HEROES／ヒーローズ シーズン3

ネイサンが何者かに銃撃され、すぐに狙撃犯を追ったマットとピーター。マットはその正体に驚がくするが、厳しい現実に目を向けざるを得ない事態に。

さらに多くの特殊能力を自分のものにしようとするサイラーは、プリマテック社に侵入し、凶悪犯を閉じ込めた"レベル5"と呼ばれる監獄を襲う。

レベル5を脱走した犯罪者たちが、銀行で人質を取り、立てこもる。アンジェラは、強力な新しいパートナーとベネットを組ませ、事態の収拾を任せる。

危機的状況にある未来を見たピーターは、それが現実のものにならないよう、ある力を手に入れようとしていた。ところが、その力には大きな代償が...。

レベル5から脱走した凶悪犯、スティーブン・キャンフィールドを、一人で追いかけるクレア。彼はブラックホールを発生させる能力を持っていた。

ノックスとダフニは、ヒロやほかの能力者たちをパインハーストに来るよう誘う。渦中の組織に一人、乗り込んで行ったピーターには危険なサプライズが。

マヤを助けたい一心で、研究に異常な執着を見せるモヒンダー。ネイサンとトレイシーに人体実験をしようと捕まえるが、激しい抵抗に遭い...。

ウスツに導かれ、ヒロは1年前の出来事を見る。当時、サイラーは自分の犯した残虐な行為を悔い、悩むが、エルとベネットがしょく罪の道を阻んでいた。

ネイサンは、自分の父が生きていて世界を滅ぼそうとしていることを知る。アーサーはノックスとフリントに、ピーターとクレアを捕まえるよう命じる。

アーサーがたくらむ悪夢のような計画を止められる可能性のある唯一の能力者、ハイチ人。彼を捜しにハイチへ向かうネイサンに、ピーターも同行する。

日食が始まるとともに、能力者たちそれぞれに影響が出始める。ベネットは、力を失ったエルとサイラーを追い詰め、ついに決着をつけようとするが...。

アーサーの力を抑えるためにハイチ人を伴ったピーターは、今度こそ自分の父を殺し、未来を変えようと決意する。ところがそこに、思わぬ能力者が現れて!?

ネイサンは、アーサーから計画を引き継ぎ、ピーターも仲間に引き入れようとしていた。やがて2人は、考え方の違いから敵対し、別々の道を行くことに。

能力者たちが平穏な生活を送れるようになって数週間。進路に悩むクレアだったが、ネイサンが計画した恐ろしい政策が実行に移され、状況は一変する。

ネイサンと軍隊が能力者を国家の脅威とみなし、組織的に捜し出し、収容していく。能力者たちは、再び自由を手にするため、なんとか逃げ延びようとする。

サイラーは、自分の父親について知っているらしいルークを連れて、父を捜す旅に出る。ところが、ネイサンの軍隊が2人を捕らえようと迫っていた。

妻と言い争いになったベネットは、ホテルのバーへ。飲み物に入れられた薬で意識をなくしたところに能力者たちが現れ、彼を連れ去り、監禁する。

マットとピーターのもとに、"反逆者"からダフニが収容されている場所の住所が送られてくる。2人はそこで、政府の計画が書かれた書類を見つける。

サイラーの父親捜しの旅は、ついに終わりを迎える。ダンコはネイサンに疑念を抱き、その正体を暴こうと、アンジェラやほかの能力者たちに探りを入れる。

ベネットとダンコは、"反逆者"を捕まえるため、トレイシーをおとりに使う作戦を立てる。同じ頃、アンジェラは古くからの友人に助けを求めていた。

能力者だったことが公になったネイサンは、クレアを連れてメキシコへ逃亡する。その頃、ある能力者を追うダンコは、意外な相手と手を組もうとしていた。

ダンコは能力者たちを一人残らず捕まえようと、さらなる謀略をめぐらせる。その冷徹さに憎しみを覚えたある能力者が、ダンコの大切な人に接近する。

アンジェラは息子たちに助けられながら、記憶の奥底に閉じ込めてきた少女時代の出来事を語る。そして、モヒンダーは父が長年隠していた秘密を知る。

ダンコたちを止めるため、第26ビルをつぶそうと意気込むヒロとアンドウ。ネイサンは、自分が起こした最悪な事態を一人で終わらせようと覚悟を決める。

大統領とのミーティングを阻止するため、ネイサンはスイートルームにいるサイラーを急襲する。ところが、それがきっかけとなり、事態は思わぬ方向へ。