エージェント・オブ・シールド シーズン6

1年後。シモンズとデイジーたちは、宇宙でフィッツの行方を捜し続けていた。彼女たちはフィッツの船の情報を持っていると思われる異星人トロクと接触し、フィッツの低温凍結カプセルを発見するが、その中は空っぽだった。一方、地球ではマックを長官として新たにシールドが始動。彼らはインディアナ州の公園で異空間に通じる扉が開いたと聞き、駆け付ける……。

サージたちはコンビニを襲い、物資を調達する。その後、重要物質「PEG」が無いことに気付いた彼らは、宝石店へ強盗に入る。彼らを捕まえるべく捜査を続けるシールド。コンビニで採取されたサージのDNAをベンソンが分析し、驚くべきことを発見する。一方、宇宙ではフィッツが異星人に化けてシヴィア人の船に乗り組んでいたが、地球人だと素性がバレてしまい……。

フィッツを追ってナロ・アツィアに到着したシモンズたち。入国審査官にフィッツのことを聞いた途端、マラカイというクロニコムに襲われる。一方、フィッツとイノックは惑星キットソンに到着するが、商人のボイルたちにすべてを奪われてしまう。引き換えにもらったカジノのチップ１枚で、一獲千金を狙うフィッツ。イノックの計算能力を駆使してもうけていくが……。

シールドでは、ケラーがエレナとの関係をマックに打ち明けようとするが、話をさえぎられてしまう。そんな中、サージの一味による新たな犠牲者がシールド基地内に運ばれる。異様な遺体をベンソンが検視すると、遺体の中に鳥のような寄生生物がいた。その生物は飛び立ち、ケラーの体内に入り込んでしまい……。一方、サージはディークに会いに、VRゲーム会社を訪れ……。

サージに捕らえられたメイ。サージを見るとどうしてもコールソンと過ごした日々を思い出してしまうが、現実に立ち返り攻撃を仕掛ける。一方、イノックはフィッツをさらわれ自己嫌悪に陥っていた。シモンズたちが彼をさらったハンターの行方を捜していたところ、彼らの乗る宇宙船が船団に包囲される。乗り込んできたクロニコムのアタラは、自分たちの星が滅ぼされてしまったと言い……。

アタラに連行されたフィッツとシモンズは、クロニコム星が滅びたことを聞かされ、過去にさかのぼって問題を解決すべくタイムトラベルの方法を解明せよと命じられる。2人はマインド・プリズンに閉じ込められ、お互いの潜在意識や過去の記憶を目の当たりにする。抑圧していた別人格も現われる中で長く話し合い、あらためてお互いの愛を確認した2人は、タイムトラベルの危険性を説き、終身刑も覚悟でアタラの依頼を断わり……。

シールドの基地に連行されたサージは、コールソンとそっくりなためエージェントたちの注目を集める。サージはマックに対し、「今日の終わりには俺が上に立つ」と謎めいた予言をする。そんな中、ディークがサージの追跡装置の暗号を解除し、シールドが2匹のシュライクを探知。宿主たちを確保するが、1つのモジュールに入れたところでメイとエレナが危険な状態に陥って……。

アイゼルの思惑も知らず、クルーとして宇宙船レイジー・コメットに乗り込んだフィッツとシモンズは、地球を目指す。一方、メイとデイジーとディークを連れたサージは、アイゼルを迎え撃つため、宿主たちが巨大タワーを作るランデブー地点へ向かう。ゼファーを移動本部としたマックは、サージがタワーを破壊するための爆弾をトラックに積んでいることを告げられ……。

ジャコを引き連れゼファーを制圧したサージは、どんな犠牲を払っても目的を遂げようとし、マックと対立する。メイとデイジーは、トラックに積まれた爆弾をディークに解体させようとするが、なかなかうまくいかない。しかもそれが原子爆弾だと分かり……。一方、レイジー・コメットのクルーたちの異変に気付いたフィッツとシモンズは、それがアイゼルの仕業であることを知る。

サージを撃ったメイは身柄を拘束され自分の犯行であることを認めるが、しばらくしてエレナが尋問に訪れると身の潔白を訴える。エレナとデイジーは、銃嫌いのメイが銃を使ったことに違和感を覚える。アイゼルはメイから、パイパー、ディークへと乗り移り、シュライクの反応を頼りにある保管庫へ向かう。しかしディークの姿では入室を拒否されたため、誰が最高レベルの権限を持つ者なのか探り始め……。

エレナとマックを乗せたゼファーは、クローク機能を使い、シールド本部から行方が分からなくなる。ゼファー機内では、ベンソン博士の存在がアイゼルに知られてしまう。連れてこられた博士は、命に代えても話すまいとするが、死なせてしまった恋人の幻を見せると脅され、モノリスが見つかった寺院の場所をアイゼルに明かしてしまう。一方デイジーは、アイゼルに乗り移られない対策を練るようフィッツたちに命じ……。

アイゼルはフリントの力を知るとすぐさま乗り移り、周囲の砂を集めて3つのモノリスを復元。一方、ディークはフィッツ、シモンズと共同考案した音声周波バリア発生器を大量に作り、アイゼルの乗り移りをブロックする。また、マックとエレナを助けるために携帯式ジャンプ・ドライブを使おうと考えたディークだが、フィッツからアイデア泥棒呼ばわりされて口論に。テスト不十分のままのドライブを背負って寺院に飛び……。

メイが襲われたことを知ったデイジー、マック、エレナは愕然とする。そのころ、ライトハウスではマラカイたちクロニコム軍団が乗り込み、次々とエージェントを襲っていた。軍団はフィッツとシモンズの頭脳をハッキングし、シールドのすべてを熟知しているため逃げ場がない。フィッツとシモンズはフレームワークのデータを守るため自爆を覚悟するが、イザイアに化けたイノックが現われて2人を救い、ある解決策を提案し……。