Alert: Saison 2

Alors que la MPU emménage dans de nouveaux bureaux, accompagné du nouveau patron, l'inspecteur Hollis Braun, un appel arrive signalant la disparition d'un bus urbain entier rempli d'étudiants en excursion. L'équipe fait appel à un père qui a tenté d'arrêter l'enlèvement, tandis que Jason demande de l'aide à un ancien collègue.

La MPU recherche un fan de Benjamin Franklin après sa disparition suspecte lors d'une de ses visites de la ville. Un nouveau médecin légiste est embauché. Jason et Mike tentent de créer des liens en tant que nouveaux partenaires.

Lorsqu'une jeune femme enceinte disparaît un jour avant sa césarienne, la mère adoptive se tourne vers la MPU pour la retrouver avant que la vie du bébé ne soit menacée. Pendant ce temps, Jason approfondit l'affaire de l'attentat à la voiture piégée et rencontre un Braun désapprobateur.

La MPU recherche une adolescente sans domicile fixe qui a disparu après s'être enfuie de chez elle. Jason et Nikki se disputent au sujet de la poursuite de l'enquête sur l'attentat à la voiture piégée.

La MPU recherche un capitaine de surveillance de quartier enlevé. Jason demande l'aide de Wayne pour enquêter sur l'attentat à la voiture piégée. Mike craint que Nikki ne lui cache des secrets.

Mike est ramené à sa première affaire non résolue lorsque la dépouille d'un Amish refait surface, sept ans après son meurtre. La femme de l'homme disparaît mystérieusement, ce qui déclenche des recherches massives et révèle un réseau de tromperies.

Une influenceuse de voyage populaire est portée disparue et la MPU se lance à sa recherche alors qu'un ouragan fait rage et que l'état d'urgence est déclaré. Mike et Wayne se rapprochent tandis qu'Helen se lie avec quelqu'un de façon inattendue après l'enterrement de vie de jeune fille de Nikki.

La MPU enquête lorsqu'un jeune joueur de hockey disparaît au cours d'une bagarre avec un adversaire sur la glace. Kemi retrouve de façon inattendue un visage du passé. Nikki s'interpose auprès de Braun lorsque Jason approfondit l'enquête sur les meurtres liés à l'attentat à la voiture piégée.

La MPU enquête lorsqu'un jeune garçon affirme que son père a été enlevé par des extraterrestres alors qu'ils observaient les étoiles dans un camping isolé. Jason et Nikki demandent l'aide de Mike pour accéder aux fichiers informatiques de Braun. Kemi et Helen s'associent et s'aventurent sur le terrain.

Lorsque Wayne disparaît le jour du mariage de Nikki et Mike, les joyeuses festivités sont mises entre parenthèses tandis que Jason et la MPU se lancent à sa recherche pour faire tomber l'inspecteur Braun et son lien avec les meurtres liés à l'attentat à la voiture piégée.