คุณหมอฟ้าประทาน ซีซั่น 2

ชอนถือวิสาสะช่วยรักษาผู้ป่วยไร้บ้านจนทำให้เขากับจาเร็ดถูกมาร์คัสเพ่งเล็ง แคลร์พยายามโน้มน้าวเพื่อนร่วมงานให้ทำการผ่าตัดหัวใจในเคสที่มีความเสี่ยงสูง

ชอนไม่เห็นด้วยกับนีล ออเดรย์เสี่ยงถูกฟ้อง ส่วนแอรอนอยากเลือกหมอผ่าตัดด้วยตัวเอง

ขณะที่ต้องเปิดใจคุยกับมาร์คัสเรื่องชั่วโมงทำงานของแพทย์ประจำบ้าน แคลร์ก็ต้องมาช่วยนีลรักษาคนไข้ที่มีบุตรยาก ชอนตั้งใจว่าจะคอยดูแลแอรอนในระหว่างพักฟื้น

ชอนใช้ประสบการณ์ในอดีตช่วยวัยรุ่นคนหนึ่ง แคลร์ต้องมาพัวพันกับปมปัญหาในครอบครัวของสาวนักปีนเขาที่เจ็บมา ทางด้านแอรอนก็ต้องเผชิญโศกนาฏกรรมส่วนตัว

มีผู้ป่วยขอให้ชอนกับอเล็กซ์ช่วยปกปิดความลับไม่ให้สามีรู้ แคลร์กับนีลเห็นแย้งเรื่องแนวทางการรักษาผู้หญิงที่จำเป็นต้องเข้ารับการผ่าตัดหัวใจ

มีนักไวโอลินติดเชื้อที่นิ้ว แต่ชอนกับมอร์แกนเห็นแย้งเรื่องระดับความรุนแรงของโรค ทางด้านแคลร์ก็ได้ผูกมิตรกับผู้ป่วยสาวซึ่งมีปัญหาที่น่าสงสัย

แคลร์พยายามบรรเทาความเจ็บปวดของเพื่อนสมัยเรียนที่กำลังจะตาย ชอนกับมอร์แกนต้องเจรจาเงื่อนไขในการปลูกถ่ายอวัยวะระหว่างสองพี่น้องที่หัวแข็งด้วยกันทั้งคู่

ผู้ป่วยรายหนึ่งจำใจเผยความลับกับสามี นีล มอร์แกนและอเล็กซ์ก็ต้องพยายามหาทางรักษาเด็กชายที่ผู้ปกครองไม่ยินยอมให้ฉีดวัคซีน

นีล มอร์แกน และแคลร์รับมือกับผู้ป่วยที่ขอเข้ารับการผ่าตัดเพื่อยับยั้งความใคร่ที่มีต่อเด็ก

ชอนกับออเดรย์ต้องดูแลผู้ป่วยสองรายซึ่งแสดงอาการที่บ่งบอกว่าทั้งคู่เป็นโรคติดต่อที่อาจแพร่กระจายได้ทางอากาศ ทีมงานจึงต้องป้องกันไม่ให้เชื้อแพร่กระจายไปทั่วหน่วยฉุกเฉิน

ขณะที่โรงพยาบาลกลายเป็นเขตกักกันโรค ชอนก็ยังอ่อนไหวกับความวุ่นวายและเสียงอึกทึกจนคุมสติไว้ไม่อยู่ มอร์แกนก็ต้องพยายามยื้อชีวิตผู้ป่วยสุดชีวิต

ทีมงานโรงพยาบาลพยายามกลับมาใช้ชีวิตในภาวะปกติหลังจากพ้นช่วงกักกันโรค ขณะเดียวกันออเดรย์ก็พยายามฟื้นตัวจากไวรัสและประคับประคองความสัมพันธ์ครั้งใหม่

ชอนกับมอร์แกนพบผู้ป่วยที่มีเรื่องราวน่าฉงน ขณะที่นีล แคลร์และอเล็กซ์หาทางช่วยชีวิตผู้หญิงที่มีหัวใจเทียม

มาร์คัสพยายามโน้มน้าวให้ครอบครัวที่เพิ่งสูญเสียลูกสาวบริจาคใบหน้าของสาวน้อยให้เด็กสาวอีกคนที่ประสบอุบัติเหตุร้ายแรงจนทำให้ใบหน้าเสียโฉม

ปัญหาของชอนที่มักสื่อสารแบบขวานผ่าซากซ้ำเติมแม่ที่มีลูกน้อยป่วยหนักโดยไม่ตั้งใจ ทำให้หัวหน้าแผนกศัลยกรรมคนใหม่ชั่งใจว่าจะให้เขาเป็นแพทย์ประจำบ้านต่อไปดีหรือไม่

หัวหน้าแผนกศัลยกรรมคนใหม่ที่เชื่อว่าชอนสร้างปัญหามากกว่าประโยชน์พยายามหาทางโยกย้ายชอนออกไปจากแผนกศัลยกรรม

เมื่อชอนไม่มีโอกาสช่วยทีมในการผ่าตัดเนื้องอกที่มีความเสียงเกินคาดคะเน เขาจึงมาช่วยสืบหาสาเหตุเบื้องหลังอาการป่วยของเด็กทารกคนหนึ่งแทน

ชอนต้องเข้าโรงพยาบาลหลังเกิดเหตุทะเลาะวิวาทในบาร์ อเล็กซ์กับมอร์แกนมีมุมองต่างกันเรื่องอาการหลังผ่าตัดของผู้ป่วยหญิงชรา นีลกับออเดรย์เริ่มคบหาดูใจกันอย่างเปิดเผย