아인 시즌 2

사토는 '제2파 공격' 계획을 밝히며 주요 인물 15명을 암살할 것을 예고한다. 나가이 케이는 사토에게 대항하기 위해 협력자를 찾아 거래를 하려한다.

나가이 케이와 나카노는 토사키의 팀에 합류해 체력 훈련을 하고, 죽은 줄 알았던 사람을 만나게 된다. 사토는 변장을 하고 비행기에 올라타 계획을 준비한다.

토사키는 사토를 잡을 작전을 세우지만 케이는 고민에 빠진다. 사토는 두 번째 암살 계획을 진행한다.

미국 국방부에서 토사키의 팀에 시찰을 나오고, 사로잡혀 있는 카이토는 탈옥했다가 다시 감옥에 들어온 타케시를 돕는다.

토사키는 미 국방부 조사관의 심문을 받고, 사토는 계속해서 표적들을 암살한다. 다음 표적 대상을 지키기 위해 토사키와 케이는 작전 계획을 변경하여 대응을 준비한다.

토사키가 사로잡히자 케이는 다른 팀원들과 함께 계획을 변경한다. 이즈미는 과거의 기억을 되살리며 케이에게 토사키를 구하자고 설득한다.

케이와 팀원들은 알메이다가 미 대사관으로 도망치기 전에 잡으려 하고, 사토는 다음 암살 계획을 진행한다.

케이는 사토를 사로잡을 단 한 번의 기회를 노리지만 이를 위해 토사키의 도움을 받아야 한다. 사토는 비밀무기를 준비한다.

대아인 특수부대는 사토와의 전투에 고전하고, 케이와 팀원들은 마지막 준비를 위해 건물 위층으로 향한다.

작전이 실패하자 케이는 자신을 탓하며 팀을 그만두고, 사토는 제3파 최후의 전투를 개시하며 군부대를 습격한다.

사토와 정부의 협상은 결렬되고, 이에 미군이 개입한다. 아인 진영의 내부 갈등은 점점 고조된다.

미군은 본격적으로 아인 전투에 개입하지만 사토의 손바닥 위에서 놀아난다. 케이는 팀으로 돌아오고, 토사키는 아인 오쿠야마의 제안을 받는다.

방심하다가 케이와 팀원에게 에워쌓인 사토는 그만의 노련함으로 팀원들을 하나하나 제압한다. 이제 사토를 막을 수 있는 사람은 오직 케이뿐이다.