레고 닌자고 시즌 3

로이드가 오버로드를 무찌르고 난 후, 닌자고 시티는 사이러스 보그라는 천재 과학자 덕분에 첨단 기술의 도시로 새롭게 태어난다. 싸워야 할 적이 사라진 시대가 오자, 닌자들은 아이들을 가르치며 지루한 하루를 보낸다. 그러던 중, 아이들과 현장 학습으로 보그 기업을 방문하게 되고, 그곳에서 만난 사이러스 보그한테서 테크노 블레이드라는 새로운 무기를 받게 된다. 그리고 오버로드가 바이러스 형태로 아직 살아 있다는 사실을 알게 되는데...

마스터 우는 오버로드에게 붙잡히고, 닌자들은 테크노 블레이드와 로이드를 지키기 위해 가마돈과 마사코가 있는 곳으로 간다. 아이들에게 무술을 가르치며 살고 있던 가마돈은 로이드를 지키기 위해 함께 길을 나서고, 나머지 닌자들은 닌자고 시티의 전기 공급을 끊기 위해, 폭풍의 농장으로 떠난다.

닌자들은 닌자고 시티의 전력을 끊고 닌자고 시티에 들어갈 방법을 찾던 중, 사악하게 변한 마스터 우와 의문의 인물과 맞서 싸우게 된다. 의문의 인물은 오버로드가 들어 있는 하드 드라이브를 훔쳐, 전기 코브라를 이용해 오버로드를 되살려낸다. 닌자들은 로이드에게 독수리를 보내 이 사실을 알리지만, 중간에 독수리를 빼돌린 의문의 인물 때문에 로이드의 위치까지 드러나게 되는데...

닌자들은 비늘의 주인을 찾기 위해, 뱀 부족의 지하 무덤으로 들어간다. 그리고 그곳에서 평화롭게 살고 있는 뱀 부족을 만나고, 뱀들의 전설을 듣게 된다. 뱀 부족 사이에는 골드 닌자가 골드 마스터가 되어 모든 세상을 지배하려 하고, 결국엔 닌자고 세상에 종말을 가져온다는 전설이 있다. 한편, 로이드와 가마돈은 오버로드에게 발목을 잡히고, 로이드는 그만 모든 힘을 뺏기고 만다.

닌자들은 오버로드가 지배하고 있는 컴퓨터 시스템을 재부팅하기 위해, 스스로 비디오 게임 속으로 들어간다. 한편, 로이드의 힘을 빼앗은 오버로드는 더욱 더 막강한 존재가 되어, 닌자들을 기다리고 있다. 그러나 쟌의 숨겨진 능력 덕분에 닌자들은 시스템 재부팅에 성공하고, 로이드를 찾아 낯선 마을로 향한다. 한편, 오버로드 역시 시스템에서 풀려나게 되는데...

로이드가 골드 파워를 나머지 닌자들한테 나눠주자, 힘을 되찾으려는 오버로드는 아르크투루스라는 암호명을 가진 비밀 작전을 실시한다. 한편, 파이토 일당을 미행하던 카이는 그만 닌드로이드 군대에게 잡히게 되고, 나머지 닌자들은 카이를 구하고 오버로드의 작전을 막기 위해 로켓을 타고 우주로 향하게 된다.

황금 무기를 찾으려는 닌드로이드들의 우주선에 몰래 탄 닌자들은 황금 무기가 있는 혜성에 도착한다. 그러나 황금 무기를 손에 넣는 작전은 실패하고, 우주선마저 외계 벌레들이 다 갉아먹는 바람에, 닌자들은 닌자고로 돌아가지 못 하고 우주에 남게 된다.

골드 파워를 손에 넣은 오버로드는 스핀짓주로 재탄생하고, 이를 막기 위해 닌자들은 스톤 아미들이 최초의 스핀짓주 마스터와 싸울 때 썼던 갑옷을 입고 오버로드와 맞선다. 그러나 골드 파워는 이들이 감당하기에 너무 강했고, 모두가 위기에 처하게 된다. 그 순간, 쟌이 나타나, 오버로드를 붙잡은 채, 스스로 폭발하고 만다.