Z pamiętnika młodego detektywa: Sezon 1

Hajime Kindaichi uczęszcza do liceum Fudo, w którym krążą plotki o siedmiu tajemnicach. Mówi się, że każdy, kto pozna szczegóły siódmej tajemnicy, zostanie przeklęty i zabity przez upiora ze świetlicy, który czai się w starym budynku szkoły. Miyuki Nanase z Klubu Tajemnic zagłębia się w te tajemnice. Pewnej nocy do Miyuki dzwoni Sakuragi i razem udają się do starego budynku szkoły. Gdy docierają do zamkniętej sali biologicznej, wydaje im się, że widzą wiszące zwłoki Sakuragi! Widzą również cień upiora ze świetlicy, ale gdy wyważają drzwi i wchodzą do środka, nic tam nie ma. Jednak następnego dnia zostają odnalezione zwłoki Sakuragi. Inspektor Kenmochi, Saki i pozostali członkowie Klubu Tajemnic, Tachibana i Matoba, rozpoczynają śledztwo. Miyuki żałuje, że poznała siedem tajemnic, i zdaje sobie sprawę, że może być kolejną ofiarą. Co więcej, zaginął uczeń, który badał tajemnice dziesięć lat wcześniej.

Inspektor Kenmochi, Kindaichi, Miyuki i Saki wybierają się na Wyspę Syren, z której dochodzi niesamowity dźwięk. Mówi się, że jest on krzykiem syreny, morskiego stworzenia, które swoim głosem wciąga ludzi do morza i pożera ich. Wieczorem wszyscy turyści otrzymują list od dr Kanno, która przyjechała na wyprawę z profesorem Kageo, swoim kolegą ze szpitala, i Izumaru, sprzedawcą sprzętu medycznego. Przewodnik wycieczki, Nagita, wydaje się znać lekarzy od dłuższego czasu, ale z niewiadomych przyczyn stara się ich unikać. Zgodnie z poleceniem zawartym w liście wszyscy spotykają się w wyznaczonym miejscu i czasie. Wtedy z morza zostaje posłana strzała, która trafia dr Kanno i zabija ją. Następnego dnia turysta idzie na ryby i zostaje wciągnięty do wody. Czy to naprawdę sprawka syreny? Kirigoe, jedyny mieszkaniec wyspy, opowiada Kindaichi i pozostałym tragiczną historię Wyspy Syren podczas wojny.

Z zapowiedzią dobrej pogody nad ranem Kindaichi może w końcu opuścić wyspę, na której słychać wołanie syren. Jednak tej nocy doktor Kageo w tajemniczy sposób znika. Kindaichi i reszta szukają go na wyspie i znajdują hangar na łodzie z zamkniętymi drzwiami wejściowymi. Z okna tylnych drzwi widzą mężczyznę leżącego na podłodze. Właśnie wtedy w domku gasną światła i pojawia się pływające światło. Niczym prowadzeni przez kogoś, podążają za światłem i odnajdują zwłoki doktora Kageo. W tym momencie wszyscy na wyspie zebrali się na miejscu zdarzenia. Kindaichi zauważa, że wszyscy byli obecni podczas wszystkich trzech morderstw, i odkrywa nagranie wideo wykonane przez Saki. Grupa jest w szoku, gdy Nagita ujawnia niepokojący sekret dotyczący doktora Kageo. Tymczasem Miyuki zamartwia się o Kindaichiego i nie może zasnąć. Próbuje mu pomóc na swój sposób. Kto wśród nich jest mordercą?

Kindaichi i Miyuki wybierają się na rodzinną wycieczkę do wioski Hakuja. Tam natrafiają na inspektora Kenmochiego, który tropi mordercę i w zajeździe Kindaichi dowiaduje się od gospodarza, że w wiosce istnieje tradycja czczenia białych węży jako wysłanników bogów. Cała trójka zauważa podejrzanie wyglądającego zamaskowanego mężczyznę, który wchodzi do sąsiedniego browaru. Jest to browar Biały Wąż, prowadzony od pokoleń przez rodzinę Shiragami, któremu Otomatsu przewodniczy obecnie jako prezes. Okazuje się, że podejrzany mężczyzna to Rengetsu, drugi syn Shiragamich, który zaginął na pięć lat po pożarze. Przez pożar jego twarz i głos uległy zmianie, ale test DNA potwierdza jego pochodzenie. Kindaichi i inni ustępują po ustaleniu tożsamości mężczyzny. Następnie cała trójka zwiedza browar w towarzystwie praktykanta, Washimoriego, i obserwuje, jak rzemieślnicy wyrabiają sake. Wtem w jednej z beczek z sake zostaje znalezione ciało.

Saki zabiera Kindaichiego i Miyuki do pensjonatu należącego do jego krewnych. W pensjonacie spotykają czterech studentów sztuki, którzy zapraszają Kindaichiego i pozostałych do wzięcia udziału w wyzwaniu. Saki, który pragnie, by Kindaichi i Miyuki się zeszli, przekonuje ich, by wzięli w tym udział. Miejscem akcji jest opuszczony szpital, który został zamknięty trzydzieści lat temu. W szpitalu studenci sztuki opowiadają im historię Hanako, ducha pacjentki, który wciąż mieszka w jednej z kabin toaletowych. Mówi się, że każdy, kto ją zawoła, zginie. Kiedy jeden ze studentów, Ino, zostaje znaleziony martwy, Kindaichi podejrzewa, że zabójca sprytnie wykorzystał opowieść o Hanako do popełnienia morderstwa.

Tachibana, znany pisarz literatury faktu, organizuje przyjęcie i przedstawia gościom zagadkę. Kto rozwiąże ten problem, znajdzie miejsce, w którym znajduje się szkic jego nowego dzieła. Wszyscy goście rywalizują ze sobą o odnalezienie szkicu, który podobno zawiera nazwisko przestępcy uczestniczącego w przyjęciu. Tymczasem Kindaichi pomaga Yurinie Katsuragi, gdy widzi, że pijany Tachibana ją napastuje. Tachibana wpada w furię. Później Kindaichi idzie pogodzić się z autorem. Saki zaczyna się martwić, że trwa to zbyt długo i idzie go poszukać, ale zastaje Kindaichiego stojącego nad zwłokami Tachibany i trzymającego zakrwawione narzędzie zbrodni.

Kindaichi jest oskarżany o zranienie policjanta i kradzież jego broni. Mimo to determinacja Kindaichi, by odnaleźć prawdziwego zabójcę, tylko rośnie, kiedy dowiaduje się od Sakiego, jak bardzo martwi się o niego Miyuki. W zagadkowej grze prowadzącej do nowego dzieła literackiego Tachibany Kindaichi domyśla się, kto jest kolejną ofiarą, na podstawie wiadomości pozostawionej przez trzecią ofiarę. Jednak po wysłuchaniu jej raz jeszcze Kindaichi uświadamia sobie, że tak naprawdę ważna jest nie treść wiadomości. Z bronią w ręku Kindaichi stawia opór policji na dachu budynku. Słychać odgłos wystrzału. Jaka jest zdumiewająca prawda zawarta w nowym dziele Tachibany? Kto jest nieuchwytnym zabójcą wykorzystującym Kindaichiego jako kozła ofiarnego? I co Kindaichi chce osiągnąć, uciekając?

Kenmochi bierze do pomocy Kindaichiego i Miyuki, kiedy do domu przyjaciółki inspektora z dzieciństwa, Shino Tatsumi, która przez małżeństwo weszła do znanej rodziny Tatsumi, przychodzi list z pogróżkami. Po przybyciu do osady Kuchinashi napotykają mężczyzn w zbrojach. Według Saruhiko, służącego rodziny Tatsumi, ludzie ci biorą udział w festynie, którego celem jest obłaskawienie duchów poległych samurajów, którzy niegdyś zostali ścięci przez rodzinę Tatsumi. List z pogróżkami pochodzi od Samuraja Łowcy Głów, który ponoć żywi urazę do tej rodziny. W osadzie, gdzie grasuje Samuraj Łowca Głów i spadają głowy, inspektor Kenmochi staje na wysokości zadania i ujawnia tajemnice skrywane przez starą rodzinę.

Kindaichi idzie razem z przyjaciółmi do opery, której właścicielką jest muzyczka Hibiki, żeby obejrzeć „Upiora w operze”. Miyuki i Saki są bardzo przejęte, że spotkają sławną aktorkę Leonę Kozuki, która gra główną bohaterkę. Zaczyna się próba i Izumi zajmuje miejsce na środku sceny na polecenie reżysera Kageshimy. Jednak po chwili spada żyrandol i zabija Izumi. Dziennikarz Shiragami twierdzi, że to nie był wypadek, ale robota Upiora, który czyha w budynku opery. Cień Upiora przemyka przed Leoną i inspektorem Kenmochim, a potem następuje kolejna tragedia.

Po serii morderstw popełnionych, jak się wydaje, przez Upiora w pokoju Jo odnaleziona zostaje taka sama maska, jaką miał napastnik, który zaatakował Leonę Kozuki. Wszyscy na zmianę pilnują klucza. Kiedy jednak Kindaichi, Saki i Leona wchodzą tam przynosząc jedzenie dla zamkniętego mężczyzny, odkrywają, że został zamordowany. Kindaichi jest coraz bardziej sfrustrowany usiłując rozwiązać zagadkę morderstwa w zamkniętym na klucz pokoju. Tymczasem Kenmochi spostrzega, że coś jest nie tak w wieży, w której wpadł w zasadzkę Upiora. Kindaichi przysięga na imię dziadka, że wykryje, kim naprawdę jest Upiór, morderca odpowiedzialny za śmierć trzech osób.