X-ファイル シーズン9

水道局の水を調べていたFBI捜査官が変死。調査に向かったドゲットは、水中でも無呼吸で動き回れる女性に遭遇する。

女性はドゲットの戦友で、政府の極秘実験で作られたスーパー・ソルジャーだと言う。2人は証拠を求めて軍の特殊船へ。

老夫婦殺害犯は精神病院の脱走患者か。2人はその病院で、元歴史宗教学の大学教授だった患者コボルトに出会う。

パラレル・ワールドを自由に行き来する連続殺人犯ルケシュ。ドゲットは彼に植物人間にされ、レイエスはある決意をする。

頭部陥没で変死した高校生の脳は蠅の幼虫に喰われていた。スカリーは蠅が反応する特殊なフェロモンが原因だと推理。

スーパー・ソルジャー情報の提供を申し出る人物が出現、モルダーとの接触を要求するが、スカリーは監視されていた。

メキシコで目覚めたドゲットはすべての記憶を失っていて、麻薬組織に雇われる。彼の記憶喪失はある人物の仕業だった。

生きながら皮を剥がされる悪夢に悩む男が夢通りの状態で変死。彼に話を聞いた友人は同じ症状に悩むようになる。

スカリーは不法入国者がもっていた書類からUFO発見の手掛かりを追う。息子ウィリアムを誘拐しようとする陰謀が。

ウィリアムを誘拐したカルト教団は、地底に埋もれていたUFOを発掘中だった。彼らはウィリアムを神の子だと言うが。

交通事故に遭ったレイエスは、二度と意識が戻らないと診断される。臨死状態をさまよう彼女の意識はある陰謀に気づく。

かつてドゲットが逮捕した殺人犯がDNA鑑定の結果、無罪になるが彼の周囲で怪現象が。レイエスは化体現象だとにらむ。

数秘術を使った連続殺人事件が発生。犯人は悪魔の数字6に執着する男で、次の殺害相手にスカリーとレイエスを選ぶ。

8歳のトミーの母はナイフで16回も刺して自殺。トミーは、母を殺したのはモンスターで、父はそれを知っているという。

大学教授が臓器をえぐられて死亡。ローンガンメン3人は事件の背後のバイオ・テロを察知し、その阻止を試みる。

FBIに火傷で容貌が崩れた男が侵入、拘束されるが、正体を明かさない。ドゲットは男がモルダーではないかと疑うが。

FBIアカデミーのスカリーの生徒、ヘイズがドゲットの息子殺害事件の犯人を推理。ドゲットはついに事件の真相に迫る。

地上にいた若者が空から落下して地面に激突したような状態で殺される。スカリーらは超能力者の仕業ではないかと推理。

モルダーが殺人の現行犯で逮捕され、スカリーが面会するが、モルダーはまるで別人のようになっていた。

モルダーの軍事裁判が始まる。スカリーたちは彼を軍部の手から奪回しようとするが、政府は彼の処刑を望んでいた。