木刑警和千葉刑警推斷番藤在刺殺天城後，心生絕望而自殺，但…。

被刺殺的惹人厭男子天城的遺體被發現，嫌疑人町內會長番藤也喝農藥自殺。原以為番藤刺殺天城後心生絕望而自殺，但…。這次從番藤家中發現的遺留物中，大學講師千野浮上成為殺害兩人的嫌疑人。然而，柯南察覺到不解之處，並認為真兇是陷害千野的。

柯南等人在攀登雲丸山時，在住宿的山中小屋裡認識了榮子、蘆塚、林田和岳美。這四人是為了紀念三年前意外墜崖身亡的登山社夥伴元木的忌日而聚集。隔天早上，獨自在懸崖下帳篷睡覺的岳美被發現已遭殺害。深夜去附近山區取資料的氣象觀測站人員林田被懷疑是兇手，但…。

小五郎受純子委託，希望他能逮捕闖空門的犯人。此時，在公寓後方的停車場發現了住在純子隔壁的北上遺體。小五郎推斷北上是從自家704號房酒醉後墜樓身亡的意外。目暮警部等人調查了704號房，柯南對防盜措施萬全的北上卻沒有鎖玄關門感到疑惑。

不動產公司社長樋山在被殺害時手裡還拿著阿笠博士開發的剪刀，柯南和沖矢陪同阿笠博士來到現場。第一發現者是前零食店老闆仙波。這起案件，無論是被害者手持剪刀，還是現場水龍頭一直開著等細節，都與17年前的未解決案件極為相似。

不動產公司社長樋山在被殺害時手裡還拿著剪刀。這起案件的現場狀況與17年前的未解決案件極為相似。柯南和沖矢認為第一發現者前零食店老闆仙波就是犯人，但卻不明白兇器以及將兇器帶到現場偏僻處的方法。之後，柯南等人向玄關的兩名保鑣詢問…。

小五郎將與靈魂偵探堀田進行對談，於是和柯南前往飯店進行會面。小五郎等人與東都電視台的古栗會合後，前往堀田的房間，卻沒有回應。大約上午9點，小五郎等人請飯店服務員開門進入房間。小五郎從陽台目擊到有人影逃離。床上，堀田已經斷氣…。

小五郎、柯南以及東都電視台的古栗前往靈魂偵探堀田下榻的飯店402號房，發現了逃跑的犯人與被殺害的堀田。柯南回想起打開402號房門時的情景，並調查了房間中可疑的地方。柯南和世良已經鎖定了犯人。

小久保衛前往伯母小久保直子家中，發現了被殺害的直子。直子和女僕惠美兩人同住。案發當時，惠美外出購物不在家。後來發現，收集珍稀古書的直子曾向古書店老闆狹山購買過贗品。目暮警官認為衛、惠美、狹山之中有一人是兇手，但三人都有不在場證明。

柯南、小蘭、園子和沖矢前去參觀音樂家波土的演唱會彩排。波土打算在演唱會上將17年前創作的歌曲「ASACA」作為新歌發表，這讓柯南和沖矢的腦海中閃過RUM的身影。由於波土正在作詞，柯南一行人無法進入會場，正當他們與經紀人佳苗、唱片公司社長布施、雜誌記者梶谷交談時，安室和梓也來了。之後，消防隊員在舞台上發現了上吊身亡的波土…

音樂家波土被發現在演唱會場的舞台上身亡。目暮警官將佳苗、布施、梶谷視為嫌疑人。柯南看到波土的駕照，以及小蘭腳邊作為證物的繩子後，突然察覺到什麼。之後，柯南看到梶谷拍攝的進入會場的波土的臉，注意到某件事。柯南確認了從現場消失的物品後，與安室、沖矢一起調查舞台，識破了事件的真相以及兇手將被害者吊起的詭計…

柯南一行人偶然撞見玉木古書店老闆玉木裕次郎和兒子一朗正在爭吵。店鋪日漸老舊，一朗希望裕次郎能早點關店。幾天後，柯南他們來到古書店旁的公園。隨後，柯南等人發現古書店的書架像骨牌一樣倒塌了。裕次郎被壓在書架下倒地不起…

柯南、灰原哀、步美、元太、光彥到阿笠博士朋友的別墅玩，發現了受傷的頂尖駭客伊勢原。伊勢原是人稱「索羅」的強盜犯溝呂木的同夥，但因被視為叛徒而遭到追殺。柯南幫助了伊勢原，拚命逃離溝呂木及其同夥的追擊，但卻被逼到了懸崖邊。

柯南和伊勢原一起逃跑，但兩人都從懸崖上墜落。在與伊勢原從懸崖墜落的過程中，柯南從腰帶射出足球。柯南利用這顆球，和伊勢原一起滾進了懸崖正下方的洞窟裡。柯南請伊勢原協助，試圖阻止溝呂木新的犯罪計畫，但是…。

今年是織田信長進入岐阜城450週年。柯南、步美、元太、光彥、灰原哀和阿笠博士前來觀看岐阜市的紀念活動。晚上，柯南一行人觀賞了五人組成的摺紙戰隊「信長鎧甲」的表演。回到住處後，光彥獨自一人去向「信長鎧甲」要簽名，結果失蹤了。

柯南和小蘭應平次、和葉的邀請，來到靜岡的宿里村。村長殿輔為了請人幫忙挖掘德川埋藏的寶藏，除了平次之外，還邀請了考古學家道貴、歷史學家康克、小說家史繪、報導文學作家肇來到村裡。這是一個流傳著鵺傳說的村莊。晚上，大家住在村裡一間廢棄的旅館裡，但是…。

柯南、小蘭、平次、和葉為了幫忙挖掘德川寶藏而來到靜岡的宿里村。晚上，發生了康克被殺害的案件。康克的背上留有像是被野獸襲擊的爪痕，肇大喊著是鵺幹的。之後，詭異的叫聲再次響起，柯南等人所在的草叢各處燃起了火焰。

為了幫忙挖掘德川寶藏，柯南一行人來到靜岡的宿里村。晚上，康克和道貴相繼被殺害，身上留有彷彿被怪物鵺襲擊的傷痕。柯南與平次終於查明了事件的真相，並決定重現兇手的犯案手法。早上4點，平次說他已經識破了鵺的真面目，並將大家聚集到旅館門口。

小五郎為了解開不可思議佛像之謎，與柯南、小蘭一同來到方斗寺。據說正殿的十一面觀音像有時會自己轉向側面或後面，而每當那樣之後就必定會發生壞事。這天佛像也轉向了後方，住持福原榮鏡的妻子昌子和女兒由佳因此感到不安，擔心可能又有壞事要發生。

小五郎帶著柯南、小蘭來到製造機器人的久須美工機工廠。員工谷崎、堀內、一色之中，有人將零件盜賣給「明星工業」，小五郎接受了社長久須美的委託，要來查出犯人。到了晚上，小五郎、柯南、小蘭為了將洩漏情報的犯人以現行犯逮捕，而躲藏在工廠內，然而…。

鳥丸闖入奧米花町一戶民宅行竊後逃走。鳥丸在山路上推倒了前方的元太並繼續逃逸。之後，鳥丸在轉角處與權野猛力相撞，兩人雙雙滾落懸崖。鳥丸換上昏迷的權野的衣服，並讓權野穿上自己的衣服，企圖藉此將權野嫁禍為犯人。而撞到頭部失去記憶的權野則…。

柯南與小蘭、園子、世良一同來到百貨公司的泳裝賣場。柯南暫時離開，在經過女裝賣場「シムサ」時，目擊了店員南部、顧客二塚、顧客指原及其部下八卷四人正在爭執的場面。之後，當柯南與小蘭等人前往「シムサ」查看情況時，卻聽到了淒厲的尖叫聲。

在柯南等人所在的百貨公司女裝賣場更衣室中，女社長指原遭人勒斃。指原的左右手都留下了死亡訊息。目暮警部決定向店員南部、顧客二塚，以及指原的部下八卷進行訊問。已經對犯人有頭緒的柯南和世良，從與園子等人的對話中獲得提示，進而識破了其中的詭計…。

柯南、元太、光彥、步美遇到傾盆大雨，於是在一棟洋房借宿躲雨。屋主太田黑的妻子智惠子原本需要靠輪椅生活，但在兩個月前不慎墜崖身亡。太田黑表示，從半個月前開始，智惠子的靈魂便時常出現，而柯南等人也在宅邸內目擊到發出黃光的幽靈，以及會自行移動的輪椅。

十年前，年幼的工藤新一因一個偶然的機會，結識了前來做海水浴的赤井秀一一家人。之後，發生了一起汽車從懸崖墜入海中的意外。秀一懷疑這輛車與某起案件有關…。

十年前，發生一起搶匪的車輛從懸崖墜入海中的意外。其中一名搶匪從下沉的車輛中逃脫，並混入海水浴的遊客之中。赤井秀一在年幼新一的協助下，將嫌疑人鎖定在三人範圍內，然而…。

毛利偵探事務所收到了一本立體繪本和一支粉紅色的智慧型手機。這本繪本竟是連續炸彈案的預告信。犯人是已病逝繪本作者同父異母的哥哥，有製造炸彈前科的蛭川卓司。炸彈設置的地點成了一道謎語，柯南與小五郎、目暮警部、出版社總編輯朝永博之等人協力搜索被安裝的炸彈，然而…

毛利偵探事務所收到了一本立體繪本和一支粉紅色的智慧型手機，而這本繪本就是連續炸彈案的預告信。第三個炸彈設置地點的謎題是「７的正中間」。柯南等人思考著以７代表的事物，以及其正中間究竟是什麼。警方總動員，開始搜索名稱中帶有「木」、「綠」、「Fa」等字的地點、公司及學校，然而…。