X-Files: Stagione 2

Con la chiusura degli X-Files, Mulder si reca a Porto Rico su suggerimento del suo mentore al Senato per scoprire il motivo dell'improvvisa riattivazione di una remota stazione di comunicazione di tipo SETI, abbandonata da tempo.

Mulder dà la caccia a un organismo umanoide parassita che utilizza le fognature come dimora.

Mulder e Scully indagano su una serie di violenti omicidi commessi da residenti apparentemente normali di una piccola città.

Mulder è sulle tracce di un veterano del Vietnam in grado di proiettare la propria coscienza nella mente altrui per ucciderli. Mulder e l'agente Krycek cercano di svelare la cospirazione che si cela dietro i poteri dell'assassino.

Un ex agente dell'FBI, che afferma di essere stato rapito dagli alieni, prende in ostaggio diverse persone. Mulder accetta di fare da negoziatore.

Mulder e l'agente Krycek sono impegnati in una corsa contro il tempo per trovare e salvare Scully, rapita da un individuo squilibrato, prima che Duane Barry la porti da quelli che crede essere i suoi burattinai alieni.

Mentre l'agente Scully è ancora scomparsa, l'agente Mulder si imbarca in un'indagine sui vampiri a Los Angeles, finendo per essere coinvolto con una sensuale vampira che desidera fuggire dal suo stile di vita.

Il corpo in coma di Scully viene scoperto in un ospedale locale e la sua vita è in bilico. Quando Mr. X mostra a Mulder l'alto prezzo che dovrebbe pagare se vuole veramente giustizia per Scully,

In un avamposto remoto, gli scienziati osservano la loro telecamera che riprende un'ombra in movimento all'interno di un vulcano fumante, troppo caldo perché qualsiasi creatura vivente possa sopravvivere. Mulder e Scully arrivano e notano che tutti si comportano in modo strano.

Una setta religiosa vegana è accusata di rapire adolescenti del posto per una sorta di rituale. Mulder e Scully iniziano a sospettare che si tratti di una cospirazione di tutt'altro genere quando Scully vede in città l'assassino di Gola Profonda.

Mulder collega una serie di violenti attacchi in una casa di cura, tra cui il brutale stupro di un'infermiera, a spiriti irati provenienti dall'aldilà.

Una poliziotta incinta ha delle visioni che la conducono ai resti di due agenti dell'FBI scomparsi negli anni '40 mentre erano sulle tracce di un serial killer che fu poi catturato. Gli omicidi ricominciano, ma l'unico sospettato ora ha 77 anni.

Scully e Mulder danno la caccia a un feticista che colleziona parti di cadaveri.

Gli agenti indagano su un omicidio avvenuto in una cittadina popolata da adoratori del diavolo.

La morte di un marine, che si sarebbe suicidato, porta alla luce una verità sconvolgente in un campo profughi haitiano.

Quando qualcuno invia a Mulder e Scully dei necrologi che mostrano tre uomini diversi ma identici apparentemente deceduti, gli agenti indagano, ma le cose prendono una piega inaspettata quando Mulder riceve una telefonata da suo padre.

Mulder è costretto a fare una scelta impossibile quando il cacciatore di taglie alieno gli pone un ultimatum: la vita di Scully in cambio di quella di Samantha.

In una piccola città dell'Idaho, un uomo viene ucciso da quello che sembra essere un elefante invisibile. L'indagine di Mulder sullo zoo locale, sui suoi proprietari e su un'associazione locale per i diritti degli animali porta alla luce prove di insidiosi esperimenti alieni.

L'equipaggio di una nave militare statunitense scomparsa nel Mare di Norvegia viene ritrovato morto, apparentemente a causa di un rapido invecchiamento. Pensando che si tratti di un altro esperimento alla Philadelphia, Mulder sale a bordo della nave fantasma insieme a Scully e a un capitano locale.

Gli agenti danno la caccia a un assassino in una cittadina della Florida abitata da artisti di strada.

Gli agenti avviano un'indagine quando la famiglia di un ragazzino viene colpita da una serie di tragici incidenti.

Mentre Scully indaga sulla diffusione di un contagio mortale in un carcere, Mulder rintraccia due detenuti evasi infetti dalla malattia.

L'ex studentessa di Scully, la detective Kelly Ryan, chiede agli agenti di aiutarla a catturare uno scienziato governativo in fuga responsabile di diverse misteriose sparizioni. Mulder si rende conto che l'uomo ha una paura mortale della sua ombra per qualche motivo.

Le segnalazioni di incendi boschivi in ​​un campo a Dudley, in Arkansas, conducono Mulder e Scully a una situazione bizzarra che coinvolge gli abitanti del paese. I dipendenti della Chaco Chicken Corporation mostrano comportamenti strani e il tasso di mortalità sta lentamente aumentando.

Mulder riceve un nastro magnetico criptato contenente i file top secret del Dipartimento della Difesa sulla vita extraterrestre e diventa un bersaglio. Scully lo conduce da una famiglia Navajo che ha riportato alla luce un segreto sepolto per decifrare i file.