สตาร์ วอร์ส: เดอะ โคลน วอร์ส ซีซั่น 2

แคดเบนแฝงตัวเข้าไปในวัดเจไดและพยายามขโมยโฮโลครอนเจไดโบราณ

อนาคินและอาโซก้าเข้าสกัดยานรบของแคดเบน โดยหวังจะนำโฮโลครอนเจไดที่หายไปกลับคืนมา แต่เจไดประเมินความเจ้าเล่ห์พวกนักล่าต่ำเกินไป

แคดเบนได้รับมอบหมายภารกิจใหม่ นั่นคือการลักพาตัวเด็กๆ ผู้มีสัมผัสแห่งพลังทั่วทั้งกาแล็กซี และนำตัวพวกเขาไปหามุสตาฟาร์เพื่อฝึกฝนซิธ

แพดเม่สืบสวนเรื่องแผนร้ายของขบวนการแบ่งแยกในวุฒิสภาตามความต้องการของสภาเจได

อนาคิน อาโซก้า และคิอาดีมันดีนำทัพเพื่อทำลายโรงงานผลิตดรอยด์บนจีโอโนซิส พวกเขาจะต้องหยุดมันก่อนที่มันจะเริ่มทำงาน

ลูมินาร่าและอนาคินทำหน้าที่เป็นตัวล่อเพื่อล่อรถถังของศัตรู ระหว่างที่พาดาวัน แบริส ออฟฟี่ และอาโซก้าพยายามทำลายโรงงานดรอยด์ของขบวนการแบ่งแยก เหล่าพาดาวันจะพร้อมรับคำท้าหรือไม่

เมื่อลูมินาร่าหายตัวไป โอบีวันและคิอาดีมันดีนำกลุ่นโคลนเพื่อออกตามหาเธอ การค้นหานำพวกเขาไปพบกับถ้ำลึกลับ ที่ซึ่งเหล่าเจไดต้องเผชิญหน้ากับฝูงนักรบซอมบี้

เมื่อเบรนเวิร์มแห่งเจโนซิสเขายึดครองยานของพวกเขา อาโซก้าและแบริสจะต้องต่อสู้เพื่อหยุดการปล่อยโรคระบาดไปสู่กาแล็กซี

อาจารย์เจได เอธ คอทถูกจับเป็นตัวประกันและทรมานโดยนายพลกรีวัส อนาคิน โอบีวัน และ อาดี้ กัลเลียวางแผนการช่วยเหลืออันกล้าหาญ แต่ต้องมาค้นพบทีหลังว่านายพลก็มีแผนของเขาเองเหมือนกัน

ระหว่างที่ตามหาตัวนายพลกรีวัสบนดาวอันแสนไกล เร็กซ์ต้องเผชิญหน้ากับทหารโคลนหนีทัพ

เมื่อนักล้วงกระเป๋าจอมเจ้าเล่ห์ขโมยไลท์เซเบอร์ของอาโซก้าไป เธอจึงขอความช่วยเหลือจากเจไดในตำนาน ให้ช่วยตามหาอาวุธและทวงคืนเกียรติยศของเธอ

ระหว่างที่สืบสวนข่าวลือเรื่องแผนร้ายของดัชเชสซาทีนแห่งแมนดาลอร์ โอบีวันได้เปิดโปงความจริงเกี่ยวกับแผนการแมนดาลอร์สุดลึกลับ

ขณะที่เจไดและโคลนของพวกเขาปกป้องดัชเชสซาทีนจากการลอบสังหาร อนาคินก็ได้ค้นพบว่าโอบีวันและดัชเชสเคยมีเรื่องราวความหลังร่วมกัน

บนดาวคอรัสซอง ดัชเชสซาทีนถูกใส่ร้ายว่าเป็นผู้สร้างเดธวอทช์ กลุ่มกบฏของแมนดาลอร์ ขณะที่เธอกำลังหนีจากเจ้าหน้าที่ของสาธารณรัฐ ซาทีนและโอบีวันก็ได้ตรวจสอบเรื่องนี้

เมื่อวุฒิสมาชิกโอนาคอนด้า ฟาร์ ตายอย่างมีพิรุธ แพดเม่จึงออกตามหาว่าใครพรากชีวิตของคุณลุงคนโปรดของเธอไป

โอบีวันและอนาคินจะต้องส่งกองทัพไปที่คริสตอฟซิสโดยฝ่าป้อมปราการของขบวนการแบ่งแยก พวกเขาเผชิญหน้ากับพลเอกเทรนช์ ผู้บัญชาการของขบวนการแบ่งแยก และมีอุปสรรคอีกมากที่พวกเขาคาดไม่ถึง

อนาคิน โอบีวัน และอาโซก้าจับมือกับสี่นักล่าสุดโหดทั้งที่ไม่ไว้วางใจ เพื่อปกป้องชาวไร่จากฮอนโด โอนาก้าและกลุ่มโจรสลัดของเขา

อาวุธร้ายแรงชิ้นใหม่ของสาธารณรัฐได้ปลุกซิลโล่ บีสต์แห่งมาลาสแทร์ขึ้นมา เหล่าเจไดจึงต้องคิดหาวิธีเพื่อหยุดยั้งสัตว์ร้ายตัวนี้

เมื่อซิลโล่ บีสต์หนีไปได้ เจไดจะต้องเลือกระหว่างการช่วยชีวิตนับล้านชีวิตหรือกำจัดซิลโล่ บีสต์ตัวสุดท้ายของเผ่าพันธุ์

นักล่าอายุน้อยเปิดศึกกับอัศวินเจไดที่พรากพ่อแม่ไปจากเขา และทิ้งไว้เพียงความขมขื่นกับความเดียวดาย

เมื่อพวกนักล่านำทางอนาคินและเมซไปติดกับบนแวงคอร์ จึงเป็นหน้าที่ของอาร์ทูดีทูที่จะต้องดิ้นรนกลับไปที่คอรัสซองเพื่อแจ้งข่าวให้กับเจได

หลังค้นหาทั้งโลกใต้ดินของคอรัสซองเพื่อหาผู้ลี้ภัยตัวน้อย โพล คูนและอาโซก้าตามเขาไปถึงฟลอรั่มเพื่อการเผชิญหน้าสุดระทึก